SAXSdb — 1mz8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Colicin E7 immunity protein

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–87	未记录	Colicin E7 × 1 （Q47112） ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；PEG4000, sodium phosphate, ammonium acetate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–87	未记录	Colicin E7 × 1 （Q47112） ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；PEG4000, sodium phosphate, ammonium acetate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1MZ8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AYI COLICIN E7 IMMUNITY PROTEIN IM7 提交 1997-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；USING THE HANGING DROP METHOD, PROTEIN (10MG/ML) WAS CRYSTALLISED BY MIXING AN EQUAL VOLUME OF PROTEIN WITH A SOLUTION CONTAINING 55% SATURATED DI-AMMONIUM PHOSPHATE AND 200MM TRIS PH7.2. THE DROP WAS EQUILIBRATED AGAINST A WELL CONTAINING 100% SATURATED DI-AMMONIUM PHOSPHATE AT ROOM TEMPERATURE., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
1CEI STRUCTURE DETERMINATION OF THE COLICIN E7 