SAXSdb — 1mus

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mus
沉积日期 deposition_date	2002-09-24
结构标题 title	crystal structure of Tn5 transposase complexed with resolved outside end DNA
关键词 keywords	transposase, hairpin, dna binding, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.10 Å
零角强度 I(0) i0	84265800.00
分子量 molecular_weight	63731.0 kDa
排除体积 excluded_volume	76322 Å³
包络体积 envelope_volume	99488 Å³
水化壳体积 shell_volume	31176 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.0 Å
壳层 Rg shell_rg	33.42 Å
包络 Rg envelope_rg	27.65 Å
形状 Rg shape_rg	27.04 Å
总 Rg total_rg	27.86 Å
总原子数 total_atoms	4429
残基数 n_residues	498
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.9 Å
Rg (实空间) rg_real	28.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.4270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	84260000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8841
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.413
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.210
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7782000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.933

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA transferred strand
分子量 formula_weight	6213.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	5060

GACTTGTGTATAAGAGTCAG

Entity 2 polymer

描述 description	DNA non-transferred strand
分子量 formula_weight	6052.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CTGACTCTTATACACAAGTC

Entity 3 polymer

描述 description	Tn5 transposase
分子量 formula_weight	53323.1 kDa
突变 mutation	E54K, M56A, D119K, K120A, E345K, L372P
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MITSALHRAADWAKSVFSSAALGDPRRTARLVNVAAQLAKYSGKSITISSEGSKAAQEGAYRFIRNPNVSAEAIRKAGAMQTVKLAQEFPELLAIEDTTSLSYRHQVAEELGKLGSIQKASRGWWVHSVLLLEATTFRTVGLLHQEWWMRPDDPADADEKESGKWLAAAATSRLRMGSMMSNVIAVCDREADIHAYLQDKLAHNERFVVRSKHPRKDVESGLYLYDHLKNQPELGGYQISIPQKGVVDKRGKRKNRPARKASLSLRSGRITLKQGNITLNAVLAEEINPPKGETPLKWLLLTSEPVESLAQALRVIDIYTHRWRIEEFHKAWKTGAGAERQRMEKPDNLERMVSILSFVAVRLLQLRESFTPPQALRAQGLLKEAEHVESQSAETVLTPDECQLLGYLDKGKRKRKEKAGSLQWAYMAIARLGGFMDSKRTGIASWGALWEGWEALQSKLDGFLAAKDLMAQGIKIG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	615

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1musa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.4 — Transposase inhibitor (Tn5 transposase)

结构域编号 domain_id	d1musa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1musA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Tn5 transposase; domain 1

结构域编号 domain_id	1musA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	350 — Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1musA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	740 — Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	112.700 Å
晶胞边长 b length_b	112.700 Å
晶胞边长 c length_c	235.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1930
R_work r_work	0.1910
R_free r_free	0.2490

fit	/app/data/saxs_computation/mu/1mus/1mus.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mu/1mus/1mus.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mu/1mus/1mus.dat

crystal structure of Tn5 transposase complexed with resolved outside end DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)