SAXSdb — 8jru

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jru
沉积日期 deposition_date	2023-06-17
结构标题 title	Cryo-EM structure of the glucagon receptor bound to beta-arrestin 1 in ligand-free state
关键词 keywords	Complex structure, glucagon receptor, beta-arrestin 1, ligand-free, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.00 Å
零角强度 I(0) i0	149948000.00
分子量 molecular_weight	100750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	126850 Å³
包络体积 envelope_volume	181350 Å³
水化壳体积 shell_volume	41403 Å³
包络直径 envelope_diameter	147.6 Å
壳层 Rg shell_rg	41.14 Å
包络 Rg envelope_rg	39.98 Å
形状 Rg shape_rg	40.02 Å
总 Rg total_rg	40.01 Å
总原子数 total_atoms	7120
残基数 n_residues	942
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.2 Å
Rg (实空间) rg_real	39.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4990e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	149900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8094
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.580
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.286
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.689; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.688; Smooth: 0.761

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	HA signal peptide,HPC4 purification tag,Glucagon receptor,C-terminal tail of Vasopressin V2 receptor
分子量 formula_weight	54307.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	7120

GSMKTIIALSYIFCLVFAGAPEDQVDPRLIDGKGSGSAGSAGSQVMDFLFEKWKLYGDQCHHNLSLLPPPTELVCNRTFDKYSCWPDTPANTTANISCPWYLPWHHKVQHRFVFKRCGPDGQWVRGPRGQPWRDASQCQMDGEEIEVQKEVAKMYSSFQVMYTVGYSLSLGALLLALAILGGLSKLHCTRNAIHANLFASFVLKASSVLVIDGLLRTRYSQKIGDDLSVSTWLSDGAVAGCRVAAVFMQYGIVANYCWLLVEGLYLHNLLGLATLPERSFFSLYLGIGWGAPMLFVVPWAVVKCLFENVQCWTSNDNMGFWWILRFPVFLAILINFFIFVRIVQLLVAKLRARQMHHTDYKFRLAKSTLTLIPLLGVHEVVFAFVTDEHAQGTLRSAKLFFDLFLSSFQGLLVAVLYCFLNKEVQSELRRRWHRWRLGKVLWEERNTSNARGRTPPSLGPQDESCTTASSSLAKDTSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-arrestin 1 and single-chain fragment variable 30 (scFv30)
分子量 formula_weight	69173.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H,L

MGDKGTRVFKKASPNGKLTVYLGKRDFVDHIDLVEPVDGVVLVDPEYLKERRVYVTLTAAFRYGREDLDVLGLTFRKDLFVANVQSFPPAPEDKKPLTRLQERLIKKLGEHAYPFTFEIPPNLPSSVTLQPGPEDTGKAIGVDYEVKAFVAENLEEKIHKRNSVRLVIEKVQYAPERPGPQPTAETTRQFLMSDKPLHLEASLDKEIYYHGEPISVNVHVTNNTNKTVKKIKISVRQYADIVLFNTAQYKVPVAMEEADDTVAPSSTFSKVYTLTPFLANNREKRGLALDGKLKHEDTNLASSTLLREGANREILGIIVSYKVKVKLVVSRGGLLGDLASSDVAVELPFTLMHPKPKEEPPHREVPEHETPVDTNLSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYKYVPVTFGQGTKVEIKGTTAASGSSGGSSSGAEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNVYSSSIHWVRQAPGKGLEWVASISSYYGYTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARSRQFWYSGLDYWGQGTLVTVSSAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	Nanobody 32
分子量 formula_weight	13867.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAQVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCVVSGFFFDTVTMAWYRRAPGKHRELVASATAGGTTTYADSVKDRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCNTFVRSLSWGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage EcSzw-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2419741
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 4 non-polymer

描述 description	;[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate ;
分子量 formula_weight	746.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8jruA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	840 —

结构域编号 domain_id	8jruA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 —

结构域编号 domain_id	8jruB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	250907

fit	/app/data/saxs_computation/jr/8jru/8jru.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jr/8jru/8jru.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jr/8jru/8jru.dat

Cryo-EM structure of the glucagon receptor bound to beta-arrestin 1 in ligand-free state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)