SAXSdb — 1m07

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease

物种未注明

UniProt P11916

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–111	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	5'-D(APCPGPA)-3' × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；0.1 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 24 % PEG 8000, 0.05 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.228
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–111	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	5'-D(APCPGPA)-3' × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；0.1 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 24 % PEG 8000, 0.05 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1M07	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BC4 THE SOLUTION STRUCTURE OF A CYTOTOXIC RIBONUCLEASE FROM THE OOCYTES OF RANA CATESBEIANA (BULLFROG), NMR, 15 STRUCTURES 提交 1998-05-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–111（110 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3.5；305 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM PHOSPHATE BUFFER；压力 1 NMR样品组成 H2O	分辨率未提供
1KM8 The Structure of a Cytotoxic Ribonuclease From the Oocyte of Rana Catesbeiana (Bullfrog) 提交 2001-12-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–111（111 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；Ammonium phosphate, Tris hydrochloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.205
1KM9 The Structure of a Cytotoxic Ribonuclease From the Oocyte of Rana Catesbeiana (Bullfrog) 提交 2001-12-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–111（111 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；PEG 4000, ammonium phosphate, NaOAc, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.96 Å R-free 0.216

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNASO_RANCA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–111； UniProt 1–111 作者链 B； PDB构建体 1–111； UniProt 1–111

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1m07
沉积日期 deposition_date	2002-06-12
结构标题 title	RESIDUES INVOLVED IN THE CATALYSIS AND BASE SPECIFICITY OF CYTOTOXIC RIBONUCLEASE FROM BULLFROG (RANA CATESBEIANA)
关键词 keywords	RC-RNase-d(ACGA), ribonuclease, bullfrog, cytotoxicity, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.55 Å
零角强度 I(0) i0	15200100.00
分子量 molecular_weight	27279.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33212 Å³
包络体积 envelope_volume	40147 Å³
水化壳体积 shell_volume	17223 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.6 Å
壳层 Rg shell_rg	25.62 Å
包络 Rg envelope_rg	20.53 Å
形状 Rg shape_rg	20.55 Å
总 Rg total_rg	21.22 Å
总原子数 total_atoms	1896
残基数 n_residues	228
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.2 Å
Rg (实空间) rg_real	20.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8815
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.413
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.426
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4819000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.923; Smooth: 0.969

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(APCPGPA)-3'
分子量 formula_weight	1199.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D
原子数 atom_count	2251

ACGA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribonuclease
分子量 formula_weight	12459.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.27.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

QNWATFQQKHIINTPIINCNTIMDNNIYIVGGQCKRVNTFIISSATTVKAICTGVINMNVLSTTRFQLNTCTRTSITPRPCPYSSRTETNYICVKCENQYPVHFAGIGRCP

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	323

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1m07a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.5 — RNase A-like
超家族 Superfamily superfamily	d.5.1 — RNase A-like
家族 Family family	d.5.1.1 — Ribonuclease A-like

结构域编号 domain_id	d1m07b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.5 — RNase A-like
超家族 Superfamily superfamily	d.5.1 — RNase A-like
家族 Family family	d.5.1.1 — Ribonuclease A-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1m07A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	130 — P-30 Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease A-like domain

结构域编号 domain_id	1m07B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	130 — P-30 Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease A-like domain

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8. 引用文献 (6)

;Residues involved in the catalysis, base specificity, and cytotoxicity of ribonuclease from Rana catesbeiana based upon mutagenesis and X-ray crystallography ;

J.Biol.Chem. (2003)

PMID: 12499382 · DOI: 10.1074/jbc.M206701200 PRIMARY

PURIFICATION AND CLONING OF CYTOTOXIC RIBONUCLEASE FROM RANA CATESBEIANA (BULLFROG)

Nucleic Acids Res. (2000)

DOI: 10.1093/nar/28.21.4097

THE SOLUTION STRUCTURE OF A CYTOTOXIC RIBONUCLEASE FROM THE OOCYTE OF RANA CATESBEIANA (BULLFROG)

J.Mol.Biol. (1998)

DOI: 10.1006/jmbi.1998.2082

;THE RANA CATESBEIANA RCR GENE ENCODING A CYTOTOXIC RIBONUCLEASE : TISSUE DISTRIBUTION, CLONING, PURIFICATION, CYTOTOXICITY, AND ACTIVE RESIDUES FOR RNASE ACTIVITY ;

J.Biol.Chem. (1998)

DOI: 10.1074/jbc.273.11.6395

;THE SECONDARY STRUCTURE OF A PYRIMIDINE-GUANINE SEQUENCE-SPECIFIC RIBONUCLEASE POSSESSING CYTOTOXIC ACTIVITY FROM THE OOCYTE OF RANA CATESBEIANA ;

J.BIOMOL.NMR (1996)

THE CRYSTAL STRUCTURE OF A CYTOTOXIC RIBONUCLEASE FROM THE OOCYTE OF RANA CATESBEIANA

To be Published

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晶胞边长 a length_a	28.629 Å
晶胞边长 b length_b	53.566 Å
晶胞边长 c length_c	72.203 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.31 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.680 Å
R 因子 r_factor	0.2270
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2280

fit	/app/data/saxs_computation/m0/1m07/1m07.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m0/1m07/1m07.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m0/1m07/1m07.dat

RESIDUES INVOLVED IN THE CATALYSIS AND BASE SPECIFICITY OF CYTOTOXIC RIBONUCLEASE FROM BULLFROG (RANA CATESBEIANA)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (6)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)