1lgh

CRYSTAL STRUCTURE OF THE LIGHT-HARVESTING COMPLEX II (B800-850) FROM RHODOSPIRILLUM MOLISCHIANUM

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LIGHT HARVESTING COMPLEX II

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	LIGHT HARVESTING COMPLEX II × 8 （P95673） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 24 LYCOPENE × 8 UNDECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 24 HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 52 water × 16	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	LIGHT HARVESTING COMPLEX II × 8 （P95673） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 24 LYCOPENE × 8 UNDECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 24 HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 44 water × 16	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LHA_RHOMO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56 作者链 D； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56 作者链 G； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56 作者链 J； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56

LIGHT HARVESTING COMPLEX II

物种未注明

UniProt P95673

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	LIGHT HARVESTING COMPLEX II × 8 （P97253） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 24 LYCOPENE × 8 UNDECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 24 HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 52 water × 16	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	LIGHT HARVESTING COMPLEX II × 8 （P97253） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 24 LYCOPENE × 8 UNDECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 24 HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 44 water × 16	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LHB1_RHOMO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45 作者链 E； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45 作者链 H； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45 作者链 K； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1lgh
沉积日期 deposition_date	1996-03-20
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE LIGHT-HARVESTING COMPLEX II (B800-850) FROM RHODOSPIRILLUM MOLISCHIANUM
关键词 keywords	;LIGHT HARVESTING COMPLEX, BACTERIOCHLOROPHYLL, DEXTER ENERGY TRANSFER, FOERSTER EXCITON TRANSFER MECHANISM, MEMBRANE PROTEIN, PHOTOSYNTHESIS ;; LIGHT HARVESTING COMPLEX
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1lgh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1lgh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1lgh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.70 Å
Rg（电子密度）	29.13 Å
总 Rg	30.50 Å
原子数	10544
残基数	792
排除体积	171790 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1lgh__assembly_1__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1lgh__assembly_2__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LIGHT HARVESTING COMPLEX II
分子量 formula_weight	5945.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	5436

SNPKDDYKIWLVINPSTWLPVIWIVATVVAIAVHAAVLAAPGFNWIALGAAKSAAK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	LIGHT HARVESTING COMPLEX II
分子量 formula_weight	5120.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

AERSLSGLTEEEAIAVHDQFKTTFSAFIILAAVAHVLVWVWKPWF

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	LYCOPENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	UNDECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE
分子量 formula_weight	215.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	HEPTANE-1,2,3-TRIOL
分子量 formula_weight	148.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	64

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1lgha_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

结构域编号 domain_id	d1lghb_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

结构域编号 domain_id	d1lghd_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

结构域编号 domain_id	d1lghe_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

结构域编号 domain_id	d1lghg_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

结构域编号 domain_id	d1lghh_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

结构域编号 domain_id	d1lghj_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

结构域编号 domain_id	d1lghk_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1lghA00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	1lghB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	1lghD00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	1lghE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	1lghG00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	1lghH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	1lghJ00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	1lghK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

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晶胞边长 a length_a	91.600 Å
晶胞边长 b length_b	91.600 Å
晶胞边长 c length_c	209.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 4 21 2
空间群编号 int_tables_number	90
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2110
R_work r_work	0.2110
R_free r_free	0.2320

CRYSTAL STRUCTURE OF THE LIGHT-HARVESTING COMPLEX II (B800-850) FROM RHODOSPIRILLUM MOLISCHIANUM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LIGHT HARVESTING COMPLEX II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

LIGHT HARVESTING COMPLEX II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1lgh__assembly_1__model_1

1lgh__assembly_1__model_1 | I(q)

1lgh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)

CRYSTAL STRUCTURE OF THE LIGHT-HARVESTING COMPLEX II (B800-850) FROM RHODOSPIRILLUM MOLISCHIANUM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LIGHT HARVESTING COMPLEX II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LIGHT HARVESTING COMPLEX II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1lgh__assembly_1__model_1

1lgh__assembly_1__model_1 | I(q)

1lgh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)