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1krw

SOLUTION STRUCTURE AND BACKBONE DYNAMICS OF BERYLLOFLUORIDE-ACTIVATED NTRC RECEIVER DOMAIN

Method: SOLUTION NMR Dmax: 45.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NITROGEN REGULATION PROTEIN NR(I)

Salmonella typhimurium

UniProt P41789

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–124 片段：N-terminal domain: Receiver domain, Residues 1-124 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.75；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF；压力 ambient NMR测量条件：pH 6.75；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF；压力 ambient NMR测量条件：pH 6.75；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF；压力 ambient NMR测量条件：pH 6.75；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF；压力 ambient NMR样品组成：U-15N, 1.1-1.5mM NtrC receiver domain(1-124), 50mM sodium phosphate buffer(pH6.75), 50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：U-15N, 13C, 1.1-1.5mM NtrC receiver domain(1-124), 50mM sodium phosphate buffer(pH6.75), 50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：10% 13C, 1.1-1.5mM NtrC receiver domain(1-124), 50mM sodium phosphate buffer(pH6.75), 50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：U-15N, 1.1-1.5mM NtrC receiver domain(1-124), 50mM sodium phosphate buffer(pH6.75), 50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF, 95% H2O, 5% D2O, 30mg/ml phage pf1 | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1KRW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DC7 STRUCTURE OF A TRANSIENTLY PHOSPHORYLATED "SWITCH" IN BACTERIAL SIGNAL TRANSDUCTION 提交 1999-11-04 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–124（124 aa） 片段：N-TERMINAL RECEIVER DOMAIN(1-124)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.75；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM；压力 1
NMR样品组成 1 MM NTRC(1-124) U-15N; 50 MM SODIUM PHOSPHATE, PH 6.75
NMR样品组成 1 MM NTRC(1-124) U-15N/13C; 50 MM SODIUM PHOSPHATE, PH 6.75
NMR样品组成 1 MM NTRC(1-124) U-15N; 50 MM SODIUM PHOSPHATE, PH 6.75
分辨率未提供
1DC8 STRUCTURE OF A TRANSIENTLY PHOSPHORYLATED "SWITCH" IN BACTERIAL SIGNAL TRANSDUCTION 提交 1999-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–124（124 aa） 片段：N-TERMINAL RECEIVER DOMAIN(1-124)
突变：D54(ASQ) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.75；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250-500 mM；压力 1
NMR样品组成 0.3 MM NTRC(1-124) U-15N; 200 MM SODIUM PHOSPHATE, PH 6.75; 50 MM MAGNESIUM CHLORIDE; 200 MM CARBAMOYLPHOSPHATE
NMR样品组成 0.3 MM NTRC(1-124) U-15N,13C; 200 MM SODIUM PHOSPHATE, PH 6.75; 50 MM MAGNESIUM CHLORIDE; 200 MM CARBAMOYLPHOSPHATE
NMR样品组成 0.3 MM NTRC(1-124) U-15N; 200 MM SODIUM PHOSPHATE, PH 6.75; 50 MM MAGNESIUM CHLORIDE; 200 MM CARBAMOYLPHOSPHATE
分辨率未提供
1J56 MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE OF BERYLLOFLUORIDE-ACTIVATED NTRC RECEIVER DOMAIN: MODEL STRUCTURE INCORPORATING ACTIVE SITE CONTACTS 提交 2002-01-10 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–124（124 aa） 片段：N-terminal domain: Receiver domain, Residues 1-124
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.75；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.75；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.75；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.75；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF；压力 ambient
NMR样品组成 U-15N; 1.1-1.5mM NtrC receiver domain(1-124); 50mM sodium phosphate buffer(pH6.75); 50mM NaCl; 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF; 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 U-15N, 13C;1.1-1.5mM NtrC receiver domain(1-124); 50mM sodium phosphate buffer(pH6.75); 50mM NaCl; 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF; 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 10% 13C;1.1-1.5mM NtrC receiver domain(1-124); 50mM sodium phosphate buffer(pH6.75); 50mM NaCl; 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF; 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 U-15N; 1.1-1.5mM NtrC receiver domain(1-124); 50mM sodium phosphate buffer(pH6.75); 50mM NaCl; 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF; 95% H2O, 5% D2O; 30mg/ml phage pf1 | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
1KRX SOLUTION STRUCTURE OF BERYLLOFLUORIDE-ACTIVATED NTRC RECEIVER DOMAIN: MODEL STRUCTURES INCORPORATING ACTIVE SITE CONTACTS 提交 2002-01-10 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–124（124 aa） 片段：N-terminal domain: Receiver domain, Residues 1-124
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.75；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.75；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.75；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.75；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF；压力 ambient
NMR样品组成 U-15N, 1.1-1.5mM NtrC receiver domain(1-124), 50mM sodium phosphate buffer(pH6.75), 50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 U-15N, 13C, 1.1-1.5mM NtrC receiver domain(1-124), 50mM sodium phosphate buffer(pH6.75), 50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 10% 13C, 1.1-1.5mM NtrC receiver domain(1-124), 50mM sodium phosphate buffer(pH6.75), 50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 U-15N, 1.1-1.5mM NtrC receiver domain(1-124), 50mM sodium phosphate buffer(pH6.75), 50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF, 95% H2O, 5% D2O, 30mg/ml phage pf1 | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
1NTC SOLUTION STRUCTURE OF THE DNA-BINDING DOMAIN OF NTRC WITH THREE ALANINE SUBSTITUTIONS 提交 1999-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 379–469（91 aa）
链 B 379–469（91 aa）
突变：R456A, N457A, R461A 突变：R456A, N457A, R461A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.1；307 K；离子强度（mmCIF原始值）0.07；压力 1
NMR样品组成 90% WATER/10% D2O
分辨率未提供
1NTR SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL RECEIVER DOMAIN OF NTRC 提交 1994-09-16 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–124（124 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NTRC_SALTY
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1krw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1krw
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1krw
沉积日期 deposition_date2002-01-10
结构标题 titleSOLUTION STRUCTURE AND BACKBONE DYNAMICS OF BERYLLOFLUORIDE-ACTIVATED NTRC RECEIVER DOMAIN
关键词 keywordstwo component signal transduction, receiver domain, BeF3, phosphorylation, Bacterial nitrogen regulatory protein, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.27 Å
零角强度 I(0) i01686450000.00
分子量 molecular_weight353590.0 kDa
排除体积 excluded_volume444050 ų
包络体积 envelope_volume27883 ų
水化壳体积 shell_volume15184 ų
包络直径 envelope_diameter49.8 Å
壳层 Rg shell_rg21.49 Å
包络 Rg envelope_rg15.52 Å
形状 Rg shape_rg13.23 Å
总 Rg total_rg13.52 Å
总原子数 total_atoms49790
残基数 n_residues3224
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax45.5 Å
Rg (实空间) rg_real13.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6860e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9790e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1686000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8604
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.0 Å
偏度 Skewness skewness-0.017
峰度 Kurtosis kurtosis-0.396
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha372500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.731; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.997
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1krwa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.1 — CheY-like
家族 Family familyc.23.1.1 — CheY-related

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1krwA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)