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1mx2

Structure of F71N mutant of p18INK4c

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 6 inhibitor

Homo sapiens

UniProt P42773

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–168 突变：F71N 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；273 K；20 mM Tris, 25mM (NH4)2HPO4, 0.5 mM DTT, 7% PEG 6000, 2 M NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K 分辨率 2.25 Å R-free 0.254
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–168 突变：F71N 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；273 K；20 mM Tris, 25mM (NH4)2HPO4, 0.5 mM DTT, 7% PEG 6000, 2 M NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K 分辨率 2.25 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1MX2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BU9 SOLUTION STRUCTURE OF P18-INK4C, 21 STRUCTURES 提交 1998-09-15 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–168（168 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；293 K
分辨率未提供
1G3N STRUCTURE OF A P18(INK4C)-CDK6-K-CYCLIN TERNARY COMPLEX 提交 2000-10-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–168（168 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；(NH4)2SO4, Dioxane, Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.262
1G3N STRUCTURE OF A P18(INK4C)-CDK6-K-CYCLIN TERNARY COMPLEX 提交 2000-10-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–168（168 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；(NH4)2SO4, Dioxane, Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.262
1G3N STRUCTURE OF A P18(INK4C)-CDK6-K-CYCLIN TERNARY COMPLEX 提交 2000-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–168（168 aa）
链 F 1–168（168 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；(NH4)2SO4, Dioxane, Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.262
1IHB CRYSTAL STRUCTURE OF P18-INK4C(INK6) 提交 1997-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–162（162 aa）
链 B 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；VAPOR DIFFUSION, 4 DEG. C, 2 MICROLITER HANGING DROP CONTAINING 5 MG/ML PROTEIN, 20 MM TRIS (PH 8.5), 25 MM (NH4)2 HPO4, 0.5 MM DDT, 7% PEG 6K, 1 MM NACL EQUILIBRATED OVER A RESERVOIR CONTAINING 14% PEG 6K AND 2 M NACL. WITHIN 8 DAYS, 0.2 X 0.2 X 0.4 MM CRYSTALS., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 1.95 Å R-free 0.289
1MX4 Structure of p18INK4c (F82Q) 提交 2002-10-01 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–168（168 aa）
突变：F82Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；273 K；5 mg/ml protein, 20 mM Tris (pH 8.5), 0.5 mM DTT, 14 % PEG 6000, 2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K
分辨率 2.00 Å R-free 0.260
1MX4 Structure of p18INK4c (F82Q) 提交 2002-10-01 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–168（168 aa）
突变：F82Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；273 K；5 mg/ml protein, 20 mM Tris (pH 8.5), 0.5 mM DTT, 14 % PEG 6000, 2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K
分辨率 2.00 Å R-free 0.260
1MX6 Structure of p18INK4c (F92N) 提交 2002-10-01 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–168（168 aa）
突变：F92N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；273 K；5 mg/ml protein, 20 mM Tris (pH 8.5), 0.5 mM DTT, 14 % PEG 6000 and 2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K
分辨率 2.00 Å R-free 0.263
1MX6 Structure of p18INK4c (F92N) 提交 2002-10-01 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–168（168 aa）
突变：F92N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；273 K；5 mg/ml protein, 20 mM Tris (pH 8.5), 0.5 mM DTT, 14 % PEG 6000 and 2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K
分辨率 2.00 Å R-free 0.263

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDN2C_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–168； UniProt 1–168 作者链 B； PDB构建体 1–168； UniProt 1–168

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1mx2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1mx2
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1mx2
沉积日期 deposition_date2002-10-01
结构标题 titleStructure of F71N mutant of p18INK4c
关键词 keywordsAnkyrin repeats, cell cycle inhibitor; cell cycle inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.65 Å
零角强度 I(0) i021666200.00
分子量 molecular_weight33753.0 kDa
排除体积 excluded_volume41545 ų
包络体积 envelope_volume52960 ų
水化壳体积 shell_volume18262 ų
包络直径 envelope_diameter87.5 Å
壳层 Rg shell_rg30.86 Å
包络 Rg envelope_rg25.58 Å
形状 Rg shape_rg25.64 Å
总 Rg total_rg26.31 Å
总原子数 total_atoms2375
残基数 n_residues312
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.5 Å
Rg (实空间) rg_real26.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real2.1670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal21670000.0000
解质量估计 total_estimate0.8609
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.1 Å
偏度 Skewness skewness0.361
峰度 Kurtosis kurtosis-0.677
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7527000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.678; Smooth: 0.947
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1mx2a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamilyd.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family familyd.211.1.1 — Ankyrin repeat
结构域编号 domain_idd1mx2b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamilyd.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family familyd.211.1.1 — Ankyrin repeat

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1mx2A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ankyrin repeat-containing domain
结构域编号 domain_id1mx2B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ankyrin repeat-containing domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)