SAXSdb — 1lqv

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endothelial protein C receptor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 18–210	片段：Extracellular domain	Vitamin-K dependent protein C × 1 （P04070） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；peg 400, potassium chloride, magnesium chloride, calcium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.222
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 18–210	片段：Extracellular domain	Vitamin-K dependent protein C × 1 （P04070） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；peg 400, potassium chloride, magnesium chloride, calcium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1LQV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1L8J Crystal Structure of the Endothelial Protein C Receptor and Bound Phospholipid Molecule 提交 2002-03-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–210（193 aa）片段：Extracellular domain (residues 18-210)	未记录	PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；Sodium Formate, TRIS-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.211
3JTC Importance of Mg2+ in the Ca2+-Dependent Folding of the gamma-Carboxyglutamic Acid Domains of Vitamin K-Dependent clotting and anticlotting Proteins 提交 2009-09-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–210（193 aa）片段：extracellular domain (UNP residues 18-210)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；PEG 400, potassium chloride, magnesium chloride, calcium chloride, HEPES, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.60 Å R-free 0.226
3JTC Importance of Mg2+ in the Ca2+-Dependent Folding of the gamma-Carboxyglutamic Acid Domains of Vitamin K-Dependent clotting and anticlotting Proteins 提交 2009-09-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 18–210（193 aa）片段：extracellular domain (UNP residues 18-210)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；PEG 400, potassium chloride, magnesium chloride, calcium chloride, HEPES, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.60 Å R-free 0.226
4V3D The CIDRa domain from HB3var03 PfEMP1 bound to endothelial protein C receptor 提交 2014-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 25–194（170 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN, UNP RESIDUES 468-718	未记录	PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.2 M NANO3, 0.1 M BTP PH 8.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.65 Å R-free 0.255
4V3D The CIDRa domain from HB3var03 PfEMP1 bound to endothelial protein C receptor 提交 2014-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 25–194（170 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN, UNP RESIDUES 468-718	未记录	PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.2 M NANO3, 0.1 M BTP PH 8.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.65 Å R-free 0.255
4V3E The CIDRa domain from IT4var07 PfEMP1 bound to endothelial protein C receptor 提交 2014-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 25–195（171 aa）	未记录	PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.2 M NANO3, 0.1 M BTP PH 7.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.276
6SNY Synthetic mimic of an EPCR-binding PfEMP1 bound to EPCR 提交 2019-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 18–210（193 aa）	未记录	PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；2M sodium citrate, 0.1M HEPES pH 7	分辨率 3.11 Å R-free 0.256
6SNY Synthetic mimic of an EPCR-binding PfEMP1 bound to EPCR 提交 2019-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 18–210（193 aa）	未记录	PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；2M sodium citrate, 0.1M HEPES pH 7	分辨率 3.11 Å R-free 0.256
7OKS X-ray structure of soluble EPCR in P212121 space group 提交 2021-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–210（193 aa）	未记录	PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；2.8 M sodium acetate pH 8.0, 0.1 M Tris pH 7.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.239
7OKS X-ray structure of soluble EPCR in P212121 space group 提交 2021-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–210（193 aa）	未记录	PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；2.8 M sodium acetate pH 8.0, 0.1 M Tris pH 7.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.239
7OKS X-ray structure of soluble EPCR in P212121 space group 提交 2021-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 18–210（193 aa）	未记录	PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；2.8 M sodium acetate pH 8.0, 0.1 M Tris pH 7.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.239
7OKS X-ray structure of soluble EPCR in P212121 space group 提交 2021-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 18–210（193 aa）	未记录	PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；2.8 M sodium acetate pH 8.0, 0.1 M Tris pH 7.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.239
7OKT X-ray structure of soluble EPCR in C2221 space group 提交 2021-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–210（193 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；2.8 M Sodium acetate pH 7.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.257
7OKT X-ray structure of soluble EPCR in C2221 space group 提交 2021-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–210（193 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；2.8 M Sodium acetate pH 7.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.257
7OKU X-ray structure of soluble EPCR in P3121 space group 提交 2021-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–210（193 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；2.0 M Sodium formate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6	分辨率 1.95 Å R-free 0.235
7OKV Crystal structure of soluble EPCR after exposure to the nonionic surfactant Polysorbate 20 提交 2021-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–210（193 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 R16 HEXADECANE × 1 HEX HEXANE × 1 D10 DECANE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；3.5 M Sodium formate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6	分辨率 1.85 Å R-free 0.234
7Q5D Structure of EPCR in a non-canonical conformation 提交 2021-11-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–210（193 aa）	未记录	CYS CYSTEINE × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M sodium-potassium tartrate, 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.195
8C44 HB3VAR03 apo headstructure (PfEMP1 A) complexed with EPCR 提交 2022-12-31	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 26–193（168 aa）	未记录	PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9TJX Structure of factor VII Gla domain bound to EPCR 提交 2025-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–210（193 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris PH 8.5, 12 % w/v PEG 8000	分辨率 3.00 Å R-free 0.295
9TJX Structure of factor VII Gla domain bound to EPCR 提交 2025-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 18–210（193 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris PH 8.5, 12 % w/v PEG 8000	分辨率 3.00 Å R-free 0.295
9TJX Structure of factor VII Gla domain bound to EPCR 提交 2025-12-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 18–210（193 aa）	未记录	PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris PH 8.5, 12 % w/v PEG 8000	分辨率 3.00 Å R-free 0.295
9TJX Structure of factor VII Gla domain bound to EPCR 提交 2025-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 18–210（193 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris PH 8.5, 12 % w/v PEG 8000	分辨率 3.00 Å R-free 0.295

共 12 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EPCR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–193； UniProt 18–210 作者链 B； PDB构建体 1–193； UniProt 18–210

Vitamin-K dependent protein C

Homo sapiens

UniProt P04070

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 43–75	片段：Protein C Gla domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Endothelial protein C receptor × 1 （Q9UNN8） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；peg 400, potassium chloride, magnesium chloride, calcium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.222
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 43–75	片段：Protein C Gla domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Endothelial protein C receptor × 1 （Q9UNN8） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；peg 400, potassium chloride, magnesium chloride, calcium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1LQV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AUT Human activated protein C 提交 1996-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 212–461（250 aa）链 L 84–197（114 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.7；0.1 M CITRATE, 20% ISOPROPANOL 2% PEG 20000 PH 4.7	分辨率 2.80 Å
3F6U Crystal structure of human Activated Protein C (APC) complexed with PPACK 提交 2008-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 212–451（240 aa）片段：UNP residues 212-451 链 L 91–188（98 aa）片段：UNP residues 91-188	未记录	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.236
3JTC Importance of Mg2+ in the Ca2+-Dependent Folding of the gamma-Carboxyglutamic Acid Domains of Vitamin K-Dependent clotting and anticlotting Proteins 提交 2009-09-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 43–75（33 aa）片段：GLA domain (UNP residues 43-75)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；PEG 400, potassium chloride, magnesium chloride, calcium chloride, HEPES, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.60 Å R-free 0.226
3JTC Importance of Mg2+ in the Ca2+-Dependent Folding of the gamma-Carboxyglutamic Acid Domains of Vitamin K-Dependent clotting and anticlotting Proteins 提交 2009-09-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 43–75（33 aa）片段：GLA domain (UNP residues 43-75)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；PEG 400, potassium chloride, magnesium chloride, calcium chloride, HEPES, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.60 Å R-free 0.226
4DT7 Crystal structure of thrombin bound to the activation domain QEDQVDPRLIDGKMTRRGDS of protein C 提交 2012-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 204–223（20 aa）片段：UNP residues 204-223	未记录	NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M Na acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.218
4DT7 Crystal structure of thrombin bound to the activation domain QEDQVDPRLIDGKMTRRGDS of protein C 提交 2012-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 204–223（20 aa）片段：UNP residues 204-223	未记录	NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M Na acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.218
6M3B hAPC-c25k23 Fab complex 提交 2020-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 212–461（250 aa）链 D 43–197（155 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1% n-Octyl-beta-D-glucoside, 0.1M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.5, 22% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
6M3C hAPC-h1573 Fab complex 提交 2020-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 212–461（250 aa）链 B 43–197（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M sodium fluoride, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 3.70 Å R-free 0.302
6M3C hAPC-h1573 Fab complex 提交 2020-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 212–461（250 aa）链 D 43–197（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M sodium fluoride, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 3.70 Å R-free 0.302
6M3C hAPC-h1573 Fab complex 提交 2020-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 212–461（250 aa）链 I 43–197（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M sodium fluoride, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 3.70 Å R-free 0.302
8JRU Cryo-EM structure of the glucagon receptor bound to beta-arrestin 1 in ligand-free state 提交 2023-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 205–216（12 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8JRV Cryo-EM structure of the glucagon receptor bound to glucagon and beta-arrestin 1 提交 2023-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 205–216（12 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9BVM Vitamin K-dependent gamma-carboxylase with protein C propeptide and glutamate-rich region and with vitamin K hydroquinone 提交 2024-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 19–88（70 aa）	未记录	A1AVC vitamin K1 hydroquinone × 1 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9MOT Cryo-EM structure of factor Va bound to activated protein C 提交 2024-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 212–451（240 aa）	突变：S360A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2 cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 40uM n-Dodecyl-B-D-Maltoside cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
9MOV Cryo-EM structure of factor Va bound to activated protein C 提交 2024-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 43–188（146 aa）链 D 212–451（240 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S360A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2 cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 40uM n-Dodecyl-B-D-Maltoside cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 11 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PROC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–33； UniProt 43–75 作者链 D； PDB构建体 1–33； UniProt 43–75

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1lqv
沉积日期 deposition_date	2002-05-13
结构标题 title	Crystal structure of the Endothelial protein C receptor with phospholipid in the groove in complex with Gla domain of protein C.
关键词 keywords	Gla (gamma-carboxyglutamic acid) residues, phospholipid binding groove, Ca ion binding, BLOOD CLOTTING; BLOOD CLOTTING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.72 Å
零角强度 I(0) i0	42654300.00
分子量 molecular_weight	51719.0 kDa
排除体积 excluded_volume	64627 Å³
包络体积 envelope_volume	85699 Å³
水化壳体积 shell_volume	23183 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.2 Å
壳层 Rg shell_rg	37.58 Å
包络 Rg envelope_rg	31.15 Å
形状 Rg shape_rg	31.70 Å
总 Rg total_rg	32.30 Å
总原子数 total_atoms	3619
残基数 n_residues	393
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.4 Å
Rg (实空间) rg_real	32.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.4230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	42650000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8406
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	25.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.351
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.696
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3871000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.830; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.728; Smooth: 0.704

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Endothelial protein C receptor
分子量 formula_weight	22046.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4048

SQDASDGLQRLHMLQISYFRDPYHVWYQGNASLGGHLTHVLEGPDTNTTIIQLQPLQEPESWARTQSGLQSYLLQFHGLVRLVHQERTLAFPLTIRCFLGCELPPEGSRAHVFFEVAVNGSSFVSFRPERALWQADTQVTSGVVTFTLQQLNAYNRTRYELREFLEDTCVQYVQKHISAENTKGSQTSRSYTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Vitamin-K dependent protein C
分子量 formula_weight	4359.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

ANSFLEELRHSSLERECIEEICDFEEAKEIFQN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	429

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1lqva_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d1lqvb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d1lqvc_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.32 — GLA-domain
超家族 Superfamily superfamily	g.32.1 — GLA-domain
家族 Family family	g.32.1.1 — GLA-domain

结构域编号 domain_id	d1lqvd_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.32 — GLA-domain
超家族 Superfamily superfamily	g.32.1 — GLA-domain
家族 Family family	g.32.1.1 — GLA-domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1lqvA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	1lqvB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	59.220 Å
晶胞边长 b length_b	62.360 Å
晶胞边长 c length_c	71.030 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.81 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	12.000 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2220

fit	/app/data/saxs_computation/lq/1lqv/1lqv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lq/1lqv/1lqv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lq/1lqv/1lqv.dat

Crystal structure of the Endothelial protein C receptor with phospholipid in the groove in complex with Gla domain of protein C.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endothelial protein C receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vitamin-K dependent protein C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)