1kxq

Camelid VHH Domain in Complex with Porcine Pancreatic alpha-Amylase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 202.4 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

alpha-amylase, pancreatic

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–496	未记录	antibody VHH fragment CABAMD9 × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Phosphate buffer 0.8 M, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.219
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–496	未记录	antibody VHH fragment CABAMD9 × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Phosphate buffer 0.8 M, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.219
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–496	未记录	antibody VHH fragment CABAMD9 × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Phosphate buffer 0.8 M, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.219
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–496	未记录	antibody VHH fragment CABAMD9 × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Phosphate buffer 0.8 M, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1KXQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BVN PIG PANCREATIC ALPHA-AMYLASE IN COMPLEX WITH THE PROTEINACEOUS INHIBITOR TENDAMISTAT 提交 1998-09-16	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 1–496（496 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PROTEIN: 12 MG/ML IN 50 MM TRIS/HCL, PH 8.0, MIXED 5:1 WITH 40% (W/V) PEG 1000; RESERVOIR: 0.18-0.20 M SODIUM PHOSPHATE, PH 8.0 HARVESTED IN: 3 M SODIUM ACETATE, PH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.260
1DHK STRUCTURE OF PORCINE PANCREATIC ALPHA-AMYLASE 提交 1996-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–496（495 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.85 Å R-free 0.220
1HX0 Structure of pig pancreatic alpha-amylase complexed with the "truncate" acarbose molecule (pseudotrisaccharide) 提交 2001-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	突变：Q16PCA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 4 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 8.5；277 K；CaCl2, pH 8.5, batch, temperature 277K	分辨率 1.38 Å R-free 0.130
1JFH STRUCTURE OF A PANCREATIC ALPHA-AMYLASE BOUND TO A SUBSTRATE ANALOGUE AT 2.03 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1997-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–496（495 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1 HG MERCURY (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.03 Å R-free 0.185
1KXT Camelid VHH Domains in Complex with Porcine Pancreatic alpha-Amylase 提交 2002-02-01	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–496（496 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG 20000 15%, Malate imidazole 0.2M, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
1KXT Camelid VHH Domains in Complex with Porcine Pancreatic alpha-Amylase 提交 2002-02-01	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–496（496 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG 20000 15%, Malate imidazole 0.2M, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
1KXT Camelid VHH Domains in Complex with Porcine Pancreatic alpha-Amylase 提交 2002-02-01	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–496（496 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG 20000 15%, Malate imidazole 0.2M, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
1KXV Camelid VHH Domains in Complex with Porcine Pancreatic alpha-Amylase 提交 2002-02-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–496（496 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；PEG4000 32%, Na citrate 0.1M & Ammonium Acetate 0.2M, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.229
1KXV Camelid VHH Domains in Complex with Porcine Pancreatic alpha-Amylase 提交 2002-02-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–496（496 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；PEG4000 32%, Na citrate 0.1M & Ammonium Acetate 0.2M, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.229
1OSE Porcine pancreatic alpha-amylase complexed with acarbose 提交 1996-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–496（495 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BGC beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.222
1PIF PIG ALPHA-AMYLASE 提交 1996-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–511（495 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.208
1PIG PIG PANCREATIC ALPHA-AMYLASE COMPLEXED WITH THE OLIGOSACCHARIDE V-1532 提交 1996-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–496（495 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HMC 5-HYDROXYMETHYL-CHONDURITOL × 1 BGC beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；VAPOR DIFFUSION; 10 MICROLITER OF PROTEIN (15 MG/ML IN 0.1 M AMMONIUM CACODYLATE, PH 10.0 0.001 M V-1532) WERE STEPWISE CONCENTRATED OVER 0.1, 0.15, AND 0.25 M AMMONIUM CACODYLATE, PH 6.0., vapor diffusion	分辨率 2.20 Å R-free 0.210
1PPI THE ACTIVE CENTER OF A MAMMALIAN ALPHA-AMYLASE. THE STRUCTURE OF THE COMPLEX OF A PANCREATIC ALPHA-AMYLASE WITH A CARBOHYDRATE INHIBITOR REFINED TO 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-02-22	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–496（496 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1UA3 Crystal structure of the pig pancreatic a-amylase complexed with malto-oligosaccharides 提交 2003-02-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–496（496 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 BGC beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 8；277 K；Sodium chloride, Calsium chloride, pH 8.0, LIQUID DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.01 Å R-free 0.196
1VAH Crystal structure of the pig pancreatic-amylase complexed with r-nitrophenyl-a-D-maltoside 提交 2004-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NPO P-NITROPHENOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 8；295 K；SODIUM CHLORIDE, CALSIUM CHLORIDE, pH 8.0, LIQUID DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.233
1WO2 Crystal structure of the pig pancreatic alpha-amylase complexed with malto-oligosaacharides under the effect of the chloride ion 提交 2004-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）	突变：Q16PCA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；277 K；Tris, Calcium chloride, Sodium chloride, pH 8, EVAPORATION, temperature 277K	分辨率 2.01 Å R-free 0.184
3L2L X-ray Crystallographic Analysis of Pig Pancreatic Alpha-Amylase with Limit Dextrin and Oligosaccharide 提交 2009-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）片段：residues 16-511	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GLC alpha-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.75；298 K；0.010 M cacodylate, 0.002 M calcium chloride, pH 6.75, EVAPORATION, temperature 298K	分辨率 2.11 Å R-free 0.157
3L2M X-ray Crystallographic Analysis of Pig Pancreatic Alpha-Amylase with Alpha-cyclodextrin 提交 2009-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–511（496 aa）片段：residues 16-511	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.75；298 K；0.010 M cacodylate, 0.002 M calcium chloride, soaking of alpha-cyclodextrin, pH 6.75, EVAPORATION, temperature 298K	分辨率 1.97 Å R-free 0.160
4X0N Porcine pancreatic alpha-amylase in complex with helianthamide, a novel proteinaceous inhibitor 提交 2014-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 16–511（496 aa）片段：UNP residues 16-511	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；300 K；100 mM Tris, 8% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.226

