SAXSdb — 1kr3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

beta-Lactamase, type II

Bacteroides fragilis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 18–249	未记录	ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 113 7,8-DIHYDROXY-1-METHOXY-3-METHYL-10-OXO-4,10-DIHYDRO-1H,3H-PYRANO[4,3-B]CHROMENE-9-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；32% PEG1000, 0.1M MES, 10microM ZnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.222
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 18–249	未记录	ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 113 7,8-DIHYDROXY-1-METHOXY-3-METHYL-10-OXO-4,10-DIHYDRO-1H,3H-PYRANO[4,3-B]CHROMENE-9-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；32% PEG1000, 0.1M MES, 10microM ZnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1KR3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A7T METALLO-BETA-LACTAMASE WITH MES 提交 1998-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–249（232 aa）链 B 18–249（232 aa）	突变：A171T, D208N 突变：A171T, D208N	ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 100 MM POTASSIUM ACETATE, 100 MM MES, PH 6.1	分辨率 1.85 Å
1A8T METALLO-BETA-LACTAMASE IN COMPLEX WITH L-159,061 提交 1998-03-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–249（232 aa）	突变：A171T, D208N	ZN ZINC ION × 2 061 2-BUTYL-6-HYDROXY-3-[2'-(1H-TETRAZOL-5-YL)-BIPHENYL-4-YLMETHYL]-3H-QUINAZOLIN-4-ONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 28% PEG 4000, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 6.6	分辨率 2.55 Å R-free 0.319
1A8T METALLO-BETA-LACTAMASE IN COMPLEX WITH L-159,061 提交 1998-03-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–249（232 aa）	突变：A171T, D208N	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 28% PEG 4000, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 6.6	分辨率 2.55 Å R-free 0.319
1HLK METALLO-BETA-LACTAMASE FROM BACTEROIDES FRAGILIS IN COMPLEX WITH A TRICYCLIC INHIBITOR 提交 2000-12-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–247（227 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 113 7,8-DIHYDROXY-1-METHOXY-3-METHYL-10-OXO-4,10-DIHYDRO-1H,3H-PYRANO[4,3-B]CHROMENE-9-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；294 K；20mM HEPES, pH 7.5, 32% PEG 1000, 01M MES, 10 uM ZnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 294K	分辨率 2.50 Å R-free 0.228
1HLK METALLO-BETA-LACTAMASE FROM BACTEROIDES FRAGILIS IN COMPLEX WITH A TRICYCLIC INHIBITOR 提交 2000-12-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–247（227 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 113 7,8-DIHYDROXY-1-METHOXY-3-METHYL-10-OXO-4,10-DIHYDRO-1H,3H-PYRANO[4,3-B]CHROMENE-9-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；294 K；20mM HEPES, pH 7.5, 32% PEG 1000, 01M MES, 10 uM ZnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 294K	分辨率 2.50 Å R-free 0.228
1ZNB METALLO-BETA-LACTAMASE 提交 1996-06-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–249（232 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.85 Å R-free 0.241
1ZNB METALLO-BETA-LACTAMASE 提交 1996-06-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–249（232 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.85 Å R-free 0.241
2BMI METALLO-BETA-LACTAMASE 提交 1998-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–249（232 aa）链 B 18–249（232 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；FORM II CRYSTAL IN ACTA CRYST(1997) D53 485-487, pH 9.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.262
2ZNB METALLO-BETA-LACTAMASE (CADMIUM-BOUND FORM) 提交 1997-10-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–249（232 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；26-28%POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 0.1M HEPES, PH 7.0, 0.3M NACL, 10UM CDCL2, AT ROOM TEMPERATURE	分辨率 2.15 Å R-free 0.259
2ZNB METALLO-BETA-LACTAMASE (CADMIUM-BOUND FORM) 提交 1997-10-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–249（232 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；26-28%POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 0.1M HEPES, PH 7.0, 0.3M NACL, 10UM CDCL2, AT ROOM TEMPERATURE	分辨率 2.15 Å R-free 0.259
3ZNB METALLO-BETA-LACTAMASE (ZN, HG-BOUND FORM) 提交 1997-10-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–249（232 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 HG MERCURY (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；27-29% POLYETHYLENE GLYCOL 2000, 0.1M HEPES, PH 7.0, 10UM ZNCL2, 0.3M NACL, AT ROOM TEMPERATURE. THE CRYSTALS WERE SOAKED OVERNIGHT AT ROOM TEMPERATURE IN 10MM K2HGI4 + 20MM KI.	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3ZNB METALLO-BETA-LACTAMASE (ZN, HG-BOUND FORM) 提交 1997-10-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–249（232 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 HG MERCURY (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；27-29% POLYETHYLENE GLYCOL 2000, 0.1M HEPES, PH 7.0, 10UM ZNCL2, 0.3M NACL, AT ROOM TEMPERATURE. THE CRYSTALS WERE SOAKED OVERNIGHT AT ROOM TEMPERATURE IN 10MM K2HGI4 + 20MM KI.	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
4ZNB METALLO-BETA-LACTAMASE (C181S MUTANT) 提交 1998-10-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–249（232 aa）	突变：C181S	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.65 Å R-free 0.250
4ZNB METALLO-BETA-LACTAMASE (C181S MUTANT) 提交 1998-10-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–249（232 aa）	突变：C181S	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.65 Å R-free 0.250

