1m56

Structure of cytochrome c oxidase from Rhodobactor sphaeroides (Wild Type)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C OXIDASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （Q03736） CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （P84153） CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （Q8KRK5） COPPER (II) ION × 3 MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 1 HEME-A × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （Q03736） CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （P84153） CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （Q8KRK5） COPPER (II) ION × 3 MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 1 HEME-A × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX1_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 G； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566

CYTOCHROME C OXIDASE

物种未注明

UniProt Q03736

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （P33517） CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （P84153） CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （Q8KRK5） COPPER (II) ION × 3 MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 1 HEME-A × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （P33517） CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （P84153） CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （Q8KRK5） COPPER (II) ION × 3 MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 1 HEME-A × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX2_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–264； UniProt 26–289 作者链 H； PDB构建体 1–264； UniProt 26–289

CYTOCHROME C OXIDASE

物种未注明

UniProt P84153

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （P33517） CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （Q03736） CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （Q8KRK5） COPPER (II) ION × 3 MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 1 HEME-A × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （P33517） CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （Q03736） CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （Q8KRK5） COPPER (II) ION × 3 MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 1 HEME-A × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P84153_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 I； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266

CYTOCHROME C OXIDASE

物种未注明

UniProt Q8KRK5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （P33517） CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （Q03736） CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （P84153） COPPER (II) ION × 3 MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 1 HEME-A × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （P33517） CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （Q03736） CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （P84153） COPPER (II) ION × 3 MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 1 HEME-A × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8KRK5_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–51； UniProt 11–61 作者链 J； PDB构建体 1–51； UniProt 11–61

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1m56
沉积日期 deposition_date	2002-07-08
结构标题 title	Structure of cytochrome c oxidase from Rhodobactor sphaeroides (Wild Type)
关键词 keywords	Membrane Protein, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1m56__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1m56__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1m56__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.93 Å
Rg（电子密度）	30.47 Å
总 Rg	31.16 Å
原子数	9249
残基数	1114
排除体积	168950 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1m56__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1m56__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CYTOCHROME C OXIDASE
分子量 formula_weight	63195.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G
原子数 atom_count	18934

MADAAIHGHEHDRRGFFTRWFMSTNHKDIGVLYLFTGGLVGLISVAFTVYMRMELMAPGVQFMCAEHLESGLVKGFFQSLWPSAVENCTPNGHLWNVMITGHGILMMFFVVIPALFGGFGNYFMPLHIGAPDMAFPRMNNLSYWLYVAGTSLAVASLFAPGGNGQLGSGIGWVLYPPLSTSESGYSTDLAIFAVHLSGASSILGAINMITTFLNMRAPGMTMHKVPLFAWSIFVTAWLILLALPVLAGAITMLLTDRNFGTTFFQPSGGGDPVLYQHILWFFGHPEVYIIVLPAFGIVSHVIATFAKKPIFGYLPMVYAMVAIGVLGFVVWAHHMYTAGLSLTQQSYFMMATMVIAVPTGIKIFSWIATMWGGSIELKTPMLWALGFLFLFTVGGVTGIVLSQASVDRYYHDTYYVVAHFHYVMSLGAVFGIFAGIYFWIGKMSGRQYPEWAGKLHFWMMFVGANLTFFPQHFLGRQGMPRRYIDYPEAFATWNFVSSLGAFLSFASFLFFLGVIFYTLTRGARVTANNYWNEHADTLEWTLTSPPPEHTFEQLPKREDWERAPAH

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CYTOCHROME C OXIDASE
分子量 formula_weight	29385.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H

QQQSLEIIGRPQPGGTGFQPSASPVATQIHWLDGFILVIIAAITIFVTLLILYAVWRFHEKRNKVPARFTHNSPLEIAWTIVPIVILVAIGAFSLPVLFNQQEIPEADVTVKVTGYQWYWGYEYPDEEISFESYMIGSPATGGDNRMSPEVEQQLIEAGYSRDEFLLATDTAMVVPVNKTVVVQVTGADVIHSWTVPAFGVKQDAVPGRLAQLWFRAEREGIFFGQCSELCGISHAYMPITVKVVSEEAYAAWLEQARGGTYEL

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CYTOCHROME C OXIDASE
分子量 formula_weight	30197.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,I

MAHAKNHDYHILPPSIWPFMASVGAFVMLFGAVLWMHGSGPWMGLIGLVVVLYTMFGWWSDVVTESLEGDHTPVVRLGLRWGFILFIMSEVMFFSAWFWSFFKHALYPMGPESPIIDGIFPPEGIITFDPWHLPLINTLILLCSGCAATWAHHALVHENNRRDVAWGLALAIALGALFTVFQAYEYSHAAFGFAGNIYGANFFMATGFHGFHVIVGTIFLLVCLIRVQRGHFTPEKHVGFEAAIWYWHFVDVVWLFLFASIYIWGQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	CYTOCHROME C OXIDASE
分子量 formula_weight	5409.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,J

MADHSHPAHGHVAGSMDITQQEKTFAGFVRMVTWAAVVIVAALIFLALANA

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	HEME-A
分子量 formula_weight	852.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	436

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d1m56a_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.24 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
超家族 Superfamily superfamily	f.24.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
家族 Family family	f.24.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like

结构域编号 domain_id	d1m56b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

结构域编号 domain_id	d1m56b2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamily	f.17.2 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region
家族 Family family	f.17.2.1 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region

结构域编号 domain_id	d1m56c_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.25 — Cytochrome c oxidase subunit III-like
超家族 Superfamily superfamily	f.25.1 — Cytochrome c oxidase subunit III-like
家族 Family family	f.25.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit III-like

结构域编号 domain_id	d1m56d_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.8 — Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV
家族 Family family	f.23.8.1 — Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV

结构域编号 domain_id	d1m56g_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.24 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
超家族 Superfamily superfamily	f.24.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
家族 Family family	f.24.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like

结构域编号 domain_id	d1m56h1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

结构域编号 domain_id	d1m56h2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamily	f.17.2 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region
家族 Family family	f.17.2.1 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region

结构域编号 domain_id	d1m56i_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.25 — Cytochrome c oxidase subunit III-like
超家族 Superfamily superfamily	f.25.1 — Cytochrome c oxidase subunit III-like
家族 Family family	f.25.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit III-like

结构域编号 domain_id	d1m56j_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.8 — Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV
家族 Family family	f.23.8.1 — Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1m56A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain

结构域编号 domain_id	1m56B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	1m56B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	1m56C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1m56C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1m56D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV

结构域编号 domain_id	1m56G00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain

结构域编号 domain_id	1m56H01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	1m56H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	1m56I01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1m56I02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1m56J00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV

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晶胞边长 a length_a	340.360 Å
晶胞边长 b length_b	340.360 Å
晶胞边长 c length_c	89.668 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2360
R_work r_work	0.2360
R_free r_free	0.2750

Structure of cytochrome c oxidase from Rhodobactor sphaeroides (Wild Type)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C OXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CYTOCHROME C OXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CYTOCHROME C OXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CYTOCHROME C OXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1m56__assembly_1__model_1

1m56__assembly_1__model_1 | I(q)

1m56__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)