1lzi

Glycosyltransferase A + UDP + H antigen acceptor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1lzi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1lzi
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id1lzi
沉积日期 deposition_date2002-06-10
结构标题 titleGlycosyltransferase A + UDP + H antigen acceptor
关键词 keywordsGLYCOPROTEIN, TRANSMEMBRANE, SIGNAL-ANCHOR, BLOOD GROUP ANTIGEN, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.68
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.77
零角强度 I(0) i019053800.00
分子量 molecular_weight32383.0 kDa
排除体积 excluded_volume39882 ų
包络体积 envelope_volume46598 ų
水化壳体积 shell_volume20412 ų
包络直径 envelope_diameter68.2
壳层 Rg shell_rg25.63
包络 Rg envelope_rg19.35
形状 Rg shape_rg18.81
总 Rg total_rg19.61
总原子数 total_atoms2216
残基数 n_residues264
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.0
Rg (实空间) rg_real20.15
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.15
I(0) (实空间) i0_real1.8890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.60
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19050000.0000
解质量估计 total_estimate0.6660
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary24.1
偏度 Skewness skewness0.391
峰度 Kurtosis kurtosis0.015
角度范围 angular_range— – 0.4050 −1
当前正则化参数 α current_alpha6.3510
最高正则化参数 α highest_alpha2735000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 0.920; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.421

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (6)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1lzia_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.68 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
超家族 Superfamily superfamilyc.68.1 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
家族 Family familyc.68.1.9 — alpha-1,3-galactosyltransferase-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1lziA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)