共 16 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMYP_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–496； UniProt 1–496 作者链 B； PDB构建体 1–496； UniProt 1–496 作者链 C； PDB构建体 1–496； UniProt 1–496 作者链 D； PDB构建体 1–496； UniProt 1–496

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1kxq
沉积日期 deposition_date	2002-02-01
结构标题 title	Camelid VHH Domain in Complex with Porcine Pancreatic alpha-Amylase
关键词 keywords	ALPHA 8 BETA 8, BETA BARREL, HYDROLASE, IMMUNE SYSTEM; HYDROLASE, IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.55 Å
零角强度 I(0) i0	1151910000.00
分子量 molecular_weight	273870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	338480 Å³
包络体积 envelope_volume	445220 Å³
水化壳体积 shell_volume	71409 Å³
包络直径 envelope_diameter	228.1 Å
壳层 Rg shell_rg	49.25 Å
包络 Rg envelope_rg	59.90 Å
形状 Rg shape_rg	59.54 Å
总 Rg total_rg	59.26 Å
总原子数 total_atoms	19312
残基数 n_residues	2464
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	202.4 Å
Rg (实空间) rg_real	59.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1520e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1148000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7292
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.707
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.123
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0004
最高正则化参数 α highest_alpha	63520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.588; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.525; Smooth: 0.189

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	alpha-amylase, pancreatic
分子量 formula_weight	55462.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	22119

QYAPQTQSGRTSIVHLFEWRWVDIALECERYLGPKGFGGVQVSPPNENIVVTNPSRPWWERYQPVSYKLCTRSGNENEFRDMVTRCNNVGVRIYVDAVINHMCGSGAAAGTGTTCGSYCNPGSREFPAVPYSAWDFNDGKCKTASGGIESYNDPYQVRDCQLVGLLDLALEKDYVRSMIADYLNKLIDIGVAGFRIDASKHMWPGDIKAVLDKLHNLNTNWFPAGSRPFIFQEVIDLGGEAIKSSEYFGNGRVTEFKYGAKLGTVVRKWSGEKMSYLKNWGEGWGFMPSDRALVFVDNHDNQRGHGAGGSSILTFWDARLYKIAVGFMLAHPYGFTRVMSSYRWARNFVNGEDVNDWIGPPNNNGVIKEVTINADTTCGNDWVCEHRWREIRNMVWFRNVVDGQPFANWWDNGSNQVAFGRGNRGFIVFNNDDWQLSSTLQTGLPGGTYCDVISGDKVGNSCTGIKVYVSSDGTAQFSISNSAEDPFIAIHAESKL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	antibody VHH fragment CABAMD9
分子量 formula_weight	13016.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

QVQLVESGGGSVQAGGSLSLSCAASTYTDTVGWFRQAPGKEREGVAAIYRRTGYTYSADSVKGRFTLSQDNNKNTVYLQMNSLKPEDTGIYYCATGNSVRLASWEGYFYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Camelus dromedarius
通用名 common_name	Arabian camel
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9838
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2807

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1kxqa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.1 — alpha-Amylases, C-terminal beta-sheet domain

结构域编号 domain_id	d1kxqa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1kxqb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.1 — alpha-Amylases, C-terminal beta-sheet domain

结构域编号 domain_id	d1kxqb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1kxqc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.1 — alpha-Amylases, C-terminal beta-sheet domain

结构域编号 domain_id	d1kxqc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1kxqd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.1 — alpha-Amylases, C-terminal beta-sheet domain

结构域编号 domain_id	d1kxqd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1kxqe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1kxqf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1kxqg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1kxqh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1kxqA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1kxqA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	1kxqB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1kxqB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	1kxqC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1kxqC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	1kxqD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1kxqD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	1kxqE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1kxqF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1kxqG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1kxqH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	65.170 Å
晶胞边长 b length_b	100.920 Å
晶胞边长 c length_c	103.740 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	79.31 °
晶胞夹角 β angle_beta	72.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	86.11 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	29.790 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1970
R_free r_free	0.2190

fit	/app/data/saxs_computation/kx/1kxq/1kxq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kx/1kxq/1kxq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kx/1kxq/1kxq.dat

Camelid VHH Domain in Complex with Porcine Pancreatic alpha-Amylase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

alpha-amylase, pancreatic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)