SAXSdb — 1mfq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

signal recognition particle 19kDa protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 14–120	未记录	7S RNA of human SRP × 1 signal recognition particle 54kDa protein × 1 （P61011） MG MAGNESIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300.5 K；14% (w/v) PEG8000, 100mM Na-cacodylate, 400mM lithium sulfate, 80mM magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.5K	分辨率 3.10 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1MFQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JID Human SRP19 in complex with helix 6 of Human SRP RNA 提交 2001-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）片段：24 C-TERMINAL RESIDUES TRUNCATED	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；potassium chloride, magnesium chloride, sodium chloride, PEG 3350, isopropanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
2J37 MODEL OF MAMMALIAN SRP BOUND TO 80S RNCS 提交 2006-08-18	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 B 14–120（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.70 Å
3KTV Crystal structure of the human SRP19/S-domain SRP RNA complex 提交 2009-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–120（120 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；100 mM NaOAc, 0.75 M KF, 2.2 M (NH4)2SO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.80 Å R-free 0.329
3KTV Crystal structure of the human SRP19/S-domain SRP RNA complex 提交 2009-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 D 1–120（120 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；100 mM NaOAc, 0.75 M KF, 2.2 M (NH4)2SO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.80 Å R-free 0.329
4P3E Structure of the human SRP S domain 提交 2014-03-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 B 1–120（120 aa）片段：UNP residues 1-120	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；291 K；Ammonium sulfate, Sodium malonate	分辨率 3.50 Å R-free 0.285
5M73 Structure of the human SRP S domain with SRP72 RNA-binding domain 提交 2016-10-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 B 11–118（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 30 K POTASSIUM ION × 5 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；17 % (w/v) PEG3350 0.1 M KF 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.40 Å R-free 0.280
5M73 Structure of the human SRP S domain with SRP72 RNA-binding domain 提交 2016-10-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 F 11–118（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 15 K POTASSIUM ION × 5 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；17 % (w/v) PEG3350 0.1 M KF 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.40 Å R-free 0.280
7NFX Mammalian ribosome nascent chain complex with SRP and SRP receptor in early state A 提交 2021-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric	链 q 1–144（144 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.20 Å
7QWQ Ternary complex of ribosome nascent chain with SRP and NAC 提交 2022-01-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：52-meric	链 q 1–144（144 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 97 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.83 Å

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SRP19_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–108； UniProt 14–120

signal recognition particle 54kDa protein

Homo sapiens

UniProt P61011

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 323–441	片段：M-domain	7S RNA of human SRP × 1 signal recognition particle 19kDa protein × 1 （P09132） MG MAGNESIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300.5 K；14% (w/v) PEG8000, 100mM Na-cacodylate, 400mM lithium sulfate, 80mM magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.5K	分辨率 3.10 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1MFQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1QB2 CRYSTAL STRUCTURE OF THE CONSERVED SUBDOMAIN OF HUMAN PROTEIN SRP54M AT 2.1A RESOLUTION: EVIDENCE FOR THE MECHANISM OF SIGNAL PEPTIDE BINDING 提交 1999-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 326–434（109 aa）片段：SRP54 链 B 326–434（109 aa）片段：SRP54	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；30% PEG 2K, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.318
5L3Q Structure of the GTPase heterodimer of human SRP54 and SRalpha 提交 2016-05-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–436（436 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM Tris pH 8.0, 400 mM lithium sulfate, 10 % (w/v) PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.191
5L3Q Structure of the GTPase heterodimer of human SRP54 and SRalpha 提交 2016-05-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–436（436 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM Tris pH 8.0, 400 mM lithium sulfate, 10 % (w/v) PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.191
6Y2Z NG domain of human SRP54 提交 2020-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–296（296 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；na2hpo4 0.8 M K2HPO4 0.8 M HEPES 0.1 M (pH 7.5)	分辨率 2.15 Å R-free 0.246
6Y2Z NG domain of human SRP54 提交 2020-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–296（296 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；na2hpo4 0.8 M K2HPO4 0.8 M HEPES 0.1 M (pH 7.5)	分辨率 2.15 Å R-free 0.246
6Y30 NG domain of human SRP54 T115A mutant 提交 2020-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–296（296 aa）	突变：T115A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；1M Potassium Citrate	分辨率 2.65 Å R-free 0.309
6Y30 NG domain of human SRP54 T115A mutant 提交 2020-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–296（296 aa）	突变：T115A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；1M Potassium Citrate	分辨率 2.65 Å R-free 0.309
6Y31 NG domain of human SRP54 T117 deletion mutant 提交 2020-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–296（296 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.8 M Na2HPO4 , 0.8 M K2HPO4 HEPES 0.1 M (pH 7.5)	分辨率 4.00 Å R-free 0.331
6Y31 NG domain of human SRP54 T117 deletion mutant 提交 2020-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–296（296 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.8 M Na2HPO4 , 0.8 M K2HPO4 HEPES 0.1 M (pH 7.5)	分辨率 4.00 Å R-free 0.331
6Y31 NG domain of human SRP54 T117 deletion mutant 提交 2020-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–296（296 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.8 M Na2HPO4 , 0.8 M K2HPO4 HEPES 0.1 M (pH 7.5)	分辨率 4.00 Å R-free 0.331
6Y31 NG domain of human SRP54 T117 deletion mutant 提交 2020-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–296（296 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.8 M Na2HPO4 , 0.8 M K2HPO4 HEPES 0.1 M (pH 7.5)	分辨率 4.00 Å R-free 0.331
6Y32 Structure of the GTPase heterodimer of human SRP54 and SRalpha 提交 2020-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–296（296 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.4 M lithium sulfate, 13% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Tris (pH 8.0)	分辨率 2.60 Å R-free 0.184
6Y32 Structure of the GTPase heterodimer of human SRP54 and SRalpha 提交 2020-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–296（296 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.4 M lithium sulfate, 13% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Tris (pH 8.0)	分辨率 2.60 Å R-free 0.184
6Y32 Structure of the GTPase heterodimer of human SRP54 and SRalpha 提交 2020-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–296（296 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.4 M lithium sulfate, 13% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Tris (pH 8.0)	分辨率 2.60 Å R-free 0.184
6Y32 Structure of the GTPase heterodimer of human SRP54 and SRalpha 提交 2020-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–296（296 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.4 M lithium sulfate, 13% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Tris (pH 8.0)	分辨率 2.60 Å R-free 0.184
7NFX Mammalian ribosome nascent chain complex with SRP and SRP receptor in early state A 提交 2021-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric	链 x 1–504（504 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.20 Å
7QWQ Ternary complex of ribosome nascent chain with SRP and NAC 提交 2022-01-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：52-meric	链 x 1–504（504 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 97 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.83 Å

