2go5

Structure of signal recognition particle receptor (SR) in complex with signal recognition particle (SRP) and ribosome nascent chain complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal recognition particle 54 kDa protein (SRP54)

Canis sp.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 7 RNA 2	SRP RNA × 1 ribosomal RNA × 1 Signal recognition particle 19 kDa protein (SRP19) × 1 Signal recognition particle receptor alpha subunit (SR a) × 1 （P08240） Signal recognition particle receptor beta subunit (SR b) × 1 （P47758） ribosomal protein L35 × 1 （Q8L805） ribosomal protein L23 × 1 ribosomal protein L31 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SRP54_CANFA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 W； PDB构建体 1–109； UniProt 326–434

Signal recognition particle receptor alpha subunit (SR a)

Homo sapiens

UniProt P08240

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 7 RNA 2	SRP RNA × 1 ribosomal RNA × 1 Signal recognition particle 19 kDa protein (SRP19) × 1 Signal recognition particle 54 kDa protein (SRP54) × 1 （P61010） Signal recognition particle receptor beta subunit (SR b) × 1 （P47758） ribosomal protein L35 × 1 （Q8L805） ribosomal protein L23 × 1 ribosomal protein L31 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SRPR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 12–185； UniProt 3–176

Signal recognition particle receptor beta subunit (SR b)

Mus musculus

UniProt P47758

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 7 RNA 2	SRP RNA × 1 ribosomal RNA × 1 Signal recognition particle 19 kDa protein (SRP19) × 1 Signal recognition particle 54 kDa protein (SRP54) × 1 （P61010） Signal recognition particle receptor alpha subunit (SR a) × 1 （P08240） ribosomal protein L35 × 1 （Q8L805） ribosomal protein L23 × 1 ribosomal protein L31 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SRPRB_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 2； PDB构建体 3–214； UniProt 58–269

ribosomal protein L35

Triticum sp.

UniProt Q8L805

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 7 RNA 2	SRP RNA × 1 ribosomal RNA × 1 Signal recognition particle 19 kDa protein (SRP19) × 1 Signal recognition particle 54 kDa protein (SRP54) × 1 （P61010） Signal recognition particle receptor alpha subunit (SR a) × 1 （P08240） Signal recognition particle receptor beta subunit (SR b) × 1 （P47758） ribosomal protein L23 × 1 ribosomal protein L31 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL35_WHEAT
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 5； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2go5
沉积日期 deposition_date	2006-04-12
结构标题 title	Structure of signal recognition particle receptor (SR) in complex with signal recognition particle (SRP) and ribosome nascent chain complex
关键词 keywords	SR, SRP, RIBOSOME, TRANSLATION-RNA COMPLEX; TRANSLATION/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2go5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2go5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2go5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.34 Å
Rg（电子密度）	50.87 Å
总 Rg	50.82 Å
原子数	10724
残基数	972
排除体积	174810 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2go5__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SRP RNA
分子量 formula_weight	41199.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10724

GACACUAAGUUCGGCAUCAAUAUGGUGACCUCCCGGGAGCGGGGGACCACCAGGUUGCCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAAACGGAGCAGGUCAAAACUCCCGUGCUGAUCAGUAGUGU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ribosomal RNA
分子量 formula_weight	29170.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	9

CGAGGUCCCGCGUACAAGACGCGGUCGAUAGACUCGGGGUGUGCGCGUCGAGGUAACGAGACGUUAAGCCCACGAGCACUAACAGACCAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Signal recognition particle 19 kDa protein (SRP19)
分子量 formula_weight	12561.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRFICIYPAYLNNKKTIAEGRRIPISKAVENPTATEIQDVCSAVGLNVFLEKNKMYSREWNRDVQYRGRVRVQLKQEDGSLCLVQFPSRKSVMLYAAEMIPKLKTRTQ

来源 Source

来源生物 organism	Canis sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9616

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Signal recognition particle 54 kDa protein (SRP54)
分子量 formula_weight	12473.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

QFTLRDMYEQFQNIMKMGPFSQILGMIPGFGTDFMSKGNEQESMARLKKLMTIMDSMNDQELDSTDGAKVFSKQPGRIQRVARGSGVSTRDVQELLTQYTKFAQMVKKM

来源 Source

来源生物 organism	Canis sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9616

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Signal recognition particle receptor alpha subunit (SR a)
分子量 formula_weight	21329.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

MSHHHHHHSMVDFFTIFSKGGLVLWCFQGVSDSCTGPVNALIRSVLLQERGGNNSFTHEALTLKYKLDNQFELVFVVGFQKILTLTYVDKLIDDVHRLFRDKYRTEIQQQSALSLLNGTFDFQNDFLRLLREAEESSKIRAPTTMKKFEDSEKAKKPVRSMIETRGEKPKEKAKNSKKKGAKKEG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Signal recognition particle receptor beta subunit (SR b)
分子量 formula_weight	23537.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

MARKSSQRAVLFVGLCDSGKTLLFVRLLTGQYRDTQTSITDSSAIYKVNNNRGNSLTLIDLPGHESLRFQLLDRFKSSARAVVFVVDSAAFQREVKDVAEFLYQVLIDSMALKNSPSLLIACNKQDIAMAKSAKLIQQQLEKELNTLRVTRSAAPSTLDSSSTAPAQLGKKGKEFEFSQLPLKVEFLECSAKGGRGDTGSADIQDLEKWLAKIA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	ribosomal protein L35
分子量 formula_weight	14401.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5

MSSGKVKAGELWNKSKDDLTKQLAELKTELGQLRIQKVASSGSKLNRIHDIRKSIARVLTVINAKQRAQLRLFYKNKKYAPLDLRAKQTRAIRRRLSPDEKSRVLEKTKKRTVHFPQRKFAIKA

来源 Source

来源生物 organism	Triticum sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4569

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	ribosomal protein L23
分子量 formula_weight	16920.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

MAPKVAVAKKGDAKAQAAKVAKAVKSGSIKKTAKKIRTSVTFHRPKTLSKARDPKYPRISTPGRNKLDQYQILKYPLTTESAMKKIEDNNTLVFIVDLKADKKKIKAAVKKMYDIQAKKVNTLIRPDGKKKAYVKLTPDYDALDVANKIGII

来源 Source

来源生物 organism	Triticum sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4569

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	ribosomal protein L31
分子量 formula_weight	14152.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6

MSEKKRAPGPRKDEVVTREYTVNLHKRLHGCTFKKKAPNAIKEIRKFAQKAMGTNDVRIDVKLNKHIWSSGIRSVPRRVRVRIARKRNDEEDAKEELYSLVTVAEVPQEGLKGLGTKVVEDED

来源 Source

来源生物 organism	Triticum sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4569

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d2go511
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.4 — SNARE-like
家族 Family family	d.110.4.4 — SRP alpha N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2go512
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2go521
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d2go5b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.201 — SRP19
超家族 Superfamily superfamily	d.201.1 — SRP19
家族 Family family	d.201.1.1 — SRP19

结构域编号 domain_id	d2go5w1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.36 — Signal peptide-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.36.1 — Signal peptide-binding domain
家族 Family family	a.36.1.1 — Signal peptide-binding domain

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.400 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	7.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	—

Structure of signal recognition particle receptor (SR) in complex with signal recognition particle (SRP) and ribosome nascent chain complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal recognition particle 54 kDa protein (SRP54)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Signal recognition particle receptor alpha subunit (SR a)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Signal recognition particle receptor beta subunit (SR b)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ribosomal protein L35

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2go5__assembly_1__model_1

2go5__assembly_1__model_1 | I(q)

2go5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

7. 引用文献 (1)