1ldk

Structure of the Cul1-Rbx1-Skp1-F boxSkp2 SCF Ubiquitin Ligase Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CULLIN HOMOLOG

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	ring-box protein 1 × 1 （P62877） CYCLIN A/CDK2-ASSOCIATED PROTEIN P19 × 1 （P63208） SKP2-like protein type gamma × 1 （Q13309） ZINC ION × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	ring-box protein 1 × 2 （P62877） CYCLIN A/CDK2-ASSOCIATED PROTEIN P19 × 2 （P63208） SKP2-like protein type gamma × 2 （Q13309） ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CUL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–396； UniProt 15–410 作者链 B； PDB构建体 1–366； UniProt 411–776

ring-box protein 1

Homo sapiens

UniProt P62877

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	CULLIN HOMOLOG × 1 （Q13616） CULLIN HOMOLOG × 1 （Q13616） CYCLIN A/CDK2-ASSOCIATED PROTEIN P19 × 1 （P63208） SKP2-like protein type gamma × 1 （Q13309） ZINC ION × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	CULLIN HOMOLOG × 2 （Q13616） CULLIN HOMOLOG × 2 （Q13616） CYCLIN A/CDK2-ASSOCIATED PROTEIN P19 × 2 （P63208） SKP2-like protein type gamma × 2 （Q13309） ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–90； UniProt 19–108

CYCLIN A/CDK2-ASSOCIATED PROTEIN P19

Homo sapiens

UniProt P63208

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	CULLIN HOMOLOG × 1 （Q13616） CULLIN HOMOLOG × 1 （Q13616） ring-box protein 1 × 1 （P62877） SKP2-like protein type gamma × 1 （Q13309） ZINC ION × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	CULLIN HOMOLOG × 2 （Q13616） CULLIN HOMOLOG × 2 （Q13616） ring-box protein 1 × 2 （P62877） SKP2-like protein type gamma × 2 （Q13309） ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–133； UniProt 1–139

SKP2-like protein type gamma

Homo sapiens

UniProt Q13309

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	CULLIN HOMOLOG × 1 （Q13616） CULLIN HOMOLOG × 1 （Q13616） ring-box protein 1 × 1 （P62877） CYCLIN A/CDK2-ASSOCIATED PROTEIN P19 × 1 （P63208） ZINC ION × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	CULLIN HOMOLOG × 2 （Q13616） CULLIN HOMOLOG × 2 （Q13616） ring-box protein 1 × 2 （P62877） CYCLIN A/CDK2-ASSOCIATED PROTEIN P19 × 2 （P63208） ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–41； UniProt 97–137

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ldk
沉积日期 deposition_date	2002-04-08
结构标题 title	Structure of the Cul1-Rbx1-Skp1-F boxSkp2 SCF Ubiquitin Ligase Complex
关键词 keywords	SCF, cullin, rbx1, roc1, hrt1, skp1, skp2, F-box, fbox, ubiquitin, ubiquitination, E3 ligase, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ldk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ldk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ldk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.49 Å
Rg（电子密度）	53.18 Å
总 Rg	53.15 Å
原子数	7922
残基数	971
排除体积	141900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ldk__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ldk__assembly_2__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CULLIN HOMOLOG
分子量 formula_weight	45754.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7922

IGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSNQARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYTQQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIYSLALVTWRDCLFRPLNKQVTNAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADTERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHLEIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAALNDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACGRFINNNAVTK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CULLIN HOMOLOG
分子量 formula_weight	42507.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAQSSSKSPELLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSASDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNEQFKKHLTNSEPLDLDFSIQVLSSGSWPFQQSCTFALPSELERSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYTLQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQILLKSKLLVLEDENANVDEVELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMKMRKVLKHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ring-box protein 1
分子量 formula_weight	10655.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

KKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFHFHCISRWLKTRQVCPLDNREWEFQKYGH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	CYCLIN A/CDK2-ASSOCIATED PROTEIN P19
分子量 formula_weight	15033.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

PSIKLQSSDGEIFEVDVEIAKQSVTIKTMLEDLGMDPVPLPNVNAAILKKVIQWCTHHKDDPPPPEDDENKEKRTDDIPVWDQEFLKVDQGTLFELILAANYLDIKGLLDVTCKTVANMIKGKTPEEIRKTFN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	SKP2-like protein type gamma
分子量 formula_weight	4759.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

WDSLPDELLLGIFSCLCLPELLKVSGVCKRWYRLASDESLW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d1ldka_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.17 — Cullin repeat-like
家族 Family family	a.118.17.1 — Cullin repeat

结构域编号 domain_id	d1ldkb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.34 — SCF ubiquitin ligase complex WHB domain

结构域编号 domain_id	d1ldkb2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.40 — Cullin homology domain
超家族 Superfamily superfamily	e.40.1 — Cullin homology domain
家族 Family family	e.40.1.1 — Cullin homology domain

结构域编号 domain_id	d1ldkc_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.44 — RING/U-box
超家族 Superfamily superfamily	g.44.1 — RING/U-box
家族 Family family	g.44.1.1 — RING finger domain, C3HC4

结构域编号 domain_id	d1ldkd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.157 — Skp1 dimerisation domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.157.1 — Skp1 dimerisation domain-like
家族 Family family	a.157.1.1 — Skp1 dimerisation domain-like

结构域编号 domain_id	d1ldkd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.42 — POZ domain
超家族 Superfamily superfamily	d.42.1 — POZ domain
家族 Family family	d.42.1.1 — BTB/POZ domain

结构域编号 domain_id	d1ldke1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.158 — F-box domain
超家族 Superfamily superfamily	a.158.1 — F-box domain
家族 Family family	a.158.1.1 — F-box domain

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	1ldkA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

结构域编号 domain_id	1ldkA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

结构域编号 domain_id	1ldkA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

结构域编号 domain_id	1ldkB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

结构域编号 domain_id	1ldkB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 — Cullin; Chain C, Domain 2

结构域编号 domain_id	1ldkB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1ldkC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	1ldkD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	1ldkE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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晶胞边长 a length_a	219.378 Å
晶胞边长 b length_b	50.529 Å
晶胞边长 c length_c	158.610 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2890
R_free r_free	0.3310

Structure of the Cul1-Rbx1-Skp1-F boxSkp2 SCF Ubiquitin Ligase Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CULLIN HOMOLOG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ring-box protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CYCLIN A/CDK2-ASSOCIATED PROTEIN P19

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SKP2-like protein type gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ldk__assembly_1__model_1

1ldk__assembly_1__model_1 | I(q)

1ldk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)