SAXSdb — 1mac

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1,3-1,4-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE

Paenibacillus macerans

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–239	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.30 Å
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 28–239	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1MAC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AJK CIRCULARLY PERMUTED (1-3,1-4)-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE CPA16M-84 提交 1997-05-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 107–237（131 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；SITTING DROP METHOD: A SOLUTION OF 12 MG OF PROTEIN PER ML IN 10 MM HEPES, PH 7.0, 2 MM CA-CHLORIDE, MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF 50 MM K-PHOSPHATE, PH 7.0 AND 20% (BY WEIGHT) PEG 8000, vapor diffusion - sitting drop	分辨率 1.80 Å R-free 0.219
1AJK CIRCULARLY PERMUTED (1-3,1-4)-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE CPA16M-84 提交 1997-05-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 107–237（131 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；SITTING DROP METHOD: A SOLUTION OF 12 MG OF PROTEIN PER ML IN 10 MM HEPES, PH 7.0, 2 MM CA-CHLORIDE, MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF 50 MM K-PHOSPHATE, PH 7.0 AND 20% (BY WEIGHT) PEG 8000, vapor diffusion - sitting drop	分辨率 1.80 Å R-free 0.219
1AJO CIRCULARLY PERMUTED (1-3,1-4)-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE CPA16M-127 提交 1997-05-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；HANGING DROP METHOD: A SOLUTION OF 18 MG OF PROTEIN PER ML IN 20 MM TRIS/HCL, PH 9.0, 2 MM CA-CHLORIDE, MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF 0.1 M IMIDAZOLE, PH7.5,2 MM CA-CHLORIDE, 10% (BY WEIGHT) PEG 8000 AND 8% (BY VOL.) ETHYLENE GLYCOL., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.07 Å R-free 0.235
1AJO CIRCULARLY PERMUTED (1-3,1-4)-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE CPA16M-127 提交 1997-05-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；HANGING DROP METHOD: A SOLUTION OF 18 MG OF PROTEIN PER ML IN 20 MM TRIS/HCL, PH 9.0, 2 MM CA-CHLORIDE, MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF 0.1 M IMIDAZOLE, PH7.5,2 MM CA-CHLORIDE, 10% (BY WEIGHT) PEG 8000 AND 8% (BY VOL.) ETHYLENE GLYCOL., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.07 Å R-free 0.235
1AXK ENGINEERED BACILLUS BIFUNCTIONAL ENZYME GLUXYN-1 提交 1997-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–237（156 aa）片段：FUSION OF 1,3-1,4-BETA-GLUCANASE DOMAIN AND 1,4-BETA-XYLANASE DOMAIN 链 B 82–237（156 aa）片段：FUSION OF 1,3-1,4-BETA-GLUCANASE DOMAIN AND 1,4-BETA-XYLANASE DOMAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.224
1CPM NATIVE-LIKE IN VIVO FOLDING OF A CIRCULARLY PERMUTED JELLYROLL PROTEIN SHOWN BY CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS 提交 1994-03-11	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 82–237（156 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1CPN NATIVE-LIKE IN VIVO FOLDING OF A CIRCULARLY PERMUTED JELLYROLL PROTEIN SHOWN BY CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS 提交 1994-03-11	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 82–237（156 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1GLH CATION BINDING TO A BACILLUS (1,3-1,4)-BETA-GLUCANASE. GEOMETRY, AFFINITY AND EFFECT ON PROTEIN STABILITY 提交 1994-11-25	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–239（214 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
1U0A Crystal structure of the engineered beta-1,3-1,4-endoglucanase H(A16-M) in complex with beta-glucan tetrasaccharide 提交 2004-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 40–237（198 aa）	突变：E105Q, E109Q	CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；25% (v/v) PEG Monomethyl Ether 550, 0.01 M Zinc Sulfate heptahydrate, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.50	分辨率 1.64 Å R-free 0.197
1U0A Crystal structure of the engineered beta-1,3-1,4-endoglucanase H(A16-M) in complex with beta-glucan tetrasaccharide 提交 2004-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 40–237（198 aa）	突变：E105Q, E109Q	CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；25% (v/v) PEG Monomethyl Ether 550, 0.01 M Zinc Sulfate heptahydrate, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.50	分辨率 1.64 Å R-free 0.197
1U0A Crystal structure of the engineered beta-1,3-1,4-endoglucanase H(A16-M) in complex with beta-glucan tetrasaccharide 提交 2004-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 40–237（198 aa）	突变：E105Q, E109Q	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；25% (v/v) PEG Monomethyl Ether 550, 0.01 M Zinc Sulfate heptahydrate, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.50	分辨率 1.64 Å R-free 0.197
1U0A Crystal structure of the engineered beta-1,3-1,4-endoglucanase H(A16-M) in complex with beta-glucan tetrasaccharide 提交 2004-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 40–237（198 aa）	突变：E105Q, E109Q	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；25% (v/v) PEG Monomethyl Ether 550, 0.01 M Zinc Sulfate heptahydrate, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.50	分辨率 1.64 Å R-free 0.197
1U0A Crystal structure of the engineered beta-1,3-1,4-endoglucanase H(A16-M) in complex with beta-glucan tetrasaccharide 提交 2004-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 40–237（198 aa）链 B 40–237（198 aa）链 C 40–237（198 aa）链 D 40–237（198 aa）	突变：E105Q, E109Q 突变：E105Q, E109Q 突变：E105Q, E109Q 突变：E105Q, E109Q	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；25% (v/v) PEG Monomethyl Ether 550, 0.01 M Zinc Sulfate heptahydrate, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.50	分辨率 1.64 Å R-free 0.197
2AYH CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE AT 1.6 ANGSTROMS RESOLUTION OF THE HYBRID BACILLUS ENDO-1,3-1,4-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE H(A16-M) 提交 1995-02-02	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–239（214 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å

