1mmo

CRYSTAL STRUCTURE OF A BACTERIAL NON-HAEM IRON HYDROXYLASE THAT CATALYSES THE BIOLOGICAL OXIDATION OF METHANE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 126.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (BETA CHAIN)

Methylococcus capsulatus

UniProt P18798

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 6–389 链 C; UniProt 6–389 未记录 METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (ALPHA CHAIN) × 2 (P22869) METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (GAMMA CHAIN) × 2 (P11987) FE FE (III) ION × 4 ACY ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MEMB_METCA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–384; UniProt 6–389 作者链 C; PDB构建体 1–384; UniProt 6–389

METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (ALPHA CHAIN)

Methylococcus capsulatus

UniProt P22869

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 15–526 链 E; UniProt 15–526 未记录 METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (BETA CHAIN) × 2 (P18798) METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (GAMMA CHAIN) × 2 (P11987) FE FE (III) ION × 4 ACY ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MEMA_METCA
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–512; UniProt 15–526 作者链 E; PDB构建体 1–512; UniProt 15–526

METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (GAMMA CHAIN)

Methylococcus capsulatus

UniProt P11987

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 3–164 链 H; UniProt 3–164 未记录 METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (BETA CHAIN) × 2 (P18798) METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (ALPHA CHAIN) × 2 (P22869) FE FE (III) ION × 4 ACY ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MEMG_METCA
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–162; UniProt 3–164 作者链 H; PDB构建体 1–162; UniProt 3–164

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1mmo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1mmo
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1mmo
沉积日期 deposition_date1994-02-22
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF A BACTERIAL NON-HAEM IRON HYDROXYLASE THAT CATALYSES THE BIOLOGICAL OXIDATION OF METHANE
关键词 keywordsOXIDOREDUCTASE (MONOOXYGENASE); OXIDOREDUCTASE (MONOOXYGENASE)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.45
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.07
零角强度 I(0) i0877189000.00
分子量 molecular_weight245360.0 kDa
排除体积 excluded_volume306440 ų
包络体积 envelope_volume362420 ų
水化壳体积 shell_volume70112 ų
包络直径 envelope_diameter137.1
壳层 Rg shell_rg48.92
包络 Rg envelope_rg41.02
形状 Rg shape_rg41.05
总 Rg total_rg41.45
总原子数 total_atoms21282
残基数 n_residues2116
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.7
Rg (实空间) rg_real41.42
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.97
I(0) (实空间) i0_real8.7720e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7330e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.45
I(0) (倒空间) i0_reciprocal877200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8627
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary43.4
偏度 Skewness skewness0.274
峰度 Kurtosis kurtosis-0.588
角度范围 angular_range— – 0.1900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha412800000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.320

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1mmob_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.2 — Ribonucleotide reductase-like
结构域编号 domain_idd1mmoc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.2 — Ribonucleotide reductase-like
结构域编号 domain_idd1mmod_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.2 — Ribonucleotide reductase-like
结构域编号 domain_idd1mmoe_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.2 — Ribonucleotide reductase-like
结构域编号 domain_idd1mmog_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.23 — Open three-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.23.3 — Methane monooxygenase hydrolase, gamma subunit
家族 Family familya.23.3.1 — Methane monooxygenase hydrolase, gamma subunit
结构域编号 domain_idd1mmoh_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.23 — Open three-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.23.3 — Methane monooxygenase hydrolase, gamma subunit
家族 Family familya.23.3.1 — Methane monooxygenase hydrolase, gamma subunit

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id1mmoB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
结构域编号 domain_id1mmoC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
结构域编号 domain_id1mmoD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
结构域编号 domain_id1mmoE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
结构域编号 domain_id1mmoG01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1
结构域编号 domain_id1mmoG02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2
结构域编号 domain_id1mmoH01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1
结构域编号 domain_id1mmoH02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)