1lf8

Complex of GGA3-VHS Domain and CI-MPR C-terminal Phosphopeptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.6 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor binding protein GGA3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–166	片段：VHS domain (residues 1-166)	Cation-independent mannose-6-phosphate receptor × 1 （P11717）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM CAPS 10.2-11.0, 200 mM Lithium Sulfate, 1.3-2M Sodium/Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–166	片段：VHS domain (residues 1-166)	Cation-independent mannose-6-phosphate receptor × 1 （P11717）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM CAPS 10.2-11.0, 200 mM Lithium Sulfate, 1.3-2M Sodium/Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–166	片段：VHS domain (residues 1-166)	Cation-independent mannose-6-phosphate receptor × 1 （P11717）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM CAPS 10.2-11.0, 200 mM Lithium Sulfate, 1.3-2M Sodium/Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–166	片段：VHS domain (residues 1-166)	Cation-independent mannose-6-phosphate receptor × 1 （P11717）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM CAPS 10.2-11.0, 200 mM Lithium Sulfate, 1.3-2M Sodium/Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1LF8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JUQ GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-dependent Mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Sodium/Potassium phosphate, Lithium Sulfate, CAPS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
1JUQ GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-dependent Mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Sodium/Potassium phosphate, Lithium Sulfate, CAPS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
1JUQ GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-dependent Mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Sodium/Potassium phosphate, Lithium Sulfate, CAPS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
1JUQ GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-dependent Mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Sodium/Potassium phosphate, Lithium Sulfate, CAPS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
1JUQ GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-dependent Mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Sodium/Potassium phosphate, Lithium Sulfate, CAPS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
1JUQ GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-dependent Mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Sodium/Potassium phosphate, Lithium Sulfate, CAPS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
1P4U CRYSTAL STRUCTURE OF GGA3 GAE DOMAIN IN COMPLEX WITH RABAPTIN-5 PEPTIDE 提交 2003-04-24	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 571–723（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.6M sodium citrate, pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1P4U CRYSTAL STRUCTURE OF GGA3 GAE DOMAIN IN COMPLEX WITH RABAPTIN-5 PEPTIDE 提交 2003-04-24	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 571–723（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.6M sodium citrate, pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1WR6 Crystal structure of GGA3 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 209–319（111 aa）片段：C-GAT domain(RESIDUES 209-319)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Ammonium formate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
1WR6 Crystal structure of GGA3 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 209–319（111 aa）片段：C-GAT domain(RESIDUES 209-319)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Ammonium formate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
1WR6 Crystal structure of GGA3 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 209–319（111 aa）片段：C-GAT domain(RESIDUES 209-319)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Ammonium formate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
1WR6 Crystal structure of GGA3 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 209–319（111 aa）片段：C-GAT domain(RESIDUES 209-319)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Ammonium formate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
1YD8 COMPLEX OF HUMAN GGA3 GAT DOMAIN AND UBIQUITIN 提交 2004-12-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 208–301（94 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.297
1YD8 COMPLEX OF HUMAN GGA3 GAT DOMAIN AND UBIQUITIN 提交 2004-12-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 208–301（94 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.297

共 5 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GGA3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–171； UniProt 1–166 作者链 B； PDB构建体 6–171； UniProt 1–166 作者链 C； PDB构建体 6–171； UniProt 1–166 作者链 D； PDB构建体 6–171； UniProt 1–166

