1le9

Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to the Ig/HIV-kB siti

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 130.5 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NUCLEAR FACTOR NF-KAPPA-B P65 SUBUNIT

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 20–291	片段：p65 RHR	5'-D(TPGPGPGPAPCPTPTPTPCPCPT)-3' × 1 5'-D(APAPGPGPAPAPAPGPTPCPCPC)-3' × 1 NUCLEAR FACTOR NF-KAPPA-B P50 SUBUNIT × 1 （P25799）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；PEG 3350, CaCl2, Na acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 110K	分辨率 3.00 Å R-free 0.305
2	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 20–291	片段：p65 RHR	5'-D(TPGPGPGPAPCPTPTPTPCPCPT)-3' × 1 5'-D(APAPGPGPAPAPAPGPTPCPCPC)-3' × 1 NUCLEAR FACTOR NF-KAPPA-B P50 SUBUNIT × 1 （P25799）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；PEG 3350, CaCl2, Na acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 110K	分辨率 3.00 Å R-free 0.305

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1LE9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BFT STRUCTURE OF NF-KB P65 HOMODIMER BOUND TO A KB SITE 提交 1997-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 191–291（101 aa）片段：DIMERIZATION DOMAIN 链 B 191–291（101 aa）片段：DIMERIZATION DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.294
1IKN IKAPPABALPHA/NF-KAPPAB COMPLEX 提交 1998-11-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 19–304（286 aa）片段：N-TERMINAL AND DIMERIZATION DOMAINS	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00	分辨率 2.30 Å R-free 0.277
1K3Z X-ray crystal structure of the IkBb/NF-kB p65 homodimer complex 提交 2001-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 191–326（136 aa）片段：p65 dimerization domain 链 B 191–326（136 aa）片段：p65 dimerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
1LE5 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to an IFNb-kB 提交 2002-04-09	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 20–291（272 aa）片段：p65 RHR	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；50 mM Na acatate, 50mM CaCl2, 1.0 mM Na spermine, 8% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.75 Å R-free 0.293
1LE5 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to an IFNb-kB 提交 2002-04-09	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 E 20–291（272 aa）片段：p65 RHR	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；50 mM Na acatate, 50mM CaCl2, 1.0 mM Na spermine, 8% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.75 Å R-free 0.293
1LEI The kB DNA sequence from the HLV-LTR functions as an allosteric regulator of HIV transcription 提交 2002-04-09	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 20–291（272 aa）片段：p65 RHR	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 SMALL TUBES；pH 6.5；291 K；PEG 3350, CaCl2, sodium spermine, pH 6.5, SMALL TUBES, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1MY5 NF-kappaB p65 subunit dimerization domain homodimer 提交 2002-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 191–304（114 aa）片段：residues 191-304 (dimerization domain) 链 B 191–304（114 aa）片段：residues 191-304 (dimerization domain)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1M sodium HEPES, 0.2M sodium tartrate, 2M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.221
1MY7 NF-kappaB p65 subunit dimerization domain homodimer N202R mutation 提交 2002-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 191–304（114 aa）片段：residues 191 - 304 (dimerization domain) 链 B 191–304（114 aa）片段：residues 191 - 304 (dimerization domain)	突变：N202R 突变：N202R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.l M sodium HEPES, 0.2 M sodium tartrate, 2 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.49 Å R-free 0.247
1OY3 CRYSTAL STRUCTURE OF AN IKBBETA/NF-KB P65 HOMODIMER COMPLEX 提交 2003-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 191–326（136 aa）片段：p65 dimerization domain 链 C 191–326（136 aa）片段：p65 dimerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；291 K；PEG 8000, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.247
1RAM A NOVEL DNA RECOGNITION MODE BY NF-KB P65 HOMODIMER 提交 1997-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–291（273 aa）片段：P65 SUBUNIT, RESIDUES 19 - 291 链 B 19–291（273 aa）片段：P65 SUBUNIT, RESIDUES 19 - 291	未记录	DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；crystallized from PEG 3350, CACL2, BETA-OCTYL GLUCOPYRANOSIDE, HEPES and GLYCEROL, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.00K	分辨率 2.70 Å R-free 0.324
