SAXSdb — 1l2g

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein D

Human herpesvirus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGLD_HHV1P
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–287； UniProt 26–310 作者链 B； PDB构建体 3–287； UniProt 26–310 作者链 C； PDB构建体 3–287； UniProt 26–310 作者链 D； PDB构建体 3–287； UniProt 26–310

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1l2g
沉积日期 deposition_date	2002-02-21
结构标题 title	Structure of a C-terminally truncated form of glycoprotein D from HSV-1
关键词 keywords	Ig fold, viral envelope glycoprotein, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1l2g__assembly_2__model_2

Assembly 2 · Model 2 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1l2g__assembly_2__model_2 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1l2g__assembly_2__model_2 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.35 Å
Rg（电子密度）	26.72 Å
总 Rg	27.44 Å
原子数	3844
残基数	484
排除体积	68733 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1l2g__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	2	`1l2g__assembly_1__model_2`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1l2g__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	2	`1l2g__assembly_2__model_2`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1l2g__assembly_3__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	2	`1l2g__assembly_3__model_2`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1l2g__assembly_4__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	2	`1l2g__assembly_4__model_2`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1l2ga_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1l2gb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1l2gc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1l2gd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1l2gA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Glycoprotein D; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1l2gB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Glycoprotein D; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1l2gC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Glycoprotein D; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1l2gD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Glycoprotein D; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	131.416 Å
晶胞边长 b length_b	131.416 Å
晶胞边长 c length_c	83.265 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 4
空间群编号 int_tables_number	75
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2830
R_work r_work	0.2780
R_free r_free	0.2970

描述 description	Glycoprotein D
分子量 formula_weight	31837.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,C
原子数 atom_count	15376

Structure of a C-terminally truncated form of glycoprotein D from HSV-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1l2g__assembly_2__model_2

1l2g__assembly_2__model_2 | I(q)

1l2g__assembly_2__model_2 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)

来源生物 organism	Human herpesvirus 1
通用名 common_name	Herpes simplex virus type 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10298
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Structure of a C-terminally truncated form of glycoprotein D from HSV-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1l2g__assembly_2__model_2

1l2g__assembly_2__model_2 | I(q)

1l2g__assembly_2__model_2 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)