共 8 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BLAB_BACFR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–232； UniProt 18–249 作者链 B； PDB构建体 1–232； UniProt 18–249

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1kr3
沉积日期 deposition_date	2002-01-08
结构标题 title	Crystal Structure of the Metallo beta-Lactamase from Bacteroides fragilis (CfiA) in Complex with the Tricyclic Inhibitor SB-236050.
关键词 keywords	beta sandwich, protein-inhibitor complex, metallo, beta-lactamase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.49 Å
零角强度 I(0) i0	42682200.00
分子量 molecular_weight	50460.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62929 Å³
包络体积 envelope_volume	75809 Å³
水化壳体积 shell_volume	25307 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.8 Å
壳层 Rg shell_rg	32.26 Å
包络 Rg envelope_rg	25.34 Å
形状 Rg shape_rg	25.50 Å
总 Rg total_rg	26.21 Å
总原子数 total_atoms	3536
残基数 n_residues	454
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.8 Å
Rg (实空间) rg_real	26.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4890e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	42680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8969
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.329
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.640
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.914

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	beta-Lactamase, type II
分子量 formula_weight	25358.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.2.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3576

AQKSVKISDDISITQLSDKVYTYVSLAEIEGWGMVPSNGMIVINNHQAALLDTPINDAQTEMLVNWVTDSLHAKVTTFIPNHWHGDCIGGLGYLQRKGVQSYANQMTIDLAKEKGLPVPEHGFTDSLTVSLDGMPLQCYYLGGGHATDNIVVWLPTENILFGGCMLKDNQATSIGNISDADVTAWPKTLDKVKAKFPSARYVVPGHGDYGGTELIEHTKQIVNQYIESTSKP

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides fragilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	817
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	7,8-DIHYDROXY-1-METHOXY-3-METHYL-10-OXO-4,10-DIHYDRO-1H,3H-PYRANO[4,3-B]CHROMENE-9-CARBOXYLIC ACID
分子量 formula_weight	322.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1kr3a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.157 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
超家族 Superfamily superfamily	d.157.1 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
家族 Family family	d.157.1.1 — Zn metallo-beta-lactamase

结构域编号 domain_id	d1kr3b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.157 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
超家族 Superfamily superfamily	d.157.1 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
家族 Family family	d.157.1.1 — Zn metallo-beta-lactamase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1kr3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	15 — Metallo-beta-lactamase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like

结构域编号 domain_id	1kr3B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	15 — Metallo-beta-lactamase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.800 Å
晶胞边长 b length_b	44.200 Å
晶胞边长 c length_c	58.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	92.80 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	98.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	29.070 Å
R 因子 r_factor	0.1520
R_work r_work	0.1520
R_free r_free	0.2220

fit	/app/data/saxs_computation/kr/1kr3/1kr3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kr/1kr3/1kr3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kr/1kr3/1kr3.dat

Crystal Structure of the Metallo beta-Lactamase from Bacteroides fragilis (CfiA) in Complex with the Tricyclic Inhibitor SB-236050.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

beta-Lactamase, type II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction