1mu5

Structure of topoisomerase subunit

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type II DNA topoisomerase VI Subunit B

Sulfolobus shibatae

UniProt O05207

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 CALCIUM ION × 2 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TOP6B_SULSH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–471; UniProt 2–470

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1mu5
沉积日期 deposition_date2002-09-23
结构标题 titleStructure of topoisomerase subunit
关键词 keywordsGHKL ATPase, helix two-turns helix, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1mu5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1mu5__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1mu5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)25.80 Å
Rg(电子密度)24.90 Å
总 Rg25.79 Å
原子数3686
残基数460
排除体积66421 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1mu5__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1mu5a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.156 — S13-like H2TH domain
超家族 Superfamily superfamilya.156.1 — S13-like H2TH domain
家族 Family familya.156.1.3 — Topoisomerase VI-B subunit middle domain
结构域编号 domain_idd1mu5a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamilyd.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family familyd.14.1.3 — DNA gyrase/MutL, second domain
结构域编号 domain_idd1mu5a3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.122 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
超家族 Superfamily superfamilyd.122.1 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
家族 Family familyd.122.1.2 — DNA gyrase/MutL, N-terminal domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1mu5A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain
结构域编号 domain_id1mu5A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 —
结构域编号 domain_id1mu5A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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7. 引用文献 (1)