2go5

;Structure of signal recognition particle receptor (SR) in complex with signal recognition particle (SRP) and ribosome nascent chain complex ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 169.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2go5
沉积日期 deposition_date	2006-04-12
结构标题 title	;Structure of signal recognition particle receptor (SR) in complex with signal recognition particle (SRP) and ribosome nascent chain complex ;
关键词 keywords	SR, SRP, RIBOSOME, TRANSLATION-RNA COMPLEX; TRANSLATION/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.87 Å
零角强度 I(0) i0	634783000.00
分子量 molecular_weight	156950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	174810 Å³
包络体积 envelope_volume	306970 Å³
水化壳体积 shell_volume	52162 Å³
包络直径 envelope_diameter	184.2 Å
壳层 Rg shell_rg	52.02 Å
包络 Rg envelope_rg	49.37 Å
形状 Rg shape_rg	50.91 Å
总 Rg total_rg	50.82 Å
总原子数 total_atoms	10724
残基数 n_residues	972
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	169.2 Å
Rg (实空间) rg_real	49.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2990e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	634700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8855
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	58.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.239
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.525
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.946; Smooth: 0.859

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	SRP RNA
分子量 formula_weight	41199.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10724

GACACUAAGUUCGGCAUCAAUAUGGUGACCUCCCGGGAGCGGGGGACCACCAGGUUGCCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAAACGGAGCAGGUCAAAACUCCCGUGCUGAUCAGUAGUGU

Entity 2 polymer

描述 description	ribosomal RNA
分子量 formula_weight	29170.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	9

CGAGGUCCCGCGUACAAGACGCGGUCGAUAGACUCGGGGUGUGCGCGUCGAGGUAACGAGACGUUAAGCCCACGAGCACUAACAGACCAA

Entity 3 polymer

描述 description	Signal recognition particle 19 kDa protein (SRP19)
分子量 formula_weight	12561.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRFICIYPAYLNNKKTIAEGRRIPISKAVENPTATEIQDVCSAVGLNVFLEKNKMYSREWNRDVQYRGRVRVQLKQEDGSLCLVQFPSRKSVMLYAAEMIPKLKTRTQ

来源 Source

来源生物 organism	Canis sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9616

Entity 4 polymer

描述 description	Signal recognition particle 54 kDa protein (SRP54)
分子量 formula_weight	12473.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

QFTLRDMYEQFQNIMKMGPFSQILGMIPGFGTDFMSKGNEQESMARLKKLMTIMDSMNDQELDSTDGAKVFSKQPGRIQRVARGSGVSTRDVQELLTQYTKFAQMVKKM

来源 Source

来源生物 organism	Canis sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9616

Entity 5 polymer

描述 description	Signal recognition particle receptor alpha subunit (SR a)
分子量 formula_weight	21329.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

MSHHHHHHSMVDFFTIFSKGGLVLWCFQGVSDSCTGPVNALIRSVLLQERGGNNSFTHEALTLKYKLDNQFELVFVVGFQKILTLTYVDKLIDDVHRLFRDKYRTEIQQQSALSLLNGTFDFQNDFLRLLREAEESSKIRAPTTMKKFEDSEKAKKPVRSMIETRGEKPKEKAKNSKKKGAKKEG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

Entity 6 polymer

描述 description	Signal recognition particle receptor beta subunit (SR b)
分子量 formula_weight	23537.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

MARKSSQRAVLFVGLCDSGKTLLFVRLLTGQYRDTQTSITDSSAIYKVNNNRGNSLTLIDLPGHESLRFQLLDRFKSSARAVVFVVDSAAFQREVKDVAEFLYQVLIDSMALKNSPSLLIACNKQDIAMAKSAKLIQQQLEKELNTLRVTRSAAPSTLDSSSTAPAQLGKKGKEFEFSQLPLKVEFLECSAKGGRGDTGSADIQDLEKWLAKIA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090

Entity 7 polymer

描述 description	ribosomal protein L35
分子量 formula_weight	14401.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5

MSSGKVKAGELWNKSKDDLTKQLAELKTELGQLRIQKVASSGSKLNRIHDIRKSIARVLTVINAKQRAQLRLFYKNKKYAPLDLRAKQTRAIRRRLSPDEKSRVLEKTKKRTVHFPQRKFAIKA

来源 Source

来源生物 organism	Triticum sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4569

Entity 8 polymer

描述 description	ribosomal protein L23
分子量 formula_weight	16920.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

MAPKVAVAKKGDAKAQAAKVAKAVKSGSIKKTAKKIRTSVTFHRPKTLSKARDPKYPRISTPGRNKLDQYQILKYPLTTESAMKKIEDNNTLVFIVDLKADKKKIKAAVKKMYDIQAKKVNTLIRPDGKKKAYVKLTPDYDALDVANKIGII

来源 Source

来源生物 organism	Triticum sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4569

Entity 9 polymer

描述 description	ribosomal protein L31
分子量 formula_weight	14152.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6

MSEKKRAPGPRKDEVVTREYTVNLHKRLHGCTFKKKAPNAIKEIRKFAQKAMGTNDVRIDVKLNKHIWSSGIRSVPRRVRVRIARKRNDEEDAKEELYSLVTVAEVPQEGLKGLGTKVVEDED

来源 Source

来源生物 organism	Triticum sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4569

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d2go511
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.4 — SNARE-like
家族 Family family	d.110.4.4 — SRP alpha N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2go512
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2go521
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d2go5b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.201 — SRP19
超家族 Superfamily superfamily	d.201.1 — SRP19
家族 Family family	d.201.1.1 — SRP19

结构域编号 domain_id	d2go5w1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.36 — Signal peptide-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.36.1 — Signal peptide-binding domain
家族 Family family	a.36.1.1 — Signal peptide-binding domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.400 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	7.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	—

fit	/app/data/saxs_computation/go/2go5/2go5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/go/2go5/2go5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/go/2go5/2go5.dat

;Structure of signal recognition particle receptor (SR) in complex with signal recognition particle (SRP) and ribosome nascent chain complex ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)