SAXSdb — 1ml0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M3 Protein

Murid herpesvirus 4

UniProt O41925

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Small Inducible Cytokine × 2 （P13500） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Small Inducible Cytokine × 6 （P13500） water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O41925_MHV68
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–382； UniProt 25–406

Small Inducible Cytokine

Homo sapiens

UniProt P13500

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	M3 Protein × 2 （O41925） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	M3 Protein × 6 （O41925） water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCL2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–76； UniProt 24–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ml0
沉积日期 deposition_date	2002-08-29
结构标题 title	VIRAL CHEMOKINE BINDING PROTEIN M3 FROM MURINE GAMMAHERPESVIRUS68 IN COMPLEX WITH THE P8A VARIANT OF CC-CHEMOKINE MCP-1
关键词 keywords	HERPESVIRUS, VIRAL IMMUNE EVASION, CHEMOKINE BINDING PROTEIN, DECOY RECEPTOR, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ml0__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ml0__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ml0__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.89 Å
Rg（电子密度）	40.97 Å
总 Rg	41.40 Å
原子数	20208
残基数	2610
排除体积	359750 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ml0__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ml0__assembly_2__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	M3 Protein
分子量 formula_weight	41826.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3411

LTLGLAPALSTHSSGVSTQSVDLSQIKRGDEIQAHCLTPAETEVTECAGILKDVLSKNLHELQGLCNVKNKMGVPWVSVEELGQEIITGRLPFPSVGGTPVNDLVRVLVVAESNTPEETPEEEFYAYVELQTELYTFGLSDDNVVFTSDYMTVWMIDIPKSYVDVGMLTRATFLEQWPGAKVTVMIPYSSTFTWCGELGAISEESAPQPSLSARSPVCKNSARYSTSKFCEVDGCTAETGMEKMSLLTPFGGPPQQAKMNTCPCYYKYSVSPLPAMDHLILADLAGLDSLTSPVYVMAAYFDSTHENPVRPSSKLYHCALQMTSHDGVWTSTSSEQCPIRLVEGQSQNVLQVRVAPTSMPNLVGVSLMLEGQQYRLEYFGDH

来源 Source

来源生物 organism	Murid herpesvirus 4
通用名 common_name	Murine herpesvirus 68
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33708
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small Inducible Cytokine
分子量 formula_weight	8655.0 kDa
突变 mutation	P8A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

QPDAINAAVTCCYNFTNRKISVQRLASYRRITSSKCPKEAVIFKTIVAKEICADPKQKWVQDSIDHLDKQTQTPKT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	43

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ml0a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.116 — Viral chemokine binding protein m3
超家族 Superfamily superfamily	b.116.1 — Viral chemokine binding protein m3
家族 Family family	b.116.1.1 — Viral chemokine binding protein m3

结构域编号 domain_id	d1ml0d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1ml0A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1330 —

结构域编号 domain_id	1ml0A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1340 — Chemokine-binding protein M3-like

结构域编号 domain_id	1ml0D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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晶胞边长 a length_a	99.200 Å
晶胞边长 b length_b	99.200 Å
晶胞边长 c length_c	78.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.370 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2820

VIRAL CHEMOKINE BINDING PROTEIN M3 FROM MURINE GAMMAHERPESVIRUS68 IN COMPLEX WITH THE P8A VARIANT OF CC-CHEMOKINE MCP-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M3 Protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Small Inducible Cytokine

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ml0__assembly_2__model_1

1ml0__assembly_2__model_1 | I(q)

1ml0__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

VIRAL CHEMOKINE BINDING PROTEIN M3 FROM MURINE GAMMAHERPESVIRUS68 IN COMPLEX WITH THE P8A VARIANT OF CC-CHEMOKINE MCP-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M3 Protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small Inducible Cytokine

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ml0__assembly_2__model_1

1ml0__assembly_2__model_1 | I(q)

1ml0__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)