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1le8

Crystal Structure of the MATa1/MATalpha2-3A Heterodimer Bound to DNA Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MATING-TYPE PROTEIN A-1

物种未注明

UniProt P01366

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 74–126 片段：residues 74-126 5'-D(*AP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3' × 1 5'-D(*TP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*G)-3' × 1 Mating-type protein alpha-2 × 1 （Q6B184） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG400, 8 mM Co(NH3)6Cl3, 10 mM CaCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1LE8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AKH MAT A1/ALPHA2/DNA TERNARY COMPLEX 提交 1997-05-19 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 66–126（61 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；100MM HEPES PH 7.0, 20MM CACL2, 5MM [CO(NH3)6]CL3., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.00K
分辨率 2.50 Å R-free 0.302
1F43 SOLUTION STRUCTURE OF THE MATA1 HOMEODOMAIN 提交 2000-06-07 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 66–126（61 aa） 片段：HOMEODOMAIN, C-TERMINAL DOMAIN (66-126)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM KCl；压力 ambient
NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM KCl；压力 ambient
NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM KCl；压力 ambient
NMR样品组成 1.5 mM MATa1(66-126) U-15N,13C 25 mM deuterated acetate, pH 4.5, 100 mM KCl, 0.01% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.5 mM MATa1 (66-126) U-15N 25 mM deuterated acetate, pH 4.5, 100 mM KCl, 0.01% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.5 mM MATa1 (66-126) 25 mM deuterated acetate, pH 4.5, 100 mM KCl, 0.01% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1MH3 maltose binding-a1 homeodomain protein chimera, crystal form I 提交 2002-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 77–126（50 aa）
突变：E359A, K362A, D363A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；amonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.262
1MH4 maltose binding-a1 homeodomain protein chimera, crystal form II 提交 2002-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 77–126（50 aa）
突变：E359A, K362A, D363A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 6000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.293
1YRN CRYSTAL STRUCTURE OF THE MATA1/MATALPHA2 HOMEODOMAIN HETERODIMER BOUND TO DNA 提交 1995-11-02 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 66–126（61 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.298

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MATA1_YEAST
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–53； UniProt 74–126

Mating-type protein alpha-2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q6B184

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 128–210 片段：residues 128-210 突变：S181A, N182A, R185A 5'-D(*AP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3' × 1 5'-D(*TP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*G)-3' × 1 MATING-TYPE PROTEIN A-1 × 1 （P01366） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG400, 8 mM Co(NH3)6Cl3, 10 mM CaCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MATA2_YEAST
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–83； UniProt 128–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1le8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1le8
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1le8
沉积日期 deposition_date2002-04-09
结构标题 titleCrystal Structure of the MATa1/MATalpha2-3A Heterodimer Bound to DNA Complex
关键词 keywordsMATalpha2, isothermal titration calorimetry, protein-DNA complex, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.80 Å
零角强度 I(0) i019686400.00
分子量 molecular_weight26356.0 kDa
排除体积 excluded_volume29693 ų
包络体积 envelope_volume38688 ų
水化壳体积 shell_volume16864 ų
包络直径 envelope_diameter65.2 Å
壳层 Rg shell_rg25.14 Å
包络 Rg envelope_rg19.74 Å
形状 Rg shape_rg19.74 Å
总 Rg total_rg20.52 Å
总原子数 total_atoms1807
残基数 n_residues167
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.3 Å
Rg (实空间) rg_real20.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19690000.0000
解质量估计 total_estimate0.7548
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary22.4 Å
偏度 Skewness skewness0.290
峰度 Kurtosis kurtosis-0.499
角度范围 angular_range— – 0.3850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2547000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.908; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.387; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.952
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1le8a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family familya.4.1.1 — Homeodomain
结构域编号 domain_idd1le8b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family familya.4.1.1 — Homeodomain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1le8A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
结构域编号 domain_id1le8B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)