SAXSdb — 1mbu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-Dependent clp Protease ATP-Binding Subunit clp A

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein yljA × 1 （P0A8Q6） BIS-(2-HYDROXYETHYL)AMINO-TRIS(HYDROXYMETHYL)METHANE YTTRIUM × 1 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein yljA × 1 （P0A8Q6） BIS-(2-HYDROXYETHYL)AMINO-TRIS(HYDROXYMETHYL)METHANE YTTRIUM × 3 GLYCEROL × 1 CHLORIDE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLPA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 B； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

Protein yljA

物种未注明

UniProt P0A8Q6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ATP-Dependent clp Protease ATP-Binding Subunit clp A × 1 （P0ABH9） BIS-(2-HYDROXYETHYL)AMINO-TRIS(HYDROXYMETHYL)METHANE YTTRIUM × 1 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ATP-Dependent clp Protease ATP-Binding Subunit clp A × 1 （P0ABH9） BIS-(2-HYDROXYETHYL)AMINO-TRIS(HYDROXYMETHYL)METHANE YTTRIUM × 3 GLYCEROL × 1 CHLORIDE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLPS_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–106； UniProt 1–106 作者链 D； PDB构建体 1–106； UniProt 1–106

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mbu
沉积日期 deposition_date	2002-08-03
结构标题 title	Crystal Structure Analysis of ClpSN heterodimer
关键词 keywords	Protein binding; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1mbu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1mbu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1mbu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.77 Å
Rg（电子密度）	19.86 Å
总 Rg	20.71 Å
原子数	1834
残基数	228
排除体积	32774 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1mbu__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1mbu__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-Dependent clp Protease ATP-Binding Subunit clp A
分子量 formula_weight	16043.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3851

MLNQELELSLNMAFARAREHRHEFMTVEHLLLALLSNPSAREALEACSVDLVALRQELEAFIEQTTPVLPASEEERDTQPTLSFQRVLQRAVFHVQSSGRNEVTGANVLVAIFSEQESQAAYLLRKHEVSRLDVVNFISHGT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein yljA
分子量 formula_weight	12193.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MGKTNDWLDFDQLAEEKVRDALKPPSMYKVILVNDDYTPMEFVIDVLQKFFSYDVERATQLMLAVHYQGKAICGVFTAEVAETKVAMVNKYARENEHPLLCTLEKA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	BIS-(2-HYDROXYETHYL)AMINO-TRIS(HYDROXYMETHYL)METHANE YTTRIUM
分子量 formula_weight	298.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	151

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1mbua_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.174 — Double Clp-N motif
超家族 Superfamily superfamily	a.174.1 — Double Clp-N motif
家族 Family family	a.174.1.1 — Double Clp-N motif

结构域编号 domain_id	d1mbub_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.174 — Double Clp-N motif
超家族 Superfamily superfamily	a.174.1 — Double Clp-N motif
家族 Family family	a.174.1.1 — Double Clp-N motif

结构域编号 domain_id	d1mbuc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.45 — ClpS-like
超家族 Superfamily superfamily	d.45.1 — ClpS-like
家族 Family family	d.45.1.2 — Adaptor protein ClpS (YljA)

结构域编号 domain_id	d1mbud_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.45 — ClpS-like
超家族 Superfamily superfamily	d.45.1 — ClpS-like
家族 Family family	d.45.1.2 — Adaptor protein ClpS (YljA)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1mbuA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1780 — Double Clp-N motif
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Clp, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1mbuB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1780 — Double Clp-N motif
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Clp, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1mbuC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1390 — Ribosomal Protein L30; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L7/L12, C-terminal domain/Adaptor protein ClpS

结构域编号 domain_id	1mbuD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1390 — Ribosomal Protein L30; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L7/L12, C-terminal domain/Adaptor protein ClpS

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晶胞边长 a length_a	87.913 Å
晶胞边长 b length_b	87.913 Å
晶胞边长 c length_c	209.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	19.850 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2510

Crystal Structure Analysis of ClpSN heterodimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-Dependent clp Protease ATP-Binding Subunit clp A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein yljA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1mbu__assembly_1__model_1

1mbu__assembly_1__model_1 | I(q)

1mbu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure Analysis of ClpSN heterodimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-Dependent clp Protease ATP-Binding Subunit clp A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein yljA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1mbu__assembly_1__model_1

1mbu__assembly_1__model_1 | I(q)

1mbu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)