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1mpv

Structure of bhpBR3, the BAFF-binding loop of BR3 embedded in a beta-hairpin peptide

Method: SOLUTION NMR Dmax: 22.6 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BLyS Receptor 3

物种未注明

UniProt Q96RJ3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 26–31 片段：BR3 loop (residues 26-31) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 4.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）no added salt；压力 ambient NMR样品组成：2.9 mM bhpBR3 peptide | 92% H2O, 8% D2O, 0.1 mM DSS, pH 4.5 NMR样品组成：2.9 mM bhpBR3 peptide | 100% D2O, 0.1 mM DSS, pH 4.5 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1MPV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1OQE Crystal structure of sTALL-1 with BAFF-R 提交 2003-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 108 PDB 声明：108-meric
链 K 16–46（31 aa） 片段：extracellular domain
链 L 16–46（31 aa） 片段：extracellular domain
链 M 16–46（31 aa） 片段：extracellular domain
链 N 16–46（31 aa） 片段：extracellular domain
链 O 16–46（31 aa） 片段：extracellular domain
链 P 16–46（31 aa） 片段：extracellular domain
链 Q 16–46（31 aa） 片段：extracellular domain
链 R 16–46（31 aa） 片段：extracellular domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；dioxane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K
分辨率 2.50 Å R-free 0.259
1OSX Solution Structure of the Extracellular Domain of BLyS Receptor 3 (BR3) 提交 2003-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–61（61 aa） 片段：extracellular domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaCl, 25 mM Na2PO4；压力 ambient
NMR样品组成 1.5 mM BR3 U-15N,25 mM Na2PO4, 50 mM NaCl, 0.1 mM NaN3, 0.1 mM DSS-d10 | 92%H2O/8%D2O
NMR样品组成 1.5 mM BR3 U-15N,13C,25 mM Na2PO4, 50 mM NaCl, 0.1 mM NaN3, 0.1 mM DSS-d10 | 92%H2O/8%D2O
NMR样品组成 1.5 mM BR3 U-15N,13C,25 mM Na2PO4, 50 mM NaCl, 0.1 mM NaN3, 0.1 mM DSS-d10 | 100% D2O
分辨率未提供
2HFG Crystal structure of hBR3 bound to CB3s-Fab 提交 2006-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 R 7–54（48 aa） 片段：cysteine rich domain (residues 7-54)
突变：V20N, L27P 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Drops contained 2.1 microliters protein solution (pH 6.5) and 2.9 microliters of (0.1M citric acid pH 3.0, 24% PEG 3350, and 0.1 M Praseodymium (III) acetate) over a reservoir of 24% PEG 3350. pH of final drop ~4.5.
分辨率 2.61 Å R-free 0.252
4V46 Crystal structure of the BAFF-BAFF-R complex 提交 2003-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 120 PDB 声明：120-meric
链 B0 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 B1 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 B2 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 B3 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 B4 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 B5 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 B6 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 B7 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 B8 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 B9 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BA 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BB 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BC 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BD 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BE 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BF 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BG 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BH 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BI 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BJ 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BK 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BL 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BM 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BN 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BO 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BP 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BQ 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BR 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BS 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BT 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BU 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BV 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BW 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BX 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BY 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 BZ 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Ba 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bb 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bc 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bd 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Be 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bf 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bg 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bh 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bi 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bj 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bk 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bl 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bm 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bn 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bo 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bp 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bq 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Br 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bs 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bt 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bu 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bv 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bw 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
链 Bx 1–63（63 aa） 片段：residues 1-63
未记录 MG MAGNESIUM ION × 40 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；sodium formate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.30 Å R-free 0.226
8ZUJ Pentagonal cluster of BAFF-BAFFR ectodomain complex 提交 2024-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 A 2–78（77 aa）
链 B 2–78（77 aa）
链 C 2–78（77 aa）
链 G 2–78（77 aa）
链 H 2–78（77 aa）
链 I 2–78（77 aa）
链 M 2–78（77 aa）
链 N 2–78（77 aa）
链 O 2–78（77 aa）
链 S 2–78（77 aa）
链 T 2–78（77 aa）
链 U 2–78（77 aa）
链 Y 2–78（77 aa）
链 Z 2–78（77 aa）
链 a 2–78（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.58 Å
8ZUK Cluster structure of the BAFF-BAFFR-TRAF3 complex 提交 2024-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric
链 D 1–184（184 aa）
链 E 1–184（184 aa）
链 F 1–184（184 aa）
链 J 1–184（184 aa）
链 K 1–184（184 aa）
链 L 1–184（184 aa）
链 P 1–184（184 aa）
链 Q 1–184（184 aa）
链 R 1–184（184 aa）
链 V 1–184（184 aa）
链 W 1–184（184 aa）
链 X 1–184（184 aa）
链 b 1–184（184 aa）
链 c 1–184（184 aa）
链 d 1–184（184 aa）
链 h 1–184（184 aa）
链 i 1–184（184 aa）
链 j 1–184（184 aa）
链 n 1–184（184 aa）
链 o 1–184（184 aa）
链 p 1–184（184 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TR13C_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–10； UniProt 26–31

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1mpv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1mpv
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1mpv
沉积日期 deposition_date2002-09-12
结构标题 titleStructure of bhpBR3, the BAFF-binding loop of BR3 embedded in a beta-hairpin peptide
关键词 keywordsbeta-hairpin, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier5.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron6.51 Å
零角强度 I(0) i015096300.00
分子量 molecular_weight32179.0 kDa
排除体积 excluded_volume40052 ų
包络体积 envelope_volume2812 ų
水化壳体积 shell_volume3731 ų
包络直径 envelope_diameter25.4 Å
壳层 Rg shell_rg11.70 Å
包络 Rg envelope_rg7.88 Å
形状 Rg shape_rg6.37 Å
总 Rg total_rg7.21 Å
总原子数 total_atoms4340
残基数 n_residues240
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax22.6 Å
Rg (实空间) rg_real5.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2500e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal5.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15100000.0000
解质量估计 total_estimate0.7049
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary6.0 Å
偏度 Skewness skewness0.726
峰度 Kurtosis kurtosis0.299
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha467.7000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.460; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.295; Smooth: 0.485
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1mpva1
类 Class classj — Peptides
折叠类型 Fold foldj.98 — Bhpbr3, the Baff-binding loop of br3 embedded in a beta-hairpin peptide
超家族 Superfamily superfamilyj.98.1 — Bhpbr3, the Baff-binding loop of br3 embedded in a beta-hairpin peptide
家族 Family familyj.98.1.1 — Bhpbr3, the Baff-binding loop of br3 embedded in a beta-hairpin peptide
结构域编号 domain_idd1mpva2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1mpva3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)