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1lzs

STRUCTURAL CHANGES OF THE ACTIVE SITE CLEFT AND DIFFERENT SACCHARIDE BINDING MODES IN HUMAN LYSOZYME CO-CRYSTALLIZED WITH HEXA-N-ACETYL-CHITOHEXAOSE AT PH 4.0

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HUMAN LYSOZYME

Homo sapiens

UniProt P00695

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 19–148 未记录 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.60 Å
2 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 19–148 未记录 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1LZS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D6P HUMAN LYSOZYME L63 MUTANT LABELLED WITH 2',3'-EPOXYPROPYL N,N'-DIACETYLCHITOBIOSE 提交 1999-10-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–148（130 aa）
突变：Y63L GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；298 K；5M NH4NO3 IN 10 MM NAOAC(PH 4.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.23 Å R-free 0.216
1D6Q HUMAN LYSOZYME E102 MUTANT LABELLED WITH 2',3'-EPOXYPROPYL GLYCOSIDE OF N-ACETYLLACTOSAMINE 提交 1999-10-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–148（130 aa）
突变：D102E GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；298 K；5M NH4NO3 IN 10 MM NAOAC (PH4.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.96 Å R-free 0.248
1LMT STRUCTURE OF A CONFORMATIONALLY CONSTRAINED ARG-GLY-ASP SEQUENCE INSERTED INTO HUMAN LYSOZYME 提交 1995-01-13 构建体不同 配体/离子不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–142（124 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
1LZR STRUCTURAL CHANGES OF THE ACTIVE SITE CLEFT AND DIFFERENT SACCHARIDE BINDING MODES IN HUMAN LYSOZYME CO-CRYSTALLIZED WITH HEXA-N-ACETYL-CHITOHEXAOSE AT PH 4.0 提交 1994-09-14 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–148（130 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.50 Å
1RE2 HUMAN LYSOZYME LABELLED WITH TWO 2',3'-EPOXYPROPYL BETA-GLYCOSIDE OF N-ACETYLLACTOSAMINE 提交 1998-11-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–148（130 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.247
1REM HUMAN LYSOZYME WITH MAN-B1,4-GLCNAC COVALENTLY ATTACHED TO ASP53 提交 1998-01-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–148（130 aa）
未记录 NO3 NITRATE ION × 1 PGR R-1,2-PROPANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；5M AMMONIUM NITRATE IN 20MM SODIUM ACETATE (PH 4.5)
分辨率 2.10 Å R-free 0.248
1REY HUMAN LYSOZYME-N,N'-DIACETYLCHITOBIOSE COMPLEX 提交 1996-08-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–148（130 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.224
1REZ HUMAN LYSOZYME-N-ACETYLLACTOSAMINE COMPLEX 提交 1996-08-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–148（130 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.215
1UBZ Crystal structure of Glu102-mutant human lysozyme doubly labeled with 2',3'-epoxypropyl beta-glycoside of N-acetyllactosamine 提交 2003-04-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–148（130 aa）
突变：D102E GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；298 K；sodium acetate, sodium nitrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.266
1W08 STRUCTURE OF T70N HUMAN LYSOZYME 提交 2004-06-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–148（130 aa） 片段：RESIDUES 19-148
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；HANGING DROP METHOD AT 293K. DROPLET RESERVOIR SOLUTION MIXED 1:1 WITH 10 MG/ML PROTEIN, 10 MM HEPES BUFFER PH 7.5, 0.4 M LICL. RESERVOIR 2.5 M NACL, 20 MM NAOAC PH 4.5.
分辨率 2.50 Å R-free 0.268
207L MUTANT HUMAN LYSOZYME C77A 提交 1996-03-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–148（130 aa）
突变：C77A SC2 N-ACETYL-L-CYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 1.80 Å
208L MUTANT HUMAN LYSOZYME C77A 提交 1996-03-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–148（130 aa）
突变：C77A CYS CYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.20 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–130； UniProt 19–148 作者链 B； PDB构建体 1–130； UniProt 19–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1lzs

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1lzs
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1lzs
沉积日期 deposition_date1994-09-14
结构标题 titleSTRUCTURAL CHANGES OF THE ACTIVE SITE CLEFT AND DIFFERENT SACCHARIDE BINDING MODES IN HUMAN LYSOZYME CO-CRYSTALLIZED WITH HEXA-N-ACETYL-CHITOHEXAOSE AT PH 4.0
关键词 keywordsHYDROLASE (O-GLYCOSYL); HYDROLASE (O-GLYCOSYL)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.24 Å
零角强度 I(0) i019663800.00
分子量 molecular_weight31557.0 kDa
排除体积 excluded_volume38587 ų
包络体积 envelope_volume45347 ų
水化壳体积 shell_volume18155 ų
包络直径 envelope_diameter75.3 Å
壳层 Rg shell_rg27.49 Å
包络 Rg envelope_rg22.39 Å
形状 Rg shape_rg22.21 Å
总 Rg total_rg22.95 Å
总原子数 total_atoms2203
残基数 n_residues260
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.6 Å
Rg (实空间) rg_real22.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19660000.0000
解质量估计 total_estimate0.8654
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.5 Å
偏度 Skewness skewness0.473
峰度 Kurtosis kurtosis-0.472
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4318000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.873; Smooth: 0.978
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1lzsa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme
结构域编号 domain_idd1lzsb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1lzsA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id1lzsB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)