1l1l

CRYSTAL STRUCTURE OF B-12 DEPENDENT (CLASS II) RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE REDUCTASE

Lactobacillus leichmannii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RTPR_LACLE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–739； UniProt 1–739 作者链 B； PDB构建体 1–739； UniProt 1–739 作者链 C； PDB构建体 1–739； UniProt 1–739 作者链 D； PDB构建体 1–739； UniProt 1–739

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1l1l
沉积日期 deposition_date	2002-02-18
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF B-12 DEPENDENT (CLASS II) RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE
关键词 keywords	10-stranded alpha-beta barrel, central finger loop, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1l1l__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1l1l__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1l1l__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.46 Å
Rg（电子密度）	26.33 Å
总 Rg	27.16 Å
原子数	5588
残基数	717
排除体积	98889 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1l1l__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1l1l__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1l1l__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1l1l__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RIBONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE REDUCTASE
分子量 formula_weight	82071.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.4.2
突变 mutation	C731/736S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	25227

MSEEISLSAEFIDRVKASVKPHWGKLGWVTYKRTYARWLPEKGRSENWDETVKRVVEGNINLDPRLQDSPSLELKQSLTEEAERLYKLIYGLGATPSGRNLWISGTDYQRRTGDSLNNCWFVAIRPQKYGDSKIVPSYLGKQEKAVSMPFSFLFDELMKGGGVGFSVARSNISQIPRVDFAIDLQLVVDETSESYDASVKVGAVGKNELVQDADSIYYRLPDTREGWVLANALLIDLHFAQTNPDRKQKLILDLSDIRPYGAEIHGFGGTASGPMPLISMLLDVNEVLNNKAGGRLTAVDAADICNLIGKAVVAGNVRRSAELALGSNDDQDFISMKQDQEKLMHHRWASNNSVAVDSAFSGYQPIAAGIRENGEPGIVNLDLSKNYGRIVDGYQAGIDGDVEGTNPCGEISLANGEPCNLFEVFPLIAEEQGWDLQEVFALAARYAKRVTFSPYDWEISREIIQKNRRIGISMSGIQDWLLTRLGNRVVTGFKDDFDPETHEAIKVPVYDKRAIKMVDQLYKAVVKADQDYSKTLGCNESIKHTTVKPSGTVAKLAGASEGMHFHYGAYLIQRIRFQDSDPLLPALKACGYRTEADIYTENTTCVEFPIKAVGADNPNFASAGTVSIAEQFATQAFLQTYWSDNAVSCTITFQDSEGDQVESLLRQYRFITKSTSLLPYFGGSLQQAPKEPIDKETYEKRSQEITGNVEEVFSQLNSDVKDLELVDQTDCEGGACPIK

来源 Source

来源生物 organism	Lactobacillus leichmannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	28039
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2875

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1l1la_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.7 — PFL-like glycyl radical enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.7.1 — PFL-like glycyl radical enzymes
家族 Family family	c.7.1.4 — B12-dependent (class II) ribonucleotide reductase

结构域编号 domain_id	d1l1lb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.7 — PFL-like glycyl radical enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.7.1 — PFL-like glycyl radical enzymes
家族 Family family	c.7.1.4 — B12-dependent (class II) ribonucleotide reductase

结构域编号 domain_id	d1l1lc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.7 — PFL-like glycyl radical enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.7.1 — PFL-like glycyl radical enzymes
家族 Family family	c.7.1.4 — B12-dependent (class II) ribonucleotide reductase

结构域编号 domain_id	d1l1ld_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.7 — PFL-like glycyl radical enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.7.1 — PFL-like glycyl radical enzymes
家族 Family family	c.7.1.4 — B12-dependent (class II) ribonucleotide reductase

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1l1lA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1l1lA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1620 — b-12 dependent (class ii) ribonucleotide reductase, Chain A, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — b-12 dependent (class ii) ribonucleotide reductase, Chain A, Domain 2

结构域编号 domain_id	1l1lA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1390 — b-12 dependent (class ii) ribonucleotide reductase, chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — b-12 dependent (class ii) ribonucleotide reductase, chain A, domain 3

结构域编号 domain_id	1l1lB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1l1lB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1620 — b-12 dependent (class ii) ribonucleotide reductase, Chain A, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — b-12 dependent (class ii) ribonucleotide reductase, Chain A, Domain 2

结构域编号 domain_id	1l1lB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1390 — b-12 dependent (class ii) ribonucleotide reductase, chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — b-12 dependent (class ii) ribonucleotide reductase, chain A, domain 3

结构域编号 domain_id	1l1lC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1l1lC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1620 — b-12 dependent (class ii) ribonucleotide reductase, Chain A, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — b-12 dependent (class ii) ribonucleotide reductase, Chain A, Domain 2

结构域编号 domain_id	1l1lC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1390 — b-12 dependent (class ii) ribonucleotide reductase, chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — b-12 dependent (class ii) ribonucleotide reductase, chain A, domain 3

结构域编号 domain_id	1l1lD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1l1lD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1620 — b-12 dependent (class ii) ribonucleotide reductase, Chain A, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — b-12 dependent (class ii) ribonucleotide reductase, Chain A, Domain 2

结构域编号 domain_id	1l1lD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1390 — b-12 dependent (class ii) ribonucleotide reductase, chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — b-12 dependent (class ii) ribonucleotide reductase, chain A, domain 3

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晶胞边长 a length_a	120.500 Å
晶胞边长 b length_b	114.700 Å
晶胞边长 c length_c	121.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2230
R_free r_free	0.2660

CRYSTAL STRUCTURE OF B-12 DEPENDENT (CLASS II) RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE REDUCTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1l1l__assembly_4__model_1

1l1l__assembly_4__model_1 | I(q)

1l1l__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF B-12 DEPENDENT (CLASS II) RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE REDUCTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1l1l__assembly_4__model_1

1l1l__assembly_4__model_1 | I(q)

1l1l__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)