1VKX CRYSTAL STRUCTURE OF THE NFKB P50/P65 HETERODIMER COMPLEXED TO THE IMMUNOGLOBULIN KB DNA 提交 1997-09-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–291（273 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.90 Å R-free 0.320
2I9T Structure of NF-kB p65-p50 heterodimer bound to PRDII element of B-interferon promoter 提交 2006-09-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–291（273 aa）片段：residues 19-291	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；293 K；8% PEG 5K monomethylether, 200mM sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 5.60	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
2RAM A NOVEL DNA RECOGNITION MODE BY NF-KB P65 HOMODIMER 提交 1997-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–291（273 aa）片段：P65 RESIDUES 19 - 291 链 B 19–291（273 aa）片段：P65 RESIDUES 19 - 291	未记录	DTV (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.308
5U01 Cooperative DNA binding by two RelA dimers 提交 2016-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 19–291（273 aa）片段：UNP residues 19-291 链 B 19–291（273 aa）片段：UNP residues 19-291 链 C 19–291（273 aa）片段：UNP residues 19-291 链 D 19–291（273 aa）片段：UNP residues 19-291	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；Nacit 5.5 100mM, CaCl2 10mM, DTT 10mM, PEG 3350 15%.	分辨率 2.50 Å R-free 0.274
6GGR Crystal structure of Salmonella zinc metalloprotease effector GtgA in complex with p65 提交 2018-05-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–188（169 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystallyzation conditions: 0.1 M Tris pH 8.3, 0.5 M LiCl and 32.5% (w/v) PEG 6000	分辨率 2.10 Å R-free 0.252
8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–98（80 aa）链 A 191–291（101 aa）链 B 19–98（80 aa）链 B 191–291（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium/Potassium phosphate 0.1M Bis Tris propane pH 6.5 20% PEG 3350 10mM DTT 0.5% BOG	分辨率 3.09 Å R-free 0.329
8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 G 19–98（80 aa）链 G 191–291（101 aa）链 H 19–98（80 aa）链 H 191–291（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium/Potassium phosphate 0.1M Bis Tris propane pH 6.5 20% PEG 3350 10mM DTT 0.5% BOG	分辨率 3.09 Å R-free 0.329
8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 K 19–98（80 aa）链 K 191–291（101 aa）链 L 19–98（80 aa）链 L 191–291（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium/Potassium phosphate 0.1M Bis Tris propane pH 6.5 20% PEG 3350 10mM DTT 0.5% BOG	分辨率 3.09 Å R-free 0.329
8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 O 19–98（80 aa）链 O 191–291（101 aa）链 P 19–98（80 aa）链 P 191–291（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium/Potassium phosphate 0.1M Bis Tris propane pH 6.5 20% PEG 3350 10mM DTT 0.5% BOG	分辨率 3.09 Å R-free 0.329
9BDU NF-kappaB RelA homo-dimer bound to AT-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–304（286 aa）片段：residues 19-304 链 B 19–304（286 aa）片段：residues 19-304	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES, beta-octylglucoside, spermine	分辨率 2.03 Å R-free 0.273
9BDV NF-kappaB RelA homo-dimer bound to TA-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–304（286 aa）片段：residues 19-304 链 B 19–304（286 aa）片段：residues 19-304	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES, Spermine, beta-octylglucoside	分辨率 1.90 Å R-free 0.230
9BDW NF-kappaB RelA homo-dimer bound to GC-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–304（286 aa）片段：residues 19-304 链 B 19–304（286 aa）片段：residues 19-304	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES, Spermine, beta-octylglucoside	分辨率 1.87 Å R-free 0.227
9BDX NF-kappaB RelA homo-dimer bound to CG-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–304（286 aa）片段：residues 19-304 链 B 19–304（286 aa）片段：residues 19-304	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES, Spermine, beta-octylglucoside	分辨率 3.60 Å R-free 0.374
9E6W NF-kappaB RelA homo-dimer bound to a kappaB site of Cxcl2 gene 提交 2024-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–304（286 aa）片段：residues 19-304 链 B 19–304（286 aa）片段：residues 19-304	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Tris HCl 25mM pH 7.5, NaCl 50 mM, DTT 1 mM, MES 50 mM pH 5.5, CaCl2 2 mM, Spermidine 1 mM, b-D-octylglucopyranoside 0.05%, Ammonium chloride 50 mM, PEG3350 14%	分辨率 2.04 Å R-free 0.283

共 20 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TF65_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–274； UniProt 20–291 作者链 E； PDB构建体 3–274； UniProt 20–291

NUCLEAR FACTOR NF-KAPPA-B P50 SUBUNIT

Mus musculus

UniProt P25799

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 39–350	片段：p50 RHR	5'-D(TPGPGPGPAPCPTPTPTPCPCPT)-3' × 1 5'-D(APAPGPGPAPAPAPGPTPCPCPC)-3' × 1 NUCLEAR FACTOR NF-KAPPA-B P65 SUBUNIT × 1 （Q04207）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；PEG 3350, CaCl2, Na acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 110K	分辨率 3.00 Å R-free 0.305
2	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 39–350	片段：p50 RHR	5'-D(TPGPGPGPAPCPTPTPTPCPCPT)-3' × 1 5'-D(APAPGPGPAPAPAPGPTPCPCPC)-3' × 1 NUCLEAR FACTOR NF-KAPPA-B P65 SUBUNIT × 1 （Q04207）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；PEG 3350, CaCl2, Na acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 110K	分辨率 3.00 Å R-free 0.305

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1LE9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BFS STRUCTURE OF NF-KB P50 HOMODIMER BOUND TO A KB SITE 提交 1997-09-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 245–350（106 aa）片段：DIMERIZATION DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.287
1IKN IKAPPABALPHA/NF-KAPPAB COMPLEX 提交 1998-11-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 245–363（119 aa）片段：N-TERMINAL AND DIMERIZATION DOMAINS	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00	分辨率 2.30 Å R-free 0.277
1LE5 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to an IFNb-kB 提交 2002-04-09	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 39–350（312 aa）片段：p50 RHR	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；50 mM Na acatate, 50mM CaCl2, 1.0 mM Na spermine, 8% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.75 Å R-free 0.293
1LE5 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to an IFNb-kB 提交 2002-04-09	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 F 39–350（312 aa）片段：p50 RHR	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；50 mM Na acatate, 50mM CaCl2, 1.0 mM Na spermine, 8% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.75 Å R-free 0.293
1LEI The kB DNA sequence from the HLV-LTR functions as an allosteric regulator of HIV transcription 提交 2002-04-09	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 39–350（312 aa）片段：p50 RHR	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 SMALL TUBES；pH 6.5；291 K；PEG 3350, CaCl2, sodium spermine, pH 6.5, SMALL TUBES, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1NFK STRUCTURE OF THE NUCLEAR FACTOR KAPPA-B (NF-KB) P50 HOMODIMER 提交 1995-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 39–363（325 aa）链 B 39–363（325 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.340
1OOA CRYSTAL STRUCTURE OF NF-kB(p50)2 COMPLEXED TO A HIGH-AFFINITY RNA APTAMER 提交 2003-03-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 39–363（325 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；PEG 8000, ethylene glycol, ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.45 Å R-free 0.248
1OOA CRYSTAL STRUCTURE OF NF-kB(p50)2 COMPLEXED TO A HIGH-AFFINITY RNA APTAMER 提交 2003-03-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 39–363（325 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；PEG 8000, ethylene glycol, ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.45 Å R-free 0.248
1U36 Crystal structure of WLAC mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 245–350（106 aa）片段：dimerization domain	突变：Y267W, V310C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.89 Å R-free 0.220
1U3J Crystal structure of MLAV mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 245–350（106 aa）片段：dimerization domain	突变：Y267M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.222
1U3Y Crystal structure of ILAC mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 245–350（106 aa）片段：dimerization domain	突变：Y267I, V310C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
1U3Z Crystal structure of MLAC mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 245–350（106 aa）片段：dimerization domain	突变：Y267M, V310C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.235