共 8 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GUB_PAEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–212； UniProt 28–239 作者链 B； PDB构建体 1–212； UniProt 28–239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mac
沉积日期 deposition_date	1994-12-22
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF BACILLUS MACERANS ENDO-1,3-1,4-BETA-GLUCANASE
关键词 keywords	HYDROLASE (GLUCANASE); HYDROLASE (GLUCANASE)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.36 Å
零角强度 I(0) i0	36853000.00
分子量 molecular_weight	47685.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59563 Å³
包络体积 envelope_volume	70406 Å³
水化壳体积 shell_volume	22561 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.7 Å
壳层 Rg shell_rg	33.02 Å
包络 Rg envelope_rg	27.28 Å
形状 Rg shape_rg	27.32 Å
总 Rg total_rg	28.09 Å
总原子数 total_atoms	3382
残基数 n_residues	424
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.8 Å
Rg (实空间) rg_real	28.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36850000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6007
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.435
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.659
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8418000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.641; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.075; Positv: 1.000; Valcen: 0.728; Smooth: 0.928

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	1,3-1,4-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE
分子量 formula_weight	23826.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.73
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3557

GSVFWEPLSYFNPSTWEKADGYSNGGVFNCTWRANNVNFTNDGKLKLGLTSSAYNKFDCAEYRSTNIYGYGLYEVSMKPAKNTGIVSSFFTYTGPAHGTQWDEIDIEFLGKDTTKVQFNYYTNGVGGHEKVISLGFDASKGFHTYAFDWQPGYIKWYVDGVLKHTATANIPSTPGKIMMNLWNGTGVDDWLGSYNGANPLYAEYDWVKYTSN

来源 Source

来源生物 organism	Paenibacillus macerans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	44252
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	175

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1maca_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.2 — Glycosyl hydrolases family 16

结构域编号 domain_id	d1macb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.2 — Glycosyl hydrolases family 16

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1macA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1macB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	203.680 Å
晶胞边长 b length_b	42.410 Å
晶胞边长 c length_c	60.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.27 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1630
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/ma/1mac/1mac.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ma/1mac/1mac.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ma/1mac/1mac.dat

CRYSTAL STRUCTURE AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF BACILLUS MACERANS ENDO-1,3-1,4-BETA-GLUCANASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1,3-1,4-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution