SAXSdb — 1kxj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Amidotransferase hisH

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–201	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；2 M mono-Ammonium dihydrogen Phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.80 Å R-free 0.274
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–201	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；2 M mono-Ammonium dihydrogen Phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.80 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1KXJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GPW Structural evidence for ammonia tunneling across the (beta/alpha)8 barrel of the imidazole glycerol phosphate synthase bienzyme complex. 提交 2001-11-12	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–201（201 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PROTEIN SOLUTION: 10 MM TRIS (PH 8.0), 1 MM DTT, 1 MM EDTA, 28.8 MG/ML PROTEIN COMPLEX. PRECIPITATE SOLUTION: 15 %[W/V] PEG-8000, 0.9 M AMMONIUM NITRATE, 0.1 M HEPES/HCL (PH 8.5), 10 MM DTT, 5% [V/V] MPD	分辨率 2.40 Å R-free 0.290
1GPW Structural evidence for ammonia tunneling across the (beta/alpha)8 barrel of the imidazole glycerol phosphate synthase bienzyme complex. 提交 2001-11-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–201（201 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PROTEIN SOLUTION: 10 MM TRIS (PH 8.0), 1 MM DTT, 1 MM EDTA, 28.8 MG/ML PROTEIN COMPLEX. PRECIPITATE SOLUTION: 15 %[W/V] PEG-8000, 0.9 M AMMONIUM NITRATE, 0.1 M HEPES/HCL (PH 8.5), 10 MM DTT, 5% [V/V] MPD	分辨率 2.40 Å R-free 0.290
1GPW Structural evidence for ammonia tunneling across the (beta/alpha)8 barrel of the imidazole glycerol phosphate synthase bienzyme complex. 提交 2001-11-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–201（201 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PROTEIN SOLUTION: 10 MM TRIS (PH 8.0), 1 MM DTT, 1 MM EDTA, 28.8 MG/ML PROTEIN COMPLEX. PRECIPITATE SOLUTION: 15 %[W/V] PEG-8000, 0.9 M AMMONIUM NITRATE, 0.1 M HEPES/HCL (PH 8.5), 10 MM DTT, 5% [V/V] MPD	分辨率 2.40 Å R-free 0.290
1K9V Structural evidence for ammonia tunelling across the (beta-alpha)8-barrel of the imidazole glycerol phosphate synthase bienzyme complex 提交 2001-10-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–201（201 aa）	未记录	ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；PEG 200, sodium acetate, DTT, calcium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.40 Å R-free 0.278
2WJZ Crystal structure of (HisH) K181A Y138A mutant of imidazoleglycerolphosphate synthase (HisH HisF) which displays constitutive glutaminase activity 提交 2009-06-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–201（201 aa）	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PEG8K 10-12%, 100 MM HEPES PH = 8.5 22.5MM NH4NO3 / NH4AC 5% (V/V) MPD 10 MM DTT 20 MM L-GLN PROT. CONC.= 12 MG/ML	分辨率 2.60 Å R-free 0.218
2WJZ Crystal structure of (HisH) K181A Y138A mutant of imidazoleglycerolphosphate synthase (HisH HisF) which displays constitutive glutaminase activity 提交 2009-06-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–201（201 aa）	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PEG8K 10-12%, 100 MM HEPES PH = 8.5 22.5MM NH4NO3 / NH4AC 5% (V/V) MPD 10 MM DTT 20 MM L-GLN PROT. CONC.= 12 MG/ML	分辨率 2.60 Å R-free 0.218
2WJZ Crystal structure of (HisH) K181A Y138A mutant of imidazoleglycerolphosphate synthase (HisH HisF) which displays constitutive glutaminase activity 提交 2009-06-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–201（201 aa）	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PEG8K 10-12%, 100 MM HEPES PH = 8.5 22.5MM NH4NO3 / NH4AC 5% (V/V) MPD 10 MM DTT 20 MM L-GLN PROT. CONC.= 12 MG/ML	分辨率 2.60 Å R-free 0.218
3ZR4 STRUCTURAL EVIDENCE FOR AMMONIA TUNNELING ACROSS THE (BETA-ALPHA)8 BARREL OF THE IMIDAZOLE GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE BIENZYME COMPLEX 提交 2011-06-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–201（201 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 GLN GLUTAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.41 Å R-free 0.258
3ZR4 STRUCTURAL EVIDENCE FOR AMMONIA TUNNELING ACROSS THE (BETA-ALPHA)8 BARREL OF THE IMIDAZOLE GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE BIENZYME COMPLEX 提交 2011-06-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–201（201 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 GLN GLUTAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.41 Å R-free 0.258
3ZR4 STRUCTURAL EVIDENCE FOR AMMONIA TUNNELING ACROSS THE (BETA-ALPHA)8 BARREL OF THE IMIDAZOLE GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE BIENZYME COMPLEX 提交 2011-06-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–201（201 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.41 Å R-free 0.258
6RTZ Light-Regulation of Imidazole Glycerol Phosphate Synthase by Interference with its Allosteric Machinery through Photo-Sensitive Unnatural Amino Acids 提交 2019-05-27	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–201（201 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG	分辨率 2.87 Å R-free 0.336
6RU0 Light-Regulation of Imidazole Glycerol Phosphate Synthase by Interference with its Allosteric Machinery through Photo-Sensitive Unnatural Amino Acids 提交 2019-05-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–201（201 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG	分辨率 2.65 Å R-free 0.272
6RU0 Light-Regulation of Imidazole Glycerol Phosphate Synthase by Interference with its Allosteric Machinery through Photo-Sensitive Unnatural Amino Acids 提交 2019-05-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–201（201 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG	分辨率 2.65 Å R-free 0.272
6RU0 Light-Regulation of Imidazole Glycerol Phosphate Synthase by Interference with its Allosteric Machinery through Photo-Sensitive Unnatural Amino Acids 提交 2019-05-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–201（201 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG	分辨率 2.65 Å R-free 0.272
6YMU Imidazole Glycerol Phosphate Synthase 提交 2020-04-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–201（201 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；PEG	分辨率 2.11 Å R-free 0.250
6YMU Imidazole Glycerol Phosphate Synthase 提交 2020-04-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–201（201 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；PEG	分辨率 2.11 Å R-free 0.250
6YMU Imidazole Glycerol Phosphate Synthase 提交 2020-04-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–201（201 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；PEG	分辨率 2.11 Å R-free 0.250
7AC8 Molecular basis for the unique allosteric activation mechanism of the heterodimeric imidazole glycerol phosphate synthase complex. 提交 2020-09-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–201（201 aa）	突变：C84A	GUO [(2R,3S,4R,5R)-5-[4-aminocarbonyl-5-[(E)-[[(2R,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]amino]methylideneamino]imidazol-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 GLN GLUTAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；Pentaerythritol (5/4 PO/OH), sodium thiocyanate, HEPES, L-glutamine, ProFAR	分辨率 2.06 Å R-free 0.186
7AC8 Molecular basis for the unique allosteric activation mechanism of the heterodimeric imidazole glycerol phosphate synthase complex. 提交 2020-09-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–201（201 aa）	突变：C84A	GLN GLUTAMINE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；Pentaerythritol (5/4 PO/OH), sodium thiocyanate, HEPES, L-glutamine, ProFAR	分辨率 2.06 Å R-free 0.186
7AC8 Molecular basis for the unique allosteric activation mechanism of the heterodimeric imidazole glycerol phosphate synthase complex. 提交 2020-09-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–201（201 aa）	突变：C84A	GUO [(2R,3S,4R,5R)-5-[4-aminocarbonyl-5-[(E)-[[(2R,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]amino]methylideneamino]imidazol-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 GLN GLUTAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；Pentaerythritol (5/4 PO/OH), sodium thiocyanate, HEPES, L-glutamine, ProFAR	分辨率 2.06 Å R-free 0.186

共 8 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HIS5_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–203； UniProt 1–201 作者链 B； PDB构建体 3–203； UniProt 1–201

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1kxj
沉积日期 deposition_date	2002-01-31
结构标题 title	The Crystal Structure of Glutamine Amidotransferase from Thermotoga maritima
关键词 keywords	alpha-beta-alpha, Structural genomics, PSI, Protein Structure Initiative, Midwest Center for Structural Genomics, MCSG, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.68 Å
零角强度 I(0) i0	37855100.00
分子量 molecular_weight	46712.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58127 Å³
包络体积 envelope_volume	69283 Å³
水化壳体积 shell_volume	24776 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.6 Å
壳层 Rg shell_rg	30.54 Å
包络 Rg envelope_rg	23.88 Å
形状 Rg shape_rg	23.69 Å
总 Rg total_rg	24.44 Å
总原子数 total_atoms	3282
残基数 n_residues	403
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2010e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37850000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8830
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.408
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.383
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9781000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.856; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.939

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1kxja1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family family	c.23.16.1 — Class I glutamine amidotransferases (GAT)

结构域编号 domain_id	d1kxja2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1kxjb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family family	c.23.16.1 — Class I glutamine amidotransferases (GAT)

结构域编号 domain_id	d1kxjb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1kxjA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	1kxjB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.045 Å
晶胞边长 b length_b	82.045 Å
晶胞边长 c length_c	176.352 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	39.960 Å
R 因子 r_factor	0.2290
R_work r_work	0.2290
R_free r_free	0.2740

描述 description	Amidotransferase hisH
分子量 formula_weight	23469.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3282

The Crystal Structure of Glutamine Amidotransferase from Thermotoga maritima

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Amidotransferase hisH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

fit	/app/data/saxs_computation/kx/1kxj/1kxj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kx/1kxj/1kxj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kx/1kxj/1kxj.dat