1l6e

Solution structure of the docking and dimerization domain of protein kinase A II-alpha (RIIalpha D/D). Alternatively called the N-terminal dimerization domain of the regulatory subunit of protein kinase A.

Method: SOLUTION NMR Dmax: 61.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-dependent protein kinase Type II-alpha regulatory chain

Mus musculus

UniProt P12367

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–43 链 B; UniProt 2–43 片段:N-terminal docking and dimerization domain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 4;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0.012;压力 1 NMR测量条件:pH 4;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0.012;压力 1 NMR测量条件:pH 4;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0.012;压力 1 NMR测量条件:pH 4;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0.012;压力 1 NMR样品组成:2mM dimer protein in 20 mM sodium phosphate buffer, 90%H2O-10% D2O, at pH 4 and temperature 298K | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:1mM dimer protein 15N in 20 mM sodium phosphate buffer, 90%H2O-10% D2O, at pH 4 and temperature 298K | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:1mM dimer protein 13C-15N in 20 mM sodium phosphate buffer, 90%H2O-10% D2O, at pH 4 and temperature 298K | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:Mixture of 2mM unlabeled and 2 mM 13C-15N labeled sample unfolded in 5 M guanadine hydrochloride and refolded in 20 mM sodium phosphate buffer, 90% H2O-10% D2O, at pH 4 and temperature 298K | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAP2_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–46; UniProt 2–43 作者链 B; PDB构建体 4–46; UniProt 2–43

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1l6e

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1l6e
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1l6e
沉积日期 deposition_date2002-03-08
结构标题 titleSolution structure of the docking and dimerization domain of protein kinase A II-alpha (RIIalpha D/D). Alternatively called the N-terminal dimerization domain of the regulatory subunit of protein kinase A.
关键词 keywordsFour-helix bundle, helix-loop-helix, regulatory subunit, dimerization, docking, anchoring, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.33
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.32
零角强度 I(0) i0912519000.00
分子量 molecular_weight258730.0 kDa
排除体积 excluded_volume325440 ų
包络体积 envelope_volume54785 ų
水化壳体积 shell_volume22368 ų
包络直径 envelope_diameter64.9
壳层 Rg shell_rg27.03
包络 Rg envelope_rg20.48
形状 Rg shape_rg14.25
总 Rg total_rg14.91
总原子数 total_atoms36624
残基数 n_residues2208
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax61.2
Rg (实空间) rg_real15.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real9.1250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1370e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.32
I(0) (倒空间) i0_reciprocal912500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7547
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.0
偏度 Skewness skewness0.350
峰度 Kurtosis kurtosis-0.030
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha330800.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.359; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.729; Smooth: 1.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1l6ea1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.31 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit
超家族 Superfamily superfamilya.31.1 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit
家族 Family familya.31.1.1 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit
结构域编号 domain_idd1l6ea2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1l6eb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.31 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit
超家族 Superfamily superfamilya.31.1 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit
家族 Family familya.31.1.1 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit
结构域编号 domain_idd1l6eb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1l6eA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology890 — cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain
结构域编号 domain_id1l6eB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology890 — cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)