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2j37

MODEL OF MAMMALIAN SRP BOUND TO 80S RNCS

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 180.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBOSOMAL PROTEIN L35

物种未注明

UniProt Q8L805

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 6 RNA 2 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 5； UniProt 1–124 未记录 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23 × 1 RIBOSOMAL PROTEIN L31 × 1 SRP RNA × 1 SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN (SRP19) × 1 （P09132） SIGNAL SEQUENCE × 1 SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 54 KDA PROTEIN (SRP54) × 1 （P61010） RIBOSOMAL RNA × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2J37 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2GO5 Structure of signal recognition particle receptor (SR) in complex with signal recognition particle (SRP) and ribosome nascent chain complex 提交 2006-04-12 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 5 1–124（124 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.40 Å
4V3P The molecular structure of the left-handed supra-molecular helix of eukaryotic polyribosomes 提交 2014-10-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 1863 PDB 声明：2001-meric
链 Lc 1–124（124 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25MM HEPES-KOH, 3MM MG(OAC)2, 85MM KOAC,1.6MM DTT, 0.25MM SPERMIDINE；pH 7.6；25MM HEPES-KOH, 3MM MG(OAC)2, 85MM KOAC,1.6MM DTT, 0.25MM SPERMIDINE
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 --CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY-95, TEMPERATURE- 120,INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- 3UL OF SAMPLE APPLIED ON 300 MESH HOLY CARBON QUANTIFOIL GRID. BLOTTING WAS DONE IN VITROBOT MARK IV, BLOT TIME 0.5 SEC, BLOT FORCE 5
分辨率 34.00 Å
4V7E Model of the small subunit RNA based on a 5.5 A cryo-EM map of Triticum aestivum translating 80S ribosome 提交 2013-11-22 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric
链 Ch 1–124（124 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 mM HEPES/KOH, pH 7.5, 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 0.01 mg/mL cycloheximide, 1 mM DTT, 0.01% Nikkol；pH 7.5；20 mM HEPES/KOH, pH 7.5, 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 0.01 mg/mL cycloheximide, 1 mM DTT, 0.01% Nikkol
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 10 seconds before plunging, use 2 layers of filter paper；冷冻剂 ETHANE；Blot for 10 seconds (using 2 layers of filter paper) before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT).
分辨率 5.50 Å
8IP8 Wheat 80S ribosome stalled on AUG-Stop boron dependently 提交 2023-03-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：81-meric
链 BB 1–124（124 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 307 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8IPA Wheat 80S ribosome stalled on AUG-Stop boron dependently with cycloheximide 提交 2023-03-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：80-meric
链 BB 1–124（124 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 284 ZN ZINC ION × 4 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8IPB Wheat 80S ribosome pausing on AUG-Stop with cycloheximide 提交 2023-03-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：79-meric
链 BB 1–124（124 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 265 ZN ZINC ION × 4 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8JIV Atomic structure of wheat ribosome reveals unique features of the plant ribosomes 提交 2023-05-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：44-meric
链 Ch 1–124（124 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 72 MG MAGNESIUM ION × 242 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL35_WHEAT
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 5； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124

SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN (SRP19)

