SAXSdb — 1l4z

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plasminogen

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Streptokinase × 1 （P00779） CADMIUM ION × 6 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Streptokinase × 2 （P00779） CADMIUM ION × 12 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLMN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–248； UniProt 563–810

Streptokinase

Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis

UniProt P00779

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Plasminogen × 1 （P00747） CADMIUM ION × 6 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Plasminogen × 2 （P00747） CADMIUM ION × 12 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STRP_STREQ
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–136； UniProt 1–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1l4z
沉积日期 deposition_date	2002-03-06
结构标题 title	X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MICROPLASMINOGEN WITH ALPHA DOMAIN OF STREPTOKINASE IN THE PRESENCE CADMIUM IONS
关键词 keywords	plasminogen, streptokinase, protein complex, HYDROLASE-BLOOD CLOTTING COMPLEX; HYDROLASE/BLOOD CLOTTING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1l4z__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1l4z__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1l4z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.33 Å
Rg（电子密度）	22.62 Å
总 Rg	23.35 Å
原子数	2888
残基数	373
排除体积	51560 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1l4z__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1l4z__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Plasminogen
分子量 formula_weight	27177.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.7
突变 mutation	S741A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2958

PSFDCGKPQVEPKKCPGRVVGGCVAHPHSWPWQVSLRTRFGMHFCGGTLISPEWVLTAAHCLEKSPRPSSYKVILGAHQEVNLEPHVQEIEVSRLFLEPTRKDIALLKLSSPAVITDKVIPACLPSPNYVVADRTECFITGWGETQGTFGAGLLKEAQLPVIENKVCNRYEFLNGRVQSTELCAGHLAGGTDSCQGDAGGPLVCFEKDKYILQGVTSWGLGCARPNKPGVYVRVSRFVTWIEGVMRNN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Streptokinase
分子量 formula_weight	14907.7 kDa
突变 mutation	Q5E, W6A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MIAGPEALLDRPSVNNSQLVVSVAGTVEGTNQDISLKFFEIDLTSRPASKPFATDSGAMPHKLEKADLLKAIQEQLIANVHSNDDYFEVIDFASDATITDRNGKVYFADKDGSVTLPTQPVQEFLLSGHVRVRPYK

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	119602
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	70

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1l4za_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1l4zb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.5 — Staphylokinase/streptokinase
家族 Family family	d.15.5.1 — Staphylokinase/streptokinase

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1l4zA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1l4zA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1l4zB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

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晶胞边长 a length_a	118.400 Å
晶胞边长 b length_b	118.400 Å
晶胞边长 c length_c	134.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2620

X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MICROPLASMINOGEN WITH ALPHA DOMAIN OF STREPTOKINASE IN THE PRESENCE CADMIUM IONS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plasminogen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Streptokinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1l4z__assembly_1__model_1

1l4z__assembly_1__model_1 | I(q)

1l4z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MICROPLASMINOGEN WITH ALPHA DOMAIN OF STREPTOKINASE IN THE PRESENCE CADMIUM IONS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plasminogen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Streptokinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1l4z__assembly_1__model_1

1l4z__assembly_1__model_1 | I(q)

1l4z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)