共 8 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SRP54_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 11–129； UniProt 323–441

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mfq
沉积日期 deposition_date	2002-08-13
结构标题 title	Crystal Structure Analysis of a Ternary S-Domain Complex of Human Signal Recognition Particle
关键词 keywords	RNA-protein complex, A-minor motif, 3-helix junction, SIGNALING PROTEIN-RNA COMPLEX; SIGNALING PROTEIN/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.60 Å
零角强度 I(0) i0	150261000.00
分子量 molecular_weight	66590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69857 Å³
包络体积 envelope_volume	112140 Å³
水化壳体积 shell_volume	29944 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.3 Å
壳层 Rg shell_rg	36.77 Å
包络 Rg envelope_rg	35.00 Å
形状 Rg shape_rg	34.56 Å
总 Rg total_rg	34.80 Å
总原子数 total_atoms	4484
残基数 n_residues	342
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.1 Å
Rg (实空间) rg_real	34.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5030e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	150200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7822
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.645
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.085
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5755000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.634; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.409; Smooth: 0.854

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	7S RNA of human SRP
分子量 formula_weight	41566.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4503

GACACUAAGUUCGGCAUCAAUAUGGUGACCUCCCGGGAGCGGGGGACCACCAGGUUGCCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAAACGGAGCAGGUCAAAACUCCCGUGCUGAUCAGUAGUGUC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	signal recognition particle 19kDa protein
分子量 formula_weight	12561.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRFICIYPAYLNNKKTIAEGRRIPISKAVENPTATEIQDVCSAVGLNVFLEKNKMYSREWNRDVQYRGRVRVQLKQEDGSLCLVQFPSRKSVMLYAAEMIPKLKTRTQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	signal recognition particle 54kDa protein
分子量 formula_weight	14733.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MRGSHHHHHHKHGQFTLRDMYEQFQNIMKMGPFSQILGMIPGFGTDFMSKGNEQESMARLKKLMTIMDSMNDQELDSTDGAKVFSKQPGRIQRVARGSGVSTRDVQELLTQYTKFAQMVKKMGGIKGLF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	19

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1mfqb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.201 — SRP19
超家族 Superfamily superfamily	d.201.1 — SRP19
家族 Family family	d.201.1.1 — SRP19

结构域编号 domain_id	d1mfqc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.36 — Signal peptide-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.36.1 — Signal peptide-binding domain
家族 Family family	a.36.1.1 — Signal peptide-binding domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1mfqB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	56 — Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Signal recognition particle, SRP19-like subunit

结构域编号 domain_id	1mfqC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	131.180 Å
晶胞边长 b length_b	131.180 Å
晶胞边长 c length_c	204.051 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	49.630 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2290
R_free r_free	0.2670

fit	/app/data/saxs_computation/mf/1mfq/1mfq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mf/1mfq/1mfq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mf/1mfq/1mfq.dat

Crystal Structure Analysis of a Ternary S-Domain Complex of Human Signal Recognition Particle

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

signal recognition particle 19kDa protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

signal recognition particle 54kDa protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)