Cation-independent mannose-6-phosphate receptor

物种未注明

UniProt P11717

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 2480–2491	片段：C-terminus (residues 2480-2491) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP-ribosylation factor binding protein GGA3 × 1 （Q9NZ52）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM CAPS 10.2-11.0, 200 mM Lithium Sulfate, 1.3-2M Sodium/Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 2480–2491	片段：C-terminus (residues 2480-2491) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP-ribosylation factor binding protein GGA3 × 1 （Q9NZ52）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM CAPS 10.2-11.0, 200 mM Lithium Sulfate, 1.3-2M Sodium/Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 2480–2491	片段：C-terminus (residues 2480-2491) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP-ribosylation factor binding protein GGA3 × 1 （Q9NZ52）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM CAPS 10.2-11.0, 200 mM Lithium Sulfate, 1.3-2M Sodium/Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 2480–2491	片段：C-terminus (residues 2480-2491) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP-ribosylation factor binding protein GGA3 × 1 （Q9NZ52）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM CAPS 10.2-11.0, 200 mM Lithium Sulfate, 1.3-2M Sodium/Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1LF8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1E6F Human MIR-receptor, repeat 11 提交 2000-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–1650（143 aa）片段：IGF-II-BINDING DOMAIN, REPEAT 11, RESIDUES 1508-1650	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；PRECIPITANT: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE PH 5 28% PEG 4000. PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML IN 10 MM TRIS-HCL PH7.5, 150 MM N VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROPS,1:1 RATIO.	分辨率 1.75 Å R-free 0.273
1E6F Human MIR-receptor, repeat 11 提交 2000-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1508–1650（143 aa）片段：IGF-II-BINDING DOMAIN, REPEAT 11, RESIDUES 1508-1650	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；PRECIPITANT: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE PH 5 28% PEG 4000. PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML IN 10 MM TRIS-HCL PH7.5, 150 MM N VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROPS,1:1 RATIO.	分辨率 1.75 Å R-free 0.273
1GP0 Human IGF2R domain 11 提交 2001-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–1650（143 aa）片段：IGF-II-BINDING DOMAIN, REPEAT 11 RESIDUES 1508-1650	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M TRIS HCL PH 8.5, 30 % PEG 4000	分辨率 1.40 Å R-free 0.237
1GP3 Human IGF2R domain 11 提交 2001-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–1650（143 aa）片段：IGF-II BINDING DOMAIN REPEAT 11 RESIDUES 1508-1650	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.2 M SODIUM ACETATE, 0.1 M TRIS HCL PH 8.5, 30 % W/V PEG 4000	分辨率 1.95 Å R-free 0.255
1GQB HUMAN MIR-RECEPTOR, REPEAT 11 提交 2001-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–1650（143 aa）片段：IGF-II-BINDING DOMAIN, REPEAT 11, RESIDUES 1508-1650	未记录	BR BROMIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；PRECIPITANT: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE PH 5, 28% PEG 4000. PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML IN 10 MM TRIS-HCL PH7.5, 150 MM VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROPS,1:1 RATIO.	分辨率 1.80 Å R-free 0.253
1GQB HUMAN MIR-RECEPTOR, REPEAT 11 提交 2001-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1508–1650（143 aa）片段：IGF-II-BINDING DOMAIN, REPEAT 11, RESIDUES 1508-1650	未记录	BR BROMIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；PRECIPITANT: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE PH 5, 28% PEG 4000. PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML IN 10 MM TRIS-HCL PH7.5, 150 MM VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROPS,1:1 RATIO.	分辨率 1.80 Å R-free 0.253
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 F 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 F 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 G 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 H 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 F 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 G 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 H 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 F 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 G 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 H 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 F 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 G 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 H 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 H 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JWG VHS Domain of human GGA1 complexed with cation-independent M6PR C-terminal Peptide 提交 2001-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2479–2491（13 aa）片段：C-terminal fragment	未记录	IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, ammonium iodide, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
