1med

METHIONYL-TRNA SYNTHETASE ZINC BINDING DOMAIN. 3D STRUCTURE AND HOMOLOGY WITH RUBREDOXIN AND GAG RETROVIRAL PROTEINS

Method: SOLUTION NMR D_max: 29.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1med
沉积日期 deposition_date	1992-11-09
结构标题 title	METHIONYL-TRNA SYNTHETASE ZINC BINDING DOMAIN. 3D STRUCTURE AND HOMOLOGY WITH RUBREDOXIN AND GAG RETROVIRAL PROTEINS
关键词 keywords	AMINOACYL-TRNA SYNTHASE; AMINOACYL-TRNA SYNTHASE
实验方法 method	SOLUTION NMR

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	8.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	8.27 Å
零角强度 I(0) i0	22912100.00
分子量 molecular_weight	33337.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39181 Å³
包络体积 envelope_volume	7343 Å³
水化壳体积 shell_volume	6687 Å³
包络直径 envelope_diameter	32.1 Å
壳层 Rg shell_rg	14.95 Å
包络 Rg envelope_rg	10.39 Å
形状 Rg shape_rg	8.27 Å
总 Rg total_rg	8.67 Å
总原子数 total_atoms	4301
残基数 n_residues	308
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	29.6 Å
Rg (实空间) rg_real	8.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3570e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	8.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	22910000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7585
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	10.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.408
峰度 Kurtosis kurtosis	0.008
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9760.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.653; Stabil: 0.994; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.916; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1meda_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.1 — Methionyl-tRNA synthetase (MetRS), Zn-domain
家族 Family family	g.41.1.1 — Methionyl-tRNA synthetase (MetRS), Zn-domain

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	METHIONYL-tRNA SYNTHETASE
分子量 formula_weight	2969.3 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.10
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4301

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562

METHIONYL-TRNA SYNTHETASE ZINC BINDING DOMAIN. 3D STRUCTURE AND HOMOLOGY WITH RUBREDOXIN AND GAG RETROVIRAL PROTEINS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

7. 引用文献 (3)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

fit	/app/data/saxs_computation/me/1med/1med.fit
pddf	/app/data/pr_computation/me/1med/1med.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/me/1med/1med.dat