SAXSdb — 1kxo

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DigA16

Pieris brassicae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 16–189	突变：N1D, N21G, E28Q, K31A, N34D, S35H, V36I, E37T, N48R, H60S, I69S, K87S, L88Y, Y90I, K95Q, N97G, Y114F, K116S, Q125M, F127L, K135M	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；0.1-M Hepes, 10% Isopropanole, 19% PEG 4000, pH = 7.8, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.289

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1KXO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BBP MOLECULAR STRUCTURE OF THE BILIN BINDING PROTEIN (BBP) FROM PIERIS BRASSICAE AFTER REFINEMENT AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION. 提交 1990-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 16–188（173 aa）链 B 16–188（173 aa）链 C 16–188（173 aa）链 D 16–188（173 aa）	未记录	BLV BILIVERDIN IX GAMMA CHROMOPHORE × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1LKE ENGINEERED LIPOCALIN DIGA16 IN COMPLEX WITH DIGOXIGENIN 提交 2002-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–189（174 aa）	突变：N1D, N21G, E28Q, K31A, N34D, S35H, V36I, E37T, N48R, H60S, I69S, K87S, L88Y, Y90I, K95Q, N97G, Y114F, K116S, Q125M, F127L, K135M	DOG DIGOXIGENIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.1-M HEPES, 10% ISOPROPANOL, 19% PEG 4000, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
1LNM ANTICALIN DIGA16 IN COMPLEX WITH DIGITOXIGENIN 提交 2002-05-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–189（174 aa）	突变：N1D, N21G, E28Q, K31A, N34D, S35H, V36I, E37T, N48R, H60S, I69S, K87S, L88Y, Y90I, K95Q, N97G, Y114F, K116S, Q125M, F127L, K135M	DTX DIGITOXIGENIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；0.1-M hepes, 10% isopropanol, 19% peg 4000, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.245
1N0S ENGINEERED LIPOCALIN FLUA IN COMPLEX WITH FLUORESCEIN 提交 2002-10-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–189（174 aa）	未记录	FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；2.0 M (NH4)2SO4, 2% (w/v) PEG 400, 10 mM hepes/naoh, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 KK	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
1N0S ENGINEERED LIPOCALIN FLUA IN COMPLEX WITH FLUORESCEIN 提交 2002-10-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 16–189（174 aa）	未记录	FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；2.0 M (NH4)2SO4, 2% (w/v) PEG 400, 10 mM hepes/naoh, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 KK	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
1T0V NMR Solution Structure of the Engineered Lipocalin FluA(R95K) Northeast Structural Genomics Target OR17 提交 2004-04-13	突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–189（174 aa）	突变：R95K	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NaCl; 10 mM Na-PO4; 50 mM benzamidine; 0.2 mM EDTA；压力 ambient NMR样品组成 0.7 mM FluA(R95K) U-13C,15N 150 mM NaCl 10 mM Na-PO4 0.2 mM EDTA 50 mM benzamidine pH 6.4 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM FluA(R95K) U-50% 2H,15N 150 mM NaCl 10 mM Na-PO4 0.2 mM EDTA 50 mM benzamidine pH 6.4 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM FluA(R95K) U-15N 150 mM NaCl 10 mM Na-PO4 0.2 mM EDTA 50 mM benzamidine pH 6.4 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM FluA(R95K) 150 mM NaCl 10 mM Na-PO4 0.2 mM EDTA 50 mM benzamidine pH 6.4 \| 100% D2O NMR样品组成 0.7 mM FluA(R95K) 150 mM NaCl 10 mM Na-PO4 0.2 mM EDTA 50 mM benzamidine pH 6.4 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BBP_PIEBR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–174； UniProt 16–189

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1kxo
沉积日期 deposition_date	2002-02-01
结构标题 title	ENGINEERED LIPOCALIN DIGA16 : APO-FORM
关键词 keywords	pieris brassicae, lipocalin, anticalin, genetical engineering, digoxigenin, LIGAND BINDING PROTEIN; LIGAND BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.38 Å
零角强度 I(0) i0	6518990.00
分子量 molecular_weight	18663.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23377 Å³
包络体积 envelope_volume	27159 Å³
水化壳体积 shell_volume	14817 Å³
包络直径 envelope_diameter	49.2 Å
壳层 Rg shell_rg	21.32 Å
包络 Rg envelope_rg	15.66 Å
形状 Rg shape_rg	15.33 Å
总 Rg total_rg	16.65 Å
总原子数 total_atoms	1320
残基数 n_residues	165
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	51.0 Å
Rg (实空间) rg_real	16.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5190e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.4730e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6519000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8993
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.050
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.443
角度范围 angular_range	— – 0.4750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1104000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.905; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.996

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1kxoa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.1 — Retinol binding protein-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1kxoA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

▶

8. 引用文献 (3)

▶

晶胞边长 a length_a	73.873 Å
晶胞边长 b length_b	63.476 Å
晶胞边长 c length_c	38.191 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	48.220 Å
R 因子 r_factor	0.2123
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2890

描述 description	DigA16
分子量 formula_weight	20833.2 kDa
突变 mutation	N1D, N21G, E28Q, K31A, N34D, S35H, V36I, E37T, N48R, H60S, I69S, K87S, L88Y, Y90I, K95Q, N97G, Y114F, K116S, Q125M, F127L, K135M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1424

ENGINEERED LIPOCALIN DIGA16 : APO-FORM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DigA16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Pieris brassicae
通用名 common_name	large cabbage white
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	104

fit	/app/data/saxs_computation/kx/1kxo/1kxo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kx/1kxo/1kxo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kx/1kxo/1kxo.dat