8fb9

LH2-LH3 antenna in anti parallel configuration embedded in a nanodisc

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 140.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fb9
沉积日期 deposition_date	2022-11-29
结构标题 title	LH2-LH3 antenna in anti parallel configuration embedded in a nanodisc
关键词 keywords	antenna, membrane protein, nanodisc, bacteriochlorophyll, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.19 Å
零角强度 I(0) i0	315180000.00
分子量 molecular_weight	135800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	163700 Å³
包络体积 envelope_volume	331610 Å³
水化壳体积 shell_volume	60498 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.7 Å
壳层 Rg shell_rg	49.81 Å
包络 Rg envelope_rg	45.14 Å
形状 Rg shape_rg	47.16 Å
总 Rg total_rg	47.44 Å
总原子数 total_atoms	9816
残基数 n_residues	1584
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.3 Å
Rg (实空间) rg_real	47.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	315100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8120
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.406
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.611
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	283900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.003

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B800-820 alpha chain
分子量 formula_weight	6088.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,C,G,I,K,c,e
原子数 atom_count	9816

SNPKDDYKIWLVINPSTWLPVIWIVALLTAIAVHSFVLSVPGYNFLASAAAKTAAK

Entity 2 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B800-820 beta chain
分子量 formula_weight	5120.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,F,H,J,L,d,f

AERSLSGLTEEEAVAVHDQFKTTFSAFILLAAVAHVLVWIWKPWF

Entity 3 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain
分子量 formula_weight	5945.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,O,Q,S,U,W,Y,a

SNPKDDYKIWLVINPSTWLPVIWIVATVVAIAVHAAVLAAPGFNWIALGAAKSAAK

Entity 4 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-800/850 beta 1 chain
分子量 formula_weight	5120.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,P,R,T,V,X,Z,b

AERSLSGLTEEEAIAVHDQFKTTFSAFIILAAVAHVLVWVWKPWF

Entity 5 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

Entity 6 non-polymer

描述 description	LYCOPENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	63637

fit	/app/data/saxs_computation/fb/8fb9/8fb9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fb/8fb9/8fb9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fb/8fb9/8fb9.dat

LH2-LH3 antenna in anti parallel configuration embedded in a nanodisc

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)