1U41 Crystal structure of YLGV mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 245–350（106 aa）片段：dimerization domain 链 B 245–350（106 aa）片段：dimerization domain	突变：A308G 突变：A308G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
1U41 Crystal structure of YLGV mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 245–350（106 aa）片段：dimerization domain 链 D 245–350（106 aa）片段：dimerization domain	突变：A308G 突变：A308G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
1U42 Crystal structure of MLAM mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 245–350（106 aa）片段：dimerization domain	突变：Y267M, V310M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.70 Å R-free 0.317
1VKX CRYSTAL STRUCTURE OF THE NFKB P50/P65 HETERODIMER COMPLEXED TO THE IMMUNOGLOBULIN KB DNA 提交 1997-09-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 39–350（312 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.90 Å R-free 0.320
2I9T Structure of NF-kB p65-p50 heterodimer bound to PRDII element of B-interferon promoter 提交 2006-09-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 39–350（312 aa）片段：residues 39-350	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；293 K；8% PEG 5K monomethylether, 200mM sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 5.60	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
2V2T X-ray structure of a NF-kB p50-RelB-DNA complex 提交 2007-06-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 38–363（326 aa）片段：NUCLEAR FACTOR NF-KAPPA-B P50 SUBUNIT, RESIDUES 38-363	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；5% PEG3350 100 MM NACITRATE 1MM SPERMINE 5MM DTT, pH 7	分辨率 3.05 Å R-free 0.276
3JV4 Crystal structure of the dimerization domains p50 and RelB 提交 2009-09-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 245–359（115 aa）片段：dimerization domain (UNP residues 245-359)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG8000, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.15 Å R-free 0.280
3JV4 Crystal structure of the dimerization domains p50 and RelB 提交 2009-09-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 245–359（115 aa）片段：dimerization domain (UNP residues 245-359)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG8000, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.15 Å R-free 0.280
3JV4 Crystal structure of the dimerization domains p50 and RelB 提交 2009-09-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 245–359（115 aa）片段：dimerization domain (UNP residues 245-359)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG8000, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.15 Å R-free 0.280
8TKL Murine NF-kappaB p50 Rel Homology Region homodimer in complex with a Test 16-mer kappaB-like DNA 提交 2023-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 39–350（312 aa）链 B 39–350（312 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；4% Tacsimate pH 6.0, 12% PEG 3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
8TKM Murine NF-kappaB p50 Rel Homology Region homodimer in complex with 17-mer kappaB DNA from human interleukin-6 (IL-6) promoter 提交 2023-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 39–350（312 aa）链 B 39–350（312 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M Na-Acetate pH 4.9, 16% (w/v) PEG 1500	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
8TKN Murine NF-kappaB p50 Rel Homology Region homodimer in complex with 10-mer kappaB DNA from human Neutrophil Gelatinase-associated Lipocalin (NGAL) promoter 提交 2023-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 39–350（312 aa）链 B 39–350（312 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；298 K；0.05 M sodium acetate pH 5.4, 20 mM magnesium sulfate, and 4% PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
9BOR IkappaBzeta ankyrin repeat domain:NF-kappaB p50 homodimer complex at 2.0 Angstrom resolution 提交 2024-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 245–376（132 aa）链 C 245–376（132 aa）	未记录	HT3 (2R,3S)-heptane-1,2,3-triol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；303 K；20mM acetic acid pH 5.2, 80mM acetic acid pH 5.8, 5.5% PEG 3350, 10mM DTT, 0.5% 1,2,3 heptanetriol	分辨率 2.00 Å R-free 0.208

共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NFKB1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–313； UniProt 39–350 作者链 F； PDB构建体 2–313； UniProt 39–350

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1le9
沉积日期 deposition_date	2002-04-09
结构标题 title	Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to the Ig/HIV-kB siti
关键词 keywords	transcription factor, NF-kB-DNA complex, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.20 Å
零角强度 I(0) i0	372925000.00
分子量 molecular_weight	146260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	178180 Å³
包络体积 envelope_volume	257500 Å³
水化壳体积 shell_volume	51601 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.4 Å
壳层 Rg shell_rg	47.01 Å
包络 Rg envelope_rg	40.72 Å
形状 Rg shape_rg	41.22 Å
总 Rg total_rg	41.44 Å
总原子数 total_atoms	10232
残基数 n_residues	1218
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.5 Å
Rg (实空间) rg_real	40.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	372900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9081
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.184
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.678
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.943

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(TPGPGPGPAPCPTPTPTPCPCPT)-3'
分子量 formula_weight	3644.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G
原子数 atom_count	10232

TGGGACTTTCCT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(APAPGPGPAPAPAPGPTPCPCPC)-3'
分子量 formula_weight	3680.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H

AAGGAAAGTCCC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	NUCLEAR FACTOR NF-KAPPA-B P65 SUBUNIT
分子量 formula_weight	31115.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E

MAYVEIIEQPKQRGMRFRYKCEGRSAGSIPGERSTDTTKTHPTIKINGYTGPGTVRISLVTKDPPHRPHPHELVGKDCRDGYYEADLCPDRSIHSFQNLGIQCVKKRDLEQAISQRIQTNNNPFHVPIEEQRGDYDLNAVRLCFQVTVRDPAGRPLLLTPVLSHPIFDNRAPNTAELKICRVNRNSGSCLGGDEIFLLCDKVQKEDIEVYFTGPGWEARGSFSQADVHRQVAIVFRTPPYADPSLQAPVRVSMQLRRPSDRELSEPMEFQYLPD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	NUCLEAR FACTOR NF-KAPPA-B P50 SUBUNIT
分子量 formula_weight	35056.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MGPYLQILEQPKQRGFRFRYVCEGPSHGGLPGASSEKNKKSYPQVKICNYVGPAKVIVQLVTNGKNIHLHAHSLVGKHCEDGVCTVTAGPKDMVVGFANLGILHVTKKKVFETLEARMTEACIRGYNPGLLVHSDLAYLQAEGGGDRQLTDREKEIIRQAAVQQTKEMDLSVVRLMFTAFLPDSTGSFTRRLEPVVSDAIYDSKAPNASNLKIVRMDRTAGCVTGGEEIYLLCDKVQKDDIQIRFYEEEENGGVWEGFGDFSPTDVHRQFAIVFKTPKYKDVNITKPASVFVQLRRKSDLETSEPKPFLYYPE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d1le9a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1le9a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family family	b.2.5.3 — Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1le9a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1le9b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1le9b2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family family	b.2.5.3 — Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1le9e1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1le9e2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family family	b.2.5.3 — Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1le9e3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1le9f1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1le9f2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family family	b.2.5.3 — Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1le9A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1le9A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1le9B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1le9B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1le9E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1le9E02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1le9F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1le9F02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	137.835 Å
晶胞边长 b length_b	138.002 Å
晶胞边长 c length_c	90.044 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.28 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2490
R_free r_free	0.3050

fit	/app/data/saxs_computation/le/1le9/1le9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/le/1le9/1le9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/le/1le9/1le9.dat

Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to the Ig/HIV-kB siti

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NUCLEAR FACTOR NF-KAPPA-B P65 SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NUCLEAR FACTOR NF-KAPPA-B P50 SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)