1lni

CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF A RIBONUCLEASE FROM STREPTOMYCES AUREOFACIENS AT ATOMIC RESOLUTION (1.0 A)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 69.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GUANYL-SPECIFIC RIBONUCLEASE SA

Streptomyces aureofaciens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–96	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；ammonium sulfate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.00 Å
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–96	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；ammonium sulfate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1LNI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AY7 RIBONUCLEASE SA COMPLEX WITH BARSTAR 提交 1997-11-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–96（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.70 Å R-free 0.190
1BOX N39S MUTANT OF RNASE SA FROM STREPTOMYCES AUREOFACIENS 提交 1998-08-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）	突变：N39S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；HANGING DROP VAPOUR EQUILIBRATION DROP: 10 MG/ML OF PROTEIN 0.1 M TRIS-HCL BUFFER AT PH 8.0 12,5 % PEG 6000 RESERVOIR: 25 % PEG 6000	分辨率 1.60 Å R-free 0.218
1C54 SOLUTION STRUCTURE OF RIBONUCLEASE SA 提交 1999-10-22	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；303.2 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT NMR测量条件 pH 5.5；303.2 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT NMR测量条件 pH 5.5；303.2 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT NMR测量条件 pH 5.5；303.2 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT NMR样品组成 NA NMR样品组成 NA NMR样品组成 U-15N NMR样品组成 U-15N	分辨率未提供
1GMP COMPLEX OF RIBONUCLEASE FROM STREPTOMYCES AUREOFACIENS WITH 2'-GMP AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–96（96 aa）链 B 1–96（96 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 2GP GUANOSINE-2'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å
1GMQ COMPLEX OF RIBONUCLEASE FROM STREPTOMYCES AUREOFACIENS WITH 2'-GMP AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-10-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1GMQ COMPLEX OF RIBONUCLEASE FROM STREPTOMYCES AUREOFACIENS WITH 2'-GMP AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-10-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–96（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1GMR COMPLEX OF RIBONUCLEASE FROM STREPTOMYCES AUREOFACIENS WITH 2'-GMP AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–96（96 aa）链 B 1–96（96 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 2GP GUANOSINE-2'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.77 Å
1I70 CRYSTAL STRUCTURE OF RNASE SA Y86F MUTANT 提交 2001-03-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）	突变：Y86F	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；AMMONIUM SULFATE, MONOSODIUM PHOSPHATE, DISODIUM PHOSPHATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.178
1I70 CRYSTAL STRUCTURE OF RNASE SA Y86F MUTANT 提交 2001-03-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–96（96 aa）	突变：Y86F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；AMMONIUM SULFATE, MONOSODIUM PHOSPHATE, DISODIUM PHOSPHATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.178
1I8V CRYSTAL STRUCTURE OF RNASE SA Y80F MUTANT 提交 2001-03-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）	突变：Y80F	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；AMMONIUM SULFATE, MONOSODIUM PHOSPHATE, DISODIUM PHOSPHATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.25 Å R-free 0.156
1I8V CRYSTAL STRUCTURE OF RNASE SA Y80F MUTANT 提交 2001-03-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–96（96 aa）	突变：Y80F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；AMMONIUM SULFATE, MONOSODIUM PHOSPHATE, DISODIUM PHOSPHATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.25 Å R-free 0.156
1RGE HYDROLASE, GUANYLORIBONUCLEASE 提交 1995-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–96（96 aa）链 B 1–96（96 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 2GP GUANOSINE-2'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；ROOM TEMPERATURE, PH 6.7, AMMONIUM SULFATE	分辨率 1.15 Å
1RGF HYDROLASE, GUANYLORIBONUCLEASE 提交 1995-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–96（96 aa）链 B 1–96（96 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；ROOM TEMPERATURE, PH 6.7, AMMONIUM SULFATE	分辨率 1.20 Å
1RGG HYDROLASE, GUANYLORIBONUCLEASE 提交 1995-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–96（96 aa）链 B 1–96（96 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.20 Å
1RGH HYDROLASE, GUANYLORIBONUCLEASE 提交 1995-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–96（96 aa）链 B 1–96（96 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.20 Å
1RSN RIBONUCLEASE (RNASE SA) (E.C.3.1.4.8) COMPLEXED WITH EXO-2',3'-CYCLOPHOSPHOROTHIOATE 提交 1995-09-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 SGP GUANOSINE-2',3'-CYCLOPHOSPHOROTHIOATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1RSN RIBONUCLEASE (RNASE SA) (E.C.3.1.4.8) COMPLEXED WITH EXO-2',3'-CYCLOPHOSPHOROTHIOATE 提交 1995-09-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–96（96 aa）	未记录	SGP GUANOSINE-2',3'-CYCLOPHOSPHOROTHIOATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1SAR DETERMINATION AND RESTRAINED LEAST-SQUARES REFINEMENT OF THE CRYSTAL STRUCTURES OF RIBONUCLEASE SA AND ITS COMPLEX WITH 3'-GUANYLIC ACID AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-12-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1SAR DETERMINATION AND RESTRAINED LEAST-SQUARES REFINEMENT OF THE CRYSTAL STRUCTURES OF RIBONUCLEASE SA AND ITS COMPLEX WITH 3'-GUANYLIC ACID AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-12-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–96（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1T2H Y81W mutant of RNase Sa from Streptomyces aureofaciens 提交 2004-04-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）	突变：Y81W	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；ammonium sulfate, disodium phosphate, monosodium phosphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.00 Å R-free 0.166
1T2H Y81W mutant of RNase Sa from Streptomyces aureofaciens 提交 2004-04-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–96（96 aa）	突变：Y81W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；ammonium sulfate, disodium phosphate, monosodium phosphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.00 Å R-free 0.166
1T2I T76W mutant of RNase Sa from Streptomyces aureofaciens 提交 2004-04-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）	突变：T76W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；ammonium sulfate, disodium phosphate, monosodium phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.10 Å R-free 0.167
1UCI Mutants of RNase Sa 提交 2003-04-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）	突变：V2T	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 10%(v/v) dioxane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
1UCI Mutants of RNase Sa 提交 2003-04-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–96（96 aa）	突变：V2T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 10%(v/v) dioxane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
1UCJ Mutants of RNase Sa 提交 2003-04-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）	突变：V36T	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 10%(v/v) dioxane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
1UCJ Mutants of RNase Sa 提交 2003-04-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–96（96 aa）	突变：V36T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 10%(v/v) dioxane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
1UCK Mutants of RNase Sa 提交 2003-04-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）	突变：V43T	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 10%(v/v) dioxane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.214
1UCK Mutants of RNase Sa 提交 2003-04-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–96（96 aa）	突变：V43T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 10%(v/v) dioxane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.214
1UCL Mutants of RNase Sa 提交 2003-04-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）	突变：V57T	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；2.0M ammonium sulfate, 0.1M HEPES-Na pH 7.5, 2%(v/v) PEG400, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.82 Å R-free 0.218
1UCL Mutants of RNase Sa 提交 2003-04-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–96（96 aa）	突变：V57T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；2.0M ammonium sulfate, 0.1M HEPES-Na pH 7.5, 2%(v/v) PEG400, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.82 Å R-free 0.218
1YNV Asp79 makes a large, unfavorable contribution to the stability of RNase Sa 提交 2005-01-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 1–96（96 aa）	突变：Q94K	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 10.5；291 K；1.2 M NaH2PO4/0.8M K2HPO4, 0.1 M CAPS, pH 10.5 and 0.2 M Li2SO4., EVAPORATION, temperature 291K	分辨率 1.20 Å R-free 0.178
1ZGX Crystal structure of ribonuclease mutant 提交 2005-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–63（63 aa）片段：residues 1-63 链 B 64–96（33 aa）片段：residues 64-96	突变：Q94K	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；ammonium sulfate, Hepes, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.13 Å R-free 0.164
2SAR DETERMINATION AND RESTRAINED LEAST-SQUARES REFINEMENT OF THE CRYSTAL STRUCTURES OF RIBONUCLEASE SA AND ITS COMPLEX WITH 3'-GUANYLIC ACID AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-12-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 3GP GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
2SAR DETERMINATION AND RESTRAINED LEAST-SQUARES REFINEMENT OF THE CRYSTAL STRUCTURES OF RIBONUCLEASE SA AND ITS COMPLEX WITH 3'-GUANYLIC ACID AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-12-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–96（96 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
3A5E Crystal structure of 5K RNase Sa 提交 2009-08-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）	突变：D1K, D17K, D25K, E41K, E74K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；30% PEG4000, 200mM NaAcetate, 100mM Tris pH8.5, pH4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.281
4GHO Crystal Structure Analysis of Streptomyces aureofaciens Ribonuclease S24A mutant 提交 2012-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–96（96 aa）链 B 1–96（96 aa）	突变：S24A 突变：S24A	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；0.7M ammonium sulfate, phosphate buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298, temperature 298.0K	分辨率 1.10 Å R-free 0.117
4J5G Crystal structure analysis of Streptomyces aureofaciens ribonuclease Sa T95A mutant 提交 2013-02-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）	突变：T95A	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；ammonium sulfate 0.8 M, cacodylate buffer 0.1M , pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.31 Å R-free 0.150
4J5G Crystal structure analysis of Streptomyces aureofaciens ribonuclease Sa T95A mutant 提交 2013-02-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–96（96 aa）	突变：T95A	GOL GLYCEROL × 1 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；ammonium sulfate 0.8 M, cacodylate buffer 0.1M , pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.31 Å R-free 0.150
4J5G Crystal structure analysis of Streptomyces aureofaciens ribonuclease Sa T95A mutant 提交 2013-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–96（96 aa）链 B 1–96（96 aa）	突变：T95A 突变：T95A	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；ammonium sulfate 0.8 M, cacodylate buffer 0.1M , pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.31 Å R-free 0.150
4J5K Crystal structure analysis of Streptomyces aureofaciens ribonuclease Sa Y51F mutant 提交 2013-02-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–96（96 aa）片段：Ribonuclease Sa	突变：Y51F	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；Ammonium sulfate 0.9 M, phosphate buffer 0.1 M , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.23 Å R-free 0.136
4J5K Crystal structure analysis of Streptomyces aureofaciens ribonuclease Sa Y51F mutant 提交 2013-02-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–96（96 aa）片段：Ribonuclease Sa	突变：Y51F	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；Ammonium sulfate 0.9 M, phosphate buffer 0.1 M , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.23 Å R-free 0.136
4J5K Crystal structure analysis of Streptomyces aureofaciens ribonuclease Sa Y51F mutant 提交 2013-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–96（96 aa）片段：Ribonuclease Sa 链 B 1–96（96 aa）片段：Ribonuclease Sa	突变：Y51F 突变：Y51F	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；Ammonium sulfate 0.9 M, phosphate buffer 0.1 M , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.23 Å R-free 0.136

共 27 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNSA_STRAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96 作者链 B； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1lni
沉积日期 deposition_date	2002-05-03
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF A RIBONUCLEASE FROM STREPTOMYCES AUREOFACIENS AT ATOMIC RESOLUTION (1.0 A)
关键词 keywords	Ribonuclease Sa, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.74 Å
零角强度 I(0) i0	9112590.00
分子量 molecular_weight	21509.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26473 Å³
包络体积 envelope_volume	32413 Å³
水化壳体积 shell_volume	14300 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.2 Å
壳层 Rg shell_rg	24.93 Å
包络 Rg envelope_rg	20.76 Å
形状 Rg shape_rg	20.70 Å
总 Rg total_rg	21.48 Å
总原子数 total_atoms	1515
残基数 n_residues	192
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.2 Å
Rg (实空间) rg_real	21.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1130e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9112000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7619
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.456
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.556
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3498000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.715; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.763; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GUANYL-SPECIFIC RIBONUCLEASE SA
分子量 formula_weight	10582.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.27.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2301

DVSGTVCLSALPPEATDTLNLIASDGPFPYSQDGVVFQNRESVLPTQSYGYYHEYTVITPGARTRGTRRIITGEATQEDYYTGDHYATFSLIDQTC

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces aureofaciens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1894
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	557

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1lnia_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family family	d.1.1.2 — Bacterial ribonucleases

结构域编号 domain_id	d1lnib_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family family	d.1.1.2 — Bacterial ribonucleases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1lniA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Microbial ribonucleases

结构域编号 domain_id	1lniB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Microbial ribonucleases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.200 Å
晶胞边长 b length_b	77.800 Å
晶胞边长 c length_c	38.280 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.500 Å
R 因子 r_factor	0.1160
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/ln/1lni/1lni.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ln/1lni/1lni.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ln/1lni/1lni.dat