SAXSdb — 1m8s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

phospholipase a2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–124	未记录	CD CADMIUM ION × 1 BU1 1,4-BUTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；10%(v/v) 1,4-butyldiol, 0.01M CdCl2, 0.1M Na(CH3)2AsO, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.209

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1M8S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BK9 PHOSPHOLIPASE A2 MODIFIED BY PBPB 提交 1998-07-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 PBP p-Bromophenacyl bromide × 1 BU1 1,4-BUTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
1M8R Crystal Structures of Cadmium-binding Acidic Phospholipase A2 from the Venom of Agkistrodon halys pallas at 1.9 Resolution (crystal grown at pH 7.4) 提交 2002-07-25	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 1 BU1 1,4-BUTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；10%(v/v) 1,4-butyldiol, 0.01M CdCl2, 0.1M Na(CH3)2AsO, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.210
1PSJ ACIDIC PHOSPHOLIPASE A2 FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1995-05-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.228

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PA21B_AGKHP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1m8s
沉积日期 deposition_date	2002-07-25
结构标题 title	Crystal Structures of Cadmium-binding Acidic Phospholipase A2 from the Venom of Agkistrodon halys pallas at 1.9 Resolution (crystal grown at pH 5.9)
关键词 keywords	phopholipase a2-metal cation complex, three alpha, two beta, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.48 Å
零角强度 I(0) i0	4597830.00
分子量 molecular_weight	14039.0 kDa
排除体积 excluded_volume	16912 Å³
包络体积 envelope_volume	19335 Å³
水化壳体积 shell_volume	11616 Å³
包络直径 envelope_diameter	51.7 Å
壳层 Rg shell_rg	19.79 Å
包络 Rg envelope_rg	14.87 Å
形状 Rg shape_rg	14.51 Å
总 Rg total_rg	15.40 Å
总原子数 total_atoms	967
残基数 n_residues	124
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.3 Å
Rg (实空间) rg_real	15.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5980e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3900e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4598000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8683
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.313
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.298
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1095000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.795; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.936

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	phospholipase a2
分子量 formula_weight	13956.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1077

SLVQFETLIMKVAKKSGMQWYSNYGCYCGWGGQGRPQDATDRCCFVHDCCYGKVTGCDPKMDVYSFSEENGDIVCGGDDPCKKEICECDRAAAICFRDNLNTYNDKKYWAFGAKNCPQEESEPC

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,4-BUTANEDIOL
分子量 formula_weight	90.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	110

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1m8sa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1m8sA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	83.160 Å
晶胞边长 b length_b	83.160 Å
晶胞边长 c length_c	32.780 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2090

fit	/app/data/saxs_computation/m8/1m8s/1m8s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m8/1m8s/1m8s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m8/1m8s/1m8s.dat

Crystal Structures of Cadmium-binding Acidic Phospholipase A2 from the Venom of Agkistrodon halys pallas at 1.9 Resolution (crystal grown at pH 5.9)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

phospholipase a2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction