1mhc

MODEL OF MHC CLASS I H2-M3 WITH NONAPEPTIDE FROM RAT ND1 REFINED AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3 × 1 （P01887） NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE × 1 （P03889） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3 × 1 （P01887） NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE × 1 （P03889） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3 × 2 （P01887） NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE × 2 （P03889） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q31093_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–276； UniProt 25–298 作者链 D； PDB构建体 1–276； UniProt 25–298

MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3

Mus musculus

UniProt P01887

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3 × 1 （Q31093） NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE × 1 （P03889） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3 × 1 （Q31093） NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE × 1 （P03889） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3 × 2 （Q31093） NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE × 2 （P03889） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119 作者链 E； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119

NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE

Rattus rattus

UniProt P03889

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3 × 1 （Q31093） MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3 × 1 （P01887） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3 × 1 （Q31093） MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3 × 1 （P01887） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3 × 2 （Q31093） MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3 × 2 （P01887） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NU1M_RAT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–9； UniProt 1–9 作者链 F； PDB构建体 1–9； UniProt 1–9

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mhc
沉积日期 deposition_date	1995-08-23
结构标题 title	MODEL OF MHC CLASS I H2-M3 WITH NONAPEPTIDE FROM RAT ND1 REFINED AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywords	HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN/PEPTIDE, HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN-PEPTIDE complex; HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN/PEPTIDE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1mhc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1mhc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1mhc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.25 Å
Rg（电子密度）	23.23 Å
总 Rg	24.14 Å
原子数	3141
残基数	383
排除体积	55510 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1mhc__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1mhc__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1mhc__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3
分子量 formula_weight	32650.7 kDa
突变 mutation	INS(275(A)-282(A)), INS(275(D)-282(D))
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	6668

GSHSLRYFHTAVSRPGRGEPQYISVGYVDDVQFQRCDSIEEIPRMEPRAPWMEKERPEYWKELKLKVKNIAQSARANLRTLLRYYNQSEGGSHILQWMVSCEVGPDMRLLGAHYQAAYDGSDYITLNEDLSSWTAVDMVSQITKSRLESAGTAEYFRAYVEGECLELLHRFLRNGKEILQRADPPKAHVAHHPRPKGDVTLRCWALGFYPADITLTWQKDEEDLTQDMELVETRPSGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCYVHHEGLTEPLALKWRSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3
分子量 formula_weight	11704.4 kDa
突变 mutation	INS(275(A)-282(A)), INS(275(D)-282(D))
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

IQKTPQIQVYSRHPPENGKPNILNCYVTQFHPPHIEIQMLKNGKKIPKVEMSDMSFSKDWSFYILAHTEFTPTETDTYACRVKHDSMAEPKTVYWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE
分子量 formula_weight	1155.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MYFINILTL

来源 Source

来源生物 organism	Rattus rattus
通用名 common_name	black rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10117

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	372

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1mhca1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1mhca2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d1mhcb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1mhcd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1mhcd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d1mhce_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1mhcA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	1mhcA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1mhcB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1mhcD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	1mhcD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1mhcE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	65.250 Å
晶胞边长 b length_b	66.100 Å
晶胞边长 c length_c	55.170 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	102.71 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.28 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	110.19 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1900
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	—

MODEL OF MHC CLASS I H2-M3 WITH NONAPEPTIDE FROM RAT ND1 REFINED AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1mhc__assembly_1__model_1

1mhc__assembly_1__model_1 | I(q)

1mhc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)

MODEL OF MHC CLASS I H2-M3 WITH NONAPEPTIDE FROM RAT ND1 REFINED AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

MHC CLASS I ANTIGEN H2-M3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NONAPEPTIDE FROM RAT NADH DEHYDROGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1mhc__assembly_1__model_1

1mhc__assembly_1__model_1 | I(q)

1mhc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)