SAXSdb — 2j37

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2j37
沉积日期 deposition_date	2006-08-18
结构标题 title	MODEL OF MAMMALIAN SRP BOUND TO 80S RNCS
关键词 keywords	RIBOSOME, SRP, TRANSLATION/RNA; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.29 Å
零角强度 I(0) i0	1518970000.00
分子量 molecular_weight	223200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	237040 Å³
包络体积 envelope_volume	424330 Å³
水化壳体积 shell_volume	70558 Å³
包络直径 envelope_diameter	191.0 Å
壳层 Rg shell_rg	52.35 Å
包络 Rg envelope_rg	51.61 Å
形状 Rg shape_rg	53.17 Å
总 Rg total_rg	53.49 Å
总原子数 total_atoms	15110
残基数 n_residues	1237
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	180.8 Å
Rg (实空间) rg_real	54.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5190e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0960e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1518000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8532
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	62.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.422
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.229
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	29110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.371

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	60S RIBOSOMAL PROTEIN L23
分子量 formula_weight	16920.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4
原子数 atom_count	15110

MAPKVAVAKKGDAKAQAAKVAKAVKSGSIKKTAKKIRTSVTFHRPKTLSKARDPKYPRISTPGRNKLDQYQILKYPLTTESAMKKIEDNNTLVFIVDLKADKKKIKAAVKKMYDIQAKKVNTLIRPDGKKKAYVKLTPDYDALDVANKIGII

Entity 2 polymer

描述 description	RIBOSOMAL PROTEIN L35
分子量 formula_weight	14401.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5

MSSGKVKAGELWNKSKDDLTKQLAELKTELGQLRIQKVASSGSKLNRIHDIRKSIARVLTVINAKQRAQLRLFYKNKKYAPLDLRAKQTRAIRRRLSPDEKSRVLEKTKKRTVHFPQRKFAIKA

Entity 3 polymer

描述 description	RIBOSOMAL PROTEIN L31
分子量 formula_weight	14152.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6

MSEKKRAPGPRKDEVVTREYTVNLHKRLHGCTFKKKAPNAIKEIRKFAQKAMGTNDVRIDVKLNKHIWSSGIRSVPRRVRVRIARKRNDEEDAKEELYSLVTVAEVPQEGLKGLGTKVVEDED

Entity 4 polymer

描述 description	SRP RNA
分子量 formula_weight	41504.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A

GACACUAAGUUCGGCAUCAAUAUGGUGACCUCCCGGGAGCGGGGGACCACCAGGUUGCCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAAACGGAGCAGGUCAAAACUCCCGUGCUGAUCAGUAGUGUC

Entity 5 polymer

描述 description	SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN (SRP19)
分子量 formula_weight	12561.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRFICIYPAYLNNKKTIAEGRRIPISKAVENPTATEIQDVCSAVGLNVFLEKNKMYSREWNRDVQYRGRVRVQLKQEDGSLCLVQFPSRKSVMLYAAEMIPKLKTRTQ

Entity 6 polymer

描述 description	SIGNAL SEQUENCE
分子量 formula_weight	1992.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

LGFPINFLTLYVTVQHK

Entity 7 polymer

描述 description	SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 54 KDA PROTEIN (SRP54)
分子量 formula_weight	55775.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

MVLADLGRKITSALRSLSNATIINEEVLNAMLKEVCTALLEADVNIKLVKQLRENVKSAIDLEEMASGLNKRKMIQHAVFKELVKLVDPGVKAWTPTKGKQNVIMFVGLQGSGKTTTCSKLAYYYQRKGWKTCLICADTFRAGAFDQLKQNATKARIPFYGSYTEMDPVIIASEGVEKFKNENFEIIIVDTSGRHKQEDSLFEEMLQVANAIQPDNIVYVMDASIGQACEAQAKAFKDKVDVASVIVTKLDGHAKGGGALSAVAATKSPIIFIGTGEHIDDFEPFKTQPFISKLLGMGDIEGLIDKVNELKLDDNEALIEKLKHGQFTLRDMYEQFQNIMKMGPFSQILGMIPGFGTDFMSKGNEQESMARLKKLMTIMDSMNDQELDSTDGAKVFSKQPGRIQRVARGSGVSTRDVQELLTQYTKFAQMVKKMGGIKGLFKGGDMSKNVSQSQMAKLNQQMAKMMDPRVLHHMGGMAGLQSMMRQFQQGAAGNMKGMMGFNNM

Entity 8 polymer

描述 description	RIBOSOMAL RNA
分子量 formula_weight	90695.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	Z

CUGCAAAGUACCCUCAGAAGGGAGGCGAAAUAGAGCACAGCGAUAGUCGGGUGAGAACCCCGACGGCCUAAUGGAUAAGGGUUCCUCAGCACUGCUGAUCAGCUGAGGGUUAGCCGGUCCUAAGUCAUACCGCAACUCGACUAUGACGAAAUGGGAAACGGGUUAAUAUUCCCGUGCCACGGGGUCGAUCACGCUGGGCAUCGCCCAGUCGAACCGUCCAACUCCGUGGAAGCCGUAAUGGCAGGAAGCGGACGAACGGCGGCAUAGGGAAACGUGAUUC

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2j37b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.201 — SRP19
超家族 Superfamily superfamily	d.201.1 — SRP19
家族 Family family	d.201.1.1 — SRP19

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	8.700 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	8.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	—

fit	/app/data/saxs_computation/j3/2j37/2j37.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j3/2j37/2j37.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j3/2j37/2j37.dat

MODEL OF MAMMALIAN SRP BOUND TO 80S RNCS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)