1ksx

Crystal Structures of Two Intermediates in the Assembly of the Papillomavirus Replication Initiation Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

REPLICATION PROTEIN E1

Bovine papillomavirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 2	E1 Recognition Sequence × 2 water × 4	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 2	E1 Recognition Sequence × 2 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VE1_BPV1
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–148； UniProt 159–303 作者链 B； PDB构建体 4–148； UniProt 159–303 作者链 E； PDB构建体 4–148； UniProt 159–303 作者链 F； PDB构建体 4–148； UniProt 159–303 作者链 I； PDB构建体 4–148； UniProt 159–303 作者链 J； PDB构建体 4–148； UniProt 159–303 作者链 M； PDB构建体 4–148； UniProt 159–303 作者链 N； PDB构建体 4–148； UniProt 159–303

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ksx
沉积日期 deposition_date	2002-01-14
结构标题 title	Crystal Structures of Two Intermediates in the Assembly of the Papillomavirus Replication Initiation Complex
关键词 keywords	PAPILLOMAVIRUS, DNA-BINDING DOMAIN, REPLICATION, INITIATOR PROTEIN, HELICASE, REPLICATION-DNA COMPLEX; REPLICATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ksx__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ksx__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ksx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.16 Å
Rg（电子密度）	28.97 Å
总 Rg	29.59 Å
原子数	5512
残基数	622
排除体积	96841 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ksx__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ksx__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E1 Recognition Sequence
分子量 formula_weight	6444.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G,K,O
原子数 atom_count	11044

ATAATTGTTGTTAACAACAAT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	REPLICATION PROTEIN E1
分子量 formula_weight	16877.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F,I,J,M,N

GSRATVFKLGLFKSLFLCSFHDITRLFKNDKTTNQQWVLAVFGLAEVFFEASFELLKKQCSFLQMQKRSHEGGTCAVYLICFNTAKSRETVRNLMANMLNVREECLMLQPPKIRGLSAALFWFKSSLSPATLKHGALPEWIRAQTTLN

来源 Source

来源生物 organism	Bovine papillomavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10571
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1ksxa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.89 — Origin of replication-binding domain, RBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.89.1 — Origin of replication-binding domain, RBD-like
家族 Family family	d.89.1.2 — Replication initiation protein E1

结构域编号 domain_id	d1ksxb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.89 — Origin of replication-binding domain, RBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.89.1 — Origin of replication-binding domain, RBD-like
家族 Family family	d.89.1.2 — Replication initiation protein E1

结构域编号 domain_id	d1ksxe_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.89 — Origin of replication-binding domain, RBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.89.1 — Origin of replication-binding domain, RBD-like
家族 Family family	d.89.1.2 — Replication initiation protein E1

结构域编号 domain_id	d1ksxf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.89 — Origin of replication-binding domain, RBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.89.1 — Origin of replication-binding domain, RBD-like
家族 Family family	d.89.1.2 — Replication initiation protein E1

结构域编号 domain_id	d1ksxi_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.89 — Origin of replication-binding domain, RBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.89.1 — Origin of replication-binding domain, RBD-like
家族 Family family	d.89.1.2 — Replication initiation protein E1

结构域编号 domain_id	d1ksxj_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.89 — Origin of replication-binding domain, RBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.89.1 — Origin of replication-binding domain, RBD-like
家族 Family family	d.89.1.2 — Replication initiation protein E1

结构域编号 domain_id	d1ksxm_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.89 — Origin of replication-binding domain, RBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.89.1 — Origin of replication-binding domain, RBD-like
家族 Family family	d.89.1.2 — Replication initiation protein E1

结构域编号 domain_id	d1ksxn_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.89 — Origin of replication-binding domain, RBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.89.1 — Origin of replication-binding domain, RBD-like
家族 Family family	d.89.1.2 — Replication initiation protein E1

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1ksxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1310 — Replication Protein E1; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1ksxB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1310 — Replication Protein E1; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1ksxE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1310 — Replication Protein E1; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1ksxF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1310 — Replication Protein E1; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1ksxI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1310 — Replication Protein E1; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1ksxJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1310 — Replication Protein E1; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1ksxM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1310 — Replication Protein E1; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1ksxN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1310 — Replication Protein E1; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	84.246 Å
晶胞边长 b length_b	103.650 Å
晶胞边长 c length_c	124.996 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	42.620 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2630
R_free r_free	0.2850

Crystal Structures of Two Intermediates in the Assembly of the Papillomavirus Replication Initiation Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

REPLICATION PROTEIN E1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ksx__assembly_2__model_1

1ksx__assembly_2__model_1 | I(q)

1ksx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structures of Two Intermediates in the Assembly of the Papillomavirus Replication Initiation Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

REPLICATION PROTEIN E1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ksx__assembly_2__model_1

1ksx__assembly_2__model_1 | I(q)

1ksx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)