1ktd

CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS II MHC MOLECULE IEK BOUND TO PIGEON CYTOCHROME C PEPTIDE

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class II histocompatibility antigen, E-D alpha chain

Mus musculus

UniProt P01904

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Fusion protein consisting of cytochrome C peptide, glycine rich linker, and MHC E-beta-k × 1 （P00021,Q31163） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Fusion protein consisting of cytochrome C peptide, glycine rich linker, and MHC E-beta-k × 1 （P00021,Q31163） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 4	Fusion protein consisting of cytochrome C peptide, glycine rich linker, and MHC E-beta-k × 2 （P00021,Q31163） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SULFATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HA21_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–182； UniProt 26–207 作者链 C； PDB构建体 1–182； UniProt 26–207

Fusion protein consisting of cytochrome C peptide, glycine rich linker, and MHC E-beta-k

Mus musculus

UniProt P00021

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	H-2 class II histocompatibility antigen, E-D alpha chain × 1 （P01904） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2	H-2 class II histocompatibility antigen, E-D alpha chain × 1 （P01904） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 4	H-2 class II histocompatibility antigen, E-D alpha chain × 2 （P01904） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SULFATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYC_COLLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–14； UniProt 92–105 作者链 D； PDB构建体 1–14； UniProt 92–105

Fusion protein consisting of cytochrome C peptide, glycine rich linker, and MHC E-beta-k

Mus musculus

UniProt Q31163

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	H-2 class II histocompatibility antigen, E-D alpha chain × 1 （P01904） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2	H-2 class II histocompatibility antigen, E-D alpha chain × 1 （P01904） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 4	H-2 class II histocompatibility antigen, E-D alpha chain × 2 （P01904） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SULFATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q31163_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 30–215； UniProt 29–214 作者链 D； PDB构建体 30–215； UniProt 29–214

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ktd
沉积日期 deposition_date	2002-01-15
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS II MHC MOLECULE IEK BOUND TO PIGEON CYTOCHROME C PEPTIDE
关键词 keywords	Protein-peptide complex, T cell receptor, antigen presentation, cytochrome, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ktd__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ktd__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ktd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.79 Å
Rg（电子密度）	23.75 Å
总 Rg	24.65 Å
原子数	3232
残基数	397
排除体积	56986 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ktd__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ktd__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1ktd__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H-2 class II histocompatibility antigen, E-D alpha chain
分子量 formula_weight	21167.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6814

IKEEHTIIQAEFYLLPDKRGEFMFDFDGDEIFHVDIEKSETIWRLEEFAKFASFEAQGALANIAVDKANLDVMKERSNNTPDANVAPEVTVLSRSPVNLGEPNILICFIDKFSPPVVNVTWLRNGRPVTEGVSETVFLPRDDHLFRKFHYLTFLPSTDDFYDCEVDHWGLEEPLRKTWEFEE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fusion protein consisting of cytochrome C peptide, glycine rich linker, and MHC E-beta-k
分子量 formula_weight	24387.2 kDa
突变 mutation	T12S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

AADLIAYLKQASAKGGGGSLVGGGSGGGGSRPWFLEYCKSECHFYNGTQRVRLLVRYFYNLEENLRFDSDVGEFRAVTELGRPDAENWNSQPEFLEQKRAEVDTVCRHNYEIFDNFLVPRRVEPTVTVYPTKTQPLEHHNLLVCSVSDFYPGNIEVRWFRNGKEEKTGIVSTGLVRNGDWTFQTLVMLETVPQSGEVYTCQVEHPSLTDPVTVEW

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	317

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1ktda1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1ktda2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d1ktdb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1ktdb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d1ktdc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1ktdc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d1ktdd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1ktdd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1ktdA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	1ktdA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1ktdB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	1ktdB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1ktdC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	1ktdC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1ktdD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	1ktdD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	145.520 Å
晶胞边长 b length_b	57.300 Å
晶胞边长 c length_c	116.570 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2790

CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS II MHC MOLECULE IEK BOUND TO PIGEON CYTOCHROME C PEPTIDE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class II histocompatibility antigen, E-D alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fusion protein consisting of cytochrome C peptide, glycine rich linker, and MHC E-beta-k

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fusion protein consisting of cytochrome C peptide, glycine rich linker, and MHC E-beta-k

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ktd__assembly_2__model_1

1ktd__assembly_2__model_1 | I(q)

1ktd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS II MHC MOLECULE IEK BOUND TO PIGEON CYTOCHROME C PEPTIDE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class II histocompatibility antigen, E-D alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fusion protein consisting of cytochrome C peptide, glycine rich linker, and MHC E-beta-k

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fusion protein consisting of cytochrome C peptide, glycine rich linker, and MHC E-beta-k

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ktd__assembly_2__model_1

1ktd__assembly_2__model_1 | I(q)

1ktd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)