SAXSdb — 1mk2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SMAD 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 220–425	片段：MH2 domain, residues 220-425	Madh-interacting protein × 2 （O95405） ACY ACETIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.74 Å R-free 0.271
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 220–425	片段：MH2 domain, residues 220-425	Madh-interacting protein × 1 （O95405） ACY ACETIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.74 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1MK2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1MHD CRYSTAL STRUCTURE OF A SMAD MH1 DOMAIN BOUND TO DNA 提交 1998-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–132（132 aa）片段：MH1 DOMAIN, RESIDUES 1 - 144 链 B 1–132（132 aa）片段：MH1 DOMAIN, RESIDUES 1 - 144	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
1MJS MH2 domain of transcriptional factor SMAD3 提交 2002-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 229–425（197 aa）片段：MH2 domain, residues 229-425	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.91 Å R-free 0.199
1OZJ Crystal structure of Smad3-MH1 bound to DNA at 2.4 A resolution 提交 2003-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–144（144 aa）片段：DWA DOMAIN 链 B 1–144（144 aa）片段：DWA DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；citrate, PEG2000, ammonium acetate, spermine, magnesium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.270
1U7F Crystal Structure of the phosphorylated Smad3/Smad4 heterotrimeric complex 提交 2004-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 228–424（197 aa）片段：MH2 and Linker domains 链 C 228–424（197 aa）片段：MH2 and Linker domains	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；50 mM Tris-HCl, 0-15 mM magnesium chloride, 5-15% ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.247
2LAJ Third WW domain of human Nedd4L in complex with doubly phosphorylated human smad3 derived peptide 提交 2011-03-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 202–211（10 aa）片段：sequence database residues 202-211	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.420；压力 ambient NMR样品组成 1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LB2 Structure of the second domain of human Nedd4L in complex with a phosphorylated pTPY motif derived from human Smad3 提交 2011-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 178–189（12 aa）片段：residues 178-189	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.420；压力 ambient NMR样品组成 1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5OD6 Crystal structure of Smad3-MH1 bound to the GGCGC site. 提交 2017-07-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 11–135（125 aa）链 B 11–135（125 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M lithium acetate, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
5ODG Crystal structure of Smad3-MH1 bound to the GGCT site. 提交 2017-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 11–135（125 aa）片段：MH1 domain, UNP residues 11-135 链 B 11–135（125 aa）片段：MH1 domain, UNP residues 11-135	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.02 M sodium potassium phosphate, 0.1 M BisTris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.12 Å R-free 0.242
5ODG Crystal structure of Smad3-MH1 bound to the GGCT site. 提交 2017-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 11–135（125 aa）片段：MH1 domain, UNP residues 11-135 链 B 11–135（125 aa）片段：MH1 domain, UNP residues 11-135	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.02 M sodium potassium phosphate, 0.1 M BisTris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.12 Å R-free 0.242
5XOC Crystal structure of human Smad3-FoxH1 complex 提交 2017-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 220–416（197 aa）片段：UNP residues 220-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；0.1 M citrate pH 5.4, 0.8% ethylene imine polymer and 0.5 M NaCl	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
6ZMN Crystal structure of the Smad3-Smad5 MH1 domain chimera bound to the GGCGC site 提交 2020-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 10–136（127 aa）链 B 10–136（127 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium acetate	分辨率 2.33 Å R-free 0.252

共 10 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMAD3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–206； UniProt 220–425

Madh-interacting protein

Homo sapiens

UniProt O95405

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 773–810	片段：SARA SBD domain, residues 773-810	SMAD 3 × 2 （P84022） ACY ACETIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.74 Å R-free 0.271
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 773–810	片段：SARA SBD domain, residues 773-810	SMAD 3 × 1 （P84022） ACY ACETIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.74 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1MK2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DEV CRYSTAL STRUCTURE OF SMAD2 MH2 DOMAIN BOUND TO THE SMAD-BINDING DOMAIN OF SARA 提交 1999-11-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 669–709（41 aa）片段：SARA SMAD2-BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；TRIS, DIOXANE, AMMONIUM SULFATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 2.20 Å R-free 0.276
1DEV CRYSTAL STRUCTURE OF SMAD2 MH2 DOMAIN BOUND TO THE SMAD-BINDING DOMAIN OF SARA 提交 1999-11-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 669–709（41 aa）片段：SARA SMAD2-BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；TRIS, DIOXANE, AMMONIUM SULFATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 2.20 Å R-free 0.276
4BKW Crystal structure of the C-terminal region of human ZFYVE9 提交 2013-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 895–1425（531 aa）片段：PROTEIN INTERACTING DOMAIN, RESIDUES 895-1425	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M BIS-TRIS PH 6.5, 0.15M MAGNESIUM CHLORIDE, 30% PEG 3350	分辨率 2.53 Å R-free 0.247
5MJY Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (SARA complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–22（22 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500	分辨率 2.25 Å R-free 0.235
5MJY Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (SARA complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–22（22 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500	分辨率 2.25 Å R-free 0.235

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ZFYV9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–38； UniProt 773–810

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mk2
沉积日期 deposition_date	2002-08-28
结构标题 title	SMAD3 SBD complex
关键词 keywords	SMAD3, SBD, SARA, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.83 Å
零角强度 I(0) i0	12891600.00
分子量 molecular_weight	26330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32670 Å³
包络体积 envelope_volume	36198 Å³
水化壳体积 shell_volume	17229 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.5 Å
壳层 Rg shell_rg	23.90 Å
包络 Rg envelope_rg	18.22 Å
形状 Rg shape_rg	17.81 Å
总 Rg total_rg	18.77 Å
总原子数 total_atoms	1848
残基数 n_residues	235
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.7 Å
Rg (实空间) rg_real	18.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12890000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8018
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.296
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.249
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2228000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SMAD 3
分子量 formula_weight	23227.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1848

DLQPVTYCEPAFWCSISYYELNQRVGETFHASQPSMTVDGFTDPSNSERFCLGLLSNVNRNAAVELTRRHIGRGVRLYYIGGEVFAECLSDSAIFVQSPNCNQRYGWHPATVCKIPPGCNLKIFNNQEFAALLAQSVNQGFEAVYQLTRMCTIRMSFVKGWGAEYRRQTVTSTPCWIELHLNGPLQWLDKVLTQMGSPSIRCSSVS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Madh-interacting protein
分子量 formula_weight	3818.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SPNPNNPAEYCSTIPPLQQAQASGALSSPPPTVMVPVG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1mk2a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.26 — SMAD/FHA domain
超家族 Superfamily superfamily	b.26.1 — SMAD/FHA domain
家族 Family family	b.26.1.1 — SMAD domain

结构域编号 domain_id	d1mk2b_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.64 — Smad-binding domain of Sara
超家族 Superfamily superfamily	j.64.1 — Smad-binding domain of Sara
家族 Family family	j.64.1.1 — Smad-binding domain of Sara

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1mk2A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Tumour Suppressor Smad4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.995 Å
晶胞边长 b length_b	71.716 Å
晶胞边长 c length_c	86.886 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.740 Å
最低分辨率 resolution_low	43.440 Å
R 因子 r_factor	0.2270
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2710

fit	/app/data/saxs_computation/mk/1mk2/1mk2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mk/1mk2/1mk2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mk/1mk2/1mk2.dat

SMAD3 SBD complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SMAD 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Madh-interacting protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)