物种未注明

UniProt P09132

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 6 RNA 2 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 14–120 未记录 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23 × 1 RIBOSOMAL PROTEIN L35 × 1 （Q8L805） RIBOSOMAL PROTEIN L31 × 1 SRP RNA × 1 SIGNAL SEQUENCE × 1 SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 54 KDA PROTEIN (SRP54) × 1 （P61010） RIBOSOMAL RNA × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2J37 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1JID Human SRP19 in complex with helix 6 of Human SRP RNA 提交 2001-07-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–120（120 aa） 片段：24 C-TERMINAL RESIDUES TRUNCATED
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；potassium chloride, magnesium chloride, sodium chloride, PEG 3350, isopropanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1MFQ Crystal Structure Analysis of a Ternary S-Domain Complex of Human Signal Recognition Particle 提交 2002-08-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 B 14–120（107 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300.5 K；14% (w/v) PEG8000, 100mM Na-cacodylate, 400mM lithium sulfate, 80mM magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.5K
分辨率 3.10 Å R-free 0.267
3KTV Crystal structure of the human SRP19/S-domain SRP RNA complex 提交 2009-11-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 1–120（120 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；100 mM NaOAc, 0.75 M KF, 2.2 M (NH4)2SO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.80 Å R-free 0.329
3KTV Crystal structure of the human SRP19/S-domain SRP RNA complex 提交 2009-11-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 D 1–120（120 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；100 mM NaOAc, 0.75 M KF, 2.2 M (NH4)2SO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.80 Å R-free 0.329
4P3E Structure of the human SRP S domain 提交 2014-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 B 1–120（120 aa） 片段：UNP residues 1-120
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；291 K；Ammonium sulfate, Sodium malonate
分辨率 3.50 Å R-free 0.285
5M73 Structure of the human SRP S domain with SRP72 RNA-binding domain 提交 2016-10-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 11–118（108 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 30 K POTASSIUM ION × 5 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；17 % (w/v) PEG3350 0.1 M KF 0.1 M Tris pH 8.5
分辨率 3.40 Å R-free 0.280
5M73 Structure of the human SRP S domain with SRP72 RNA-binding domain 提交 2016-10-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 F 11–118（108 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 15 K POTASSIUM ION × 5 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；17 % (w/v) PEG3350 0.1 M KF 0.1 M Tris pH 8.5
分辨率 3.40 Å R-free 0.280
7NFX Mammalian ribosome nascent chain complex with SRP and SRP receptor in early state A 提交 2021-02-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric
链 q 1–144（144 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.20 Å
7QWQ Ternary complex of ribosome nascent chain with SRP and NAC 提交 2022-01-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：52-meric
链 q 1–144（144 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 97 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.83 Å

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SRP19_HUMAN
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 2–108； UniProt 14–120

SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 54 KDA PROTEIN (SRP54)

物种未注明

UniProt P61010

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 6 RNA 2 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 W； UniProt 1–504 未记录 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23 × 1 RIBOSOMAL PROTEIN L35 × 1 （Q8L805） RIBOSOMAL PROTEIN L31 × 1 SRP RNA × 1 SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN (SRP19) × 1 （P09132） SIGNAL SEQUENCE × 1 RIBOSOMAL RNA × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2J37 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2GO5 Structure of signal recognition particle receptor (SR) in complex with signal recognition particle (SRP) and ribosome nascent chain complex 提交 2006-04-12 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 W 326–434（109 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.40 Å
4UE5 Structural basis for targeting and elongation arrest of Bacillus signal recognition particle 提交 2014-12-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 D 1–433（433 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-433
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV,
分辨率 9.00 Å
6FRK Structure of a prehandover mammalian ribosomal SRP and SRP receptor targeting complex 提交 2018-02-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric
链 x 1–504（504 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 133 ZN ZINC ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.70 Å
6R6G Structure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex with SRP. 提交 2019-03-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：92-meric
链 AB 4–434（431 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 299 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7OBQ SRP-SR at the distal site conformation 提交 2021-04-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric
链 x 1–504（504 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.90 Å
7OBR RNC-SRP early complex 提交 2021-04-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric
链 x 1–504（504 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 97 ZN ZINC ION × 5 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.80 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SRP54_CANFA
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 W； PDB构建体 1–504； UniProt 1–504

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2j37

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2j37
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2j37
沉积日期 deposition_date2006-08-18
结构标题 titleMODEL OF MAMMALIAN SRP BOUND TO 80S RNCS
关键词 keywordsRIBOSOME, SRP, TRANSLATION/RNA; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier54.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron53.29 Å
零角强度 I(0) i01518970000.00
分子量 molecular_weight223200.0 kDa
排除体积 excluded_volume237040 ų
包络体积 envelope_volume424330 ų
水化壳体积 shell_volume70558 ų
包络直径 envelope_diameter191.0 Å
壳层 Rg shell_rg52.35 Å
包络 Rg envelope_rg51.61 Å
形状 Rg shape_rg53.17 Å
总 Rg total_rg53.49 Å
总原子数 total_atoms15110
残基数 n_residues1237
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax180.8 Å
Rg (实空间) rg_real54.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.59 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5190e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0960e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal54.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1518000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8532
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary62.3 Å
偏度 Skewness skewness0.422
峰度 Kurtosis kurtosis-0.229
角度范围 angular_range— – 0.1450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha29110000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.371
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2j37b1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.201 — SRP19
超家族 Superfamily superfamilyd.201.1 — SRP19
家族 Family familyd.201.1.1 — SRP19
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)