SAXSdb — 1m11

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1m11
沉积日期 deposition_date	2002-06-17
结构标题 title	structural model of human decay-accelerating factor bound to echovirus 7 from cryo-electron microscopy
关键词 keywords	decay-accelerating factor, SCR, Icosahedral virus, Virus-Receptor COMPLEX; Virus/Receptor
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.17 Å
零角强度 I(0) i0	201811000.00
分子量 molecular_weight	113310.0 kDa
排除体积 excluded_volume	137400 Å³
包络体积 envelope_volume	131510 Å³
水化壳体积 shell_volume	33431 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.6 Å
壳层 Rg shell_rg	37.38 Å
包络 Rg envelope_rg	37.88 Å
形状 Rg shape_rg	38.31 Å
总 Rg total_rg	38.13 Å
总原子数 total_atoms	—
残基数 n_residues	—
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.5 Å
Rg (实空间) rg_real	38.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	201800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8525
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.575
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.073
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.936; Smooth: 0.748

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	decay-accelerating factor
分子量 formula_weight	27017.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	1013

DCGLPPDVPNAQPALEGRTSFPEDTVITYKCEESFVKIPGEKDSVICLKGSQWSDIEEFCNRSCEVPTRLNSASLKQPYITQNYFPVGTVVEYECRPGYRREPSLSPKLTCLQNLKWSTAVEFCKKKSCPNPGEIRNGQIDVPGGILFGATISFSCNTGYKLFGSTSSFCLISGSSVQWSDPLPECREIYCPAPPQIDNGIIQGERDHYGYRQSVTYACNKGFTMIGEHSIYCTVNNDEGEWS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Pichia pastoris

Entity 2 polymer

描述 description	COAT PROTEIN VP1
分子量 formula_weight	31682.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

GDTETAIDNAIARVADTVASGPSNSTSIPALTAVETGHTSQVEPSDTMQTRHVKNYHSRSESTVENFLSRSACVYIEEYYTKDQDNVNRYMSWTINARRMVQLRRKFELFTYMRFDMEITFVITSRQLPGTSIAQDMPPLTHQIMYIPPGGPVPNSVTDFAWQTSTNPSIFWTEGNAPPRMSIPFISIGNAYSNFYDGWSHFSQNGVYGYNALNNMGKLYARHVNKDTPYQMSSTIRVYFKPKHIRVWVPRPPRLSPYIKSSNVNFNPTNLTDERSSI

来源 Source

来源生物 organism	Human echovirus 7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	46018
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	COAT PROTEIN VP2
分子量 formula_weight	28443.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

GYSDRVRSLTLGNSTITTQESANVVVGYGRWPEYLRDDEATAEDQPTQPDVATCRFYTLESVQWEKNSAGWWWKFPEALKDMGLFGQNMLYHYLGRAGYTIHVQCNASKFHQGCLLVVCVPEAEMGCSQTDKEVAAMNLTKGEAAHKFEPTKTTGEHTVQSIVCNAGMGVGVGNLTIYPHQWINLRTNNCATIVMPYVNSVPMDNMFRHYNFTLMVIPFAPLDYAAQASEYVPVTVTIAPMCAEYNGLRLAYQQ

来源 Source

来源生物 organism	Human echovirus 7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	46018
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	COAT PROTEIN VP3
分子量 formula_weight	26264.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GFPVLNTPGSNQFMTSDDFQSPSAMPQFDVTPHMDIPGEVHNLMEIAEVDSVVPVNNIKVNLQSMDAYHIEVNTGNHQGEKIFAFQMQPGLESVFKRTLMGEILNYYAHWSGSIKLTFTFCGSAMATGKLLLAYSPPGADVPATRKQAMLGTHMIWDIGLQSSCVLCIPWISQTHYRLVQQDEYTSAGNVTCWYQTGIVVPPGTPNKCVVLCFASACNDFSVRMLRDTPFIGQTALLQ

来源 Source

来源生物 organism	Human echovirus 7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	46018
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1m111_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1m112_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1m113_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1m11r_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	16.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	16.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	PFT
颗粒数 num_particles	—

fit	/app/data/saxs_computation/m1/1m11/1m11.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m1/1m11/1m11.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m1/1m11/1m11.dat

structural model of human decay-accelerating factor bound to echovirus 7 from cryo-electron microscopy

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)