1JWG VHS Domain of human GGA1 complexed with cation-independent M6PR C-terminal Peptide 提交 2001-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2479–2491（13 aa）片段：C-terminal fragment	未记录	IOD IODIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, ammonium iodide, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
2CNJ NMR studies on the interaction of Insulin-Growth Factor II (IGF-II) with IGF2R domain 11 提交 2006-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1508–1650（143 aa）片段：DOMAIN 11, RESIDUES 1508-1650	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K；压力 1.0 NMR样品组成 5% D2O/ 95% H2O	分辨率未提供
2V5N STRUCTURE OF HUMAN IGF2R DOMAINS 11-12 提交 2007-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–1799（292 aa）片段：DOMAINS 11 AND 12, RESIDUES 1508-1799	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.2 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE, 20% (W/V) PEG 3350, pH 7.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.317
2V5O STRUCTURE OF HUMAN IGF2R DOMAINS 11-14 提交 2007-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–2128（621 aa）片段：DOMAINS 11-14, RESIDUES 1508-2128	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；0.1 M MES PH6.4, 2.5% (W/V) PEG 3000	分辨率 2.91 Å R-free 0.304
2V5P COMPLEX STRUCTURE OF HUMAN IGF2R DOMAINS 11-13 BOUND TO IGF-II 提交 2007-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1508–1992（485 aa）片段：DOMAINS 11-13, RESIDUES 1508-1992	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；0.1 M TRIS-HCL PH 9.0, 15% (V/V) MPD	分辨率 4.10 Å R-free 0.327
2V5P COMPLEX STRUCTURE OF HUMAN IGF2R DOMAINS 11-13 BOUND TO IGF-II 提交 2007-07-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1508–1992（485 aa）片段：DOMAINS 11-13, RESIDUES 1508-1992	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；0.1 M TRIS-HCL PH 9.0, 15% (V/V) MPD	分辨率 4.10 Å R-free 0.327
5IEI X-ray crystallographic structure of a high affinity IGF2 antagonist (Domain11 AB5 RHH) based on human IGF2R domain 11 提交 2016-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–1649（142 aa）片段：UNP residues 1508-1649	突变：Q1569R, P1597H, S1602H	GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.0 M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-(2-hydroxyethyl)imino-tris(hydroxymethyl methane, pH 7.0.	分辨率 2.80 Å R-free 0.249
6N5X Crystal structure of the SNX5 PX domain in complex with the CI-MPR (space group P212121 - Form 1) 提交 2018-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2347–2377（31 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 JEF O-(O-(2-AMINOPROPYL)-O'-(2-METHOXYETHYL)POLYPROPYLENE GLYCOL 500) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；75% of 0.2 M (NH4)SO4, 0.1 M MES pH 6.5, 30% (w/v) PEG5000 MME + 15% glycerol + 40% v/v Polypropylene glycol P400	分辨率 2.05 Å R-free 0.234
6N5Y Crystal structure of the SNX5 PX domain in complex with the CI-MPR (space group P212121 - Form 1) 提交 2018-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2347–2377（31 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；75% of 0.2 M (NH4)SO4, 0.1 M MES pH 6.5, 30% (w/v) PEG5000 MME + 15% glycerol + 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol	分辨率 2.26 Å R-free 0.235
6P8I N-terminal 5 domains of IGFIIR 提交 2019-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–763（728 aa）片段：N-terminal 5 domains	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；292.15 K；100mM ammonium citrate dibasic, 20% PEG 3350	分辨率 2.54 Å R-free 0.282
6V02 N-terminal 5 domains of CI-MPR 提交 2019-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–763（721 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；100 mM HEPES pH 7.0, 30% Jeffamine ED-2003	分辨率 2.46 Å R-free 0.308
6Z30 Human cation-independent mannose 6-phosphate/ IGF2 receptor domains 9-10 提交 2020-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1222–1510（289 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；298 K；0.1 M SPG buffer (succinic acid, sodium dihydrogen phosphate monohydrate, glycine) pH 9, 25 % PEG 1500	分辨率 1.50 Å R-free 0.228
6Z31 Human cation-independent mannose 6-phosphate/ IGF2 receptor domain 8 提交 2020-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1082–1220（139 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；1.5 M Ammonium sulphate, 0.1 M Tris pH 8.5, 12 % glycerol	分辨率 2.56 Å R-free 0.251
6Z31 Human cation-independent mannose 6-phosphate/ IGF2 receptor domain 8 提交 2020-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1082–1220（139 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；1.5 M Ammonium sulphate, 0.1 M Tris pH 8.5, 12 % glycerol	分辨率 2.56 Å R-free 0.251
6Z32 Human cation-independent mannose 6-phosphate/IGF2 receptor domains 7-11 提交 2020-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 927–1649（723 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES pH 6.5, 1.6 M MgSO4, 10 mM mannose 6-phosphate	分辨率 3.47 Å R-free 0.300
6Z32 Human cation-independent mannose 6-phosphate/IGF2 receptor domains 7-11 提交 2020-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 927–1649（723 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES pH 6.5, 1.6 M MgSO4, 10 mM mannose 6-phosphate	分辨率 3.47 Å R-free 0.300
8AFZ Architecture of the ESCPE-1 membrane coat 提交 2022-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2347–2377（31 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Incubation time 30s Blotting time 2s	分辨率 10.00 Å

共 19 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MPRI_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–12； UniProt 2480–2491 作者链 F； PDB构建体 1–12； UniProt 2480–2491 作者链 G； PDB构建体 1–12； UniProt 2480–2491 作者链 H； PDB构建体 1–12； UniProt 2480–2491

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1lf8
沉积日期 deposition_date	2002-04-10
结构标题 title	Complex of GGA3-VHS Domain and CI-MPR C-terminal Phosphopeptide
关键词 keywords	VHS domain, Protein-phosphopeptide complex, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.14 Å
零角强度 I(0) i0	91052200.00
分子量 molecular_weight	75197.0 kDa
排除体积 excluded_volume	94385 Å³
包络体积 envelope_volume	118290 Å³
水化壳体积 shell_volume	34871 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.0 Å
壳层 Rg shell_rg	35.70 Å
包络 Rg envelope_rg	27.83 Å
形状 Rg shape_rg	28.15 Å
总 Rg total_rg	28.88 Å
总原子数 total_atoms	5283
残基数 n_residues	646
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.6 Å
Rg (实空间) rg_real	29.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	91060000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9109
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.127
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.601
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.964

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ADP-ribosylation factor binding protein GGA3
分子量 formula_weight	19482.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5593

GAMGSMAEAEGESLESWLNKATNPSNRQEDWEYIIGFCDQINKELEGPQIAVRLLAHKIQSPQEWEALQALTVLEACMKNCGRRFHNEVGKFRFLNELIKVVSPKYLGDRVSEKVKTKVIELLYSWTMALPEEAKIKDAYHMLKRQGIVQSDPPIPVDRTLIPSPPPRPKN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
分子量 formula_weight	1537.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

FHDDSDEDLLHI

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	300

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1lf8a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.9 — ENTH/VHS domain
家族 Family family	a.118.9.2 — VHS domain

结构域编号 domain_id	d1lf8b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.9 — ENTH/VHS domain
家族 Family family	a.118.9.2 — VHS domain

结构域编号 domain_id	d1lf8b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1lf8c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.9 — ENTH/VHS domain
家族 Family family	a.118.9.2 — VHS domain

结构域编号 domain_id	d1lf8d1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.9 — ENTH/VHS domain
家族 Family family	a.118.9.2 — VHS domain

结构域编号 domain_id	d1lf8d2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1lf8A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	1lf8B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	1lf8C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	1lf8D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	124.540 Å
晶胞边长 b length_b	129.700 Å
晶胞边长 c length_c	108.580 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	89.830 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2110
R_free r_free	0.2550

fit	/app/data/saxs_computation/lf/1lf8/1lf8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lf/1lf8/1lf8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lf/1lf8/1lf8.dat

Complex of GGA3-VHS Domain and CI-MPR C-terminal Phosphopeptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor binding protein GGA3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cation-independent mannose-6-phosphate receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)