SAXSdb — 1lud

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DIHYDROFOLATE REDUCTASE

Lactobacillus casei

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–162	未记录	NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 TRR 2,4-DIAMINO-5-(3,4,5-TRIMETHOXY-BENZYL)-PYRIMIDIN-1-IUM × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM KCl；压力 ambient NMR样品组成：3mM DHFR-15N/TMP/NADPH, 50 mM phosphate buffer \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：3 mM DHFR/TMP/NADPH, 50 mM phosphate buffer \| 100% D2O NMR样品组成：0.5mM DHFR-15N/TMP/NADPH, 50 mM phosphate buffer, 5% DMPC/DHPC (3:1) \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.25mM DHFR-15N/TMP/NADPH, 50 mM phosphate buffer, 5% C12E5/hexanol \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1LUD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AO8 DIHYDROFOLATE REDUCTASE COMPLEXED WITH METHOTREXATE, NMR, 21 STRUCTURES 提交 1997-07-22	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–162（162 aa）	未记录	MTX METHOTREXATE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM	分辨率未提供
1BZF NMR SOLUTION STRUCTURE AND DYNAMICS OF THE COMPLEX OF LACTOBACILLUS CASEI DIHYDROFOLATE REDUCTASE WITH THE NEW LIPOPHILIC ANTIFOLATE DRUG TRIMETREXATE, 22 STRUCTURES 提交 1998-10-28	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–162（162 aa）	未记录	TMQ TRIMETREXATE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）550 mM；压力 1 NMR样品组成 90% H2O/10% D2O, 100% D2O	分辨率未提供
1DIS DIHYDROFOLATE REDUCTASE (E.C.1.5.1.3) COMPLEX WITH BRODIMOPRIM-4,6-DICARBOXYLATE 提交 1995-08-01	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–162（162 aa）	未记录	BDM BRODIMOPRIM-4,6-DICARBOXYLATE × 1	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1DIU DIHYDROFOLATE REDUCTASE (E.C.1.5.1.3) COMPLEX WITH BRODIMOPRIM-4,6-DICARBOXYLATE 提交 1995-08-01	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–162（162 aa）	未记录	BDM BRODIMOPRIM-4,6-DICARBOXYLATE × 1	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2HM9 Solution structure of dihydrofolate reductase complexed with trimethoprim, 33 structures 提交 2006-07-11	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–162（162 aa）	未记录	TRR 2,4-DIAMINO-5-(3,4,5-TRIMETHOXY-BENZYL)-PYRIMIDIN-1-IUM × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM KCl；压力 ambient NMR样品组成 0.5mM DHFR-15N/TMP, 50mM phosphate buffer, 5% DMPC/DHPC (3:1), 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM DHFR-15N/TMP, 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM DHFR-15N/TMP, 50mM phosphate buffer, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2HQP Solution structure of L.casei dihydrofolate reductase complexed with NADPH, 32 structures 提交 2006-07-19	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–162（162 aa）	未记录	NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM KCl；压力 ambient NMR样品组成 0.5mM DHFR-15N/NADPH, 50mM phosphate buffer, 5% DMPC/DHPC, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM DHFR-15N/NADPH, 50mM phosphate buffer, 100% H2O \| 100% H2O NMR样品组成 1mM DHFR-15N/NADPH, 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2L28 Solution structure of lactobacillus casei dihydrofolate reductase apo-form, 25 conformers 提交 2010-08-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–163（162 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 2 mM entity-1, 100 mM potassium chloride-2, 50 mM potassium phosphate-3, 0.1 % sodium azide-4, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity-5, 100 mM potassium chloride-6, 50 mM potassium phosphate-7, 0.1 % sodium azide-8, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N] entity-9, 100 mM potassium chloride-10, 50 mM potassium phosphate-11, 0.1 % sodium azide-12, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N] entity-13, 100 mM potassium chloride-14, 50 mM potassium phosphate-15, 0.1 % sodium azide-16, 5 % DMPC/DHPC-17, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2LF1 Solution structure of L. casei dihydrofolate reductase complexed with NADPH, 30 structures 提交 2011-06-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–163（162 aa）	未记录	NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DHFR, 2 mM NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE, 100 mM potassium chloride, 50 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DHFR, 2 mM NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE, 100 mM potassium chloride, 50 mM potassium phosphate, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 2 mM [U-99% 15N] DHFR, 2 mM NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE, 100 mM potassium chloride, 50 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 4 mM DHFR, 4 mM NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE, 100 mM potassium chloride, 50 mM potassium phosphate, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N] DHFR, 1 mM NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE, 100 mM potassium chloride, 50 mM potassium phosphate, 5 v/v n-octylpenta-ethylene glycol (C8E5), 1.5 v/v n-octanol, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
3DFR CRYSTAL STRUCTURES OF ESCHERICHIA COLI AND LACTOBACILLUS CASEI DIHYDROFOLATE REDUCTASE REFINED AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION. I. GENERAL FEATURES AND BINDING OF METHOTREXATE 提交 1982-06-25	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–162（162 aa）	未记录	NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 MTX METHOTREXATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DYR_LACCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1lud
沉积日期 deposition_date	2002-05-22
结构标题 title	SOLUTION STRUCTURE OF DIHYDROFOLATE REDUCTASE COMPLEXED WITH TRIMETHOPRIM AND NADPH, 24 STRUCTURES
关键词 keywords	DHFR, INHIBITOR-ENZYME COMPLEX, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.40 Å
零角强度 I(0) i0	3086960000.00
分子量 molecular_weight	464150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	575810 Å³
包络体积 envelope_volume	34674 Å³
水化壳体积 shell_volume	17223 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.4 Å
壳层 Rg shell_rg	23.05 Å
包络 Rg envelope_rg	17.00 Å
形状 Rg shape_rg	15.39 Å
总 Rg total_rg	15.51 Å
总原子数 total_atoms	64104
残基数 n_residues	3888
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	49.8 Å
Rg (实空间) rg_real	15.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0870e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4260e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3087000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8966
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.142
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.369
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	775100.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DIHYDROFOLATE REDUCTASE
分子量 formula_weight	18331.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	64104

TAFLWAQDRDGLIGKDGHLPWHLPDDLHYFRAQTVGKIMVVGRRTYESFPKRPLPERTNVVLTHQEDYQAQGAVVVHDVAAVFAYAKQHPDQELVIAGGAQIFTAFKDDVDTLLVTRLAGSFEGDTKMIPLNWDDFTKVSSRTVEDTNPALTHTYEVWQKKA

来源 Source

来源生物 organism	Lactobacillus casei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1582
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	745.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2,4-DIAMINO-5-(3,4,5-TRIMETHOXY-BENZYL)-PYRIMIDIN-1-IUM
分子量 formula_weight	291.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1luda_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.71 — Dihydrofolate reductase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.71.1 — Dihydrofolate reductase-like
家族 Family family	c.71.1.1 — Dihydrofolate reductases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1ludA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	430 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrofolate Reductase, subunit A

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8. 引用文献 (5)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/lu/1lud/1lud.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lu/1lud/1lud.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lu/1lud/1lud.dat

SOLUTION STRUCTURE OF DIHYDROFOLATE REDUCTASE COMPLEXED WITH TRIMETHOPRIM AND NADPH, 24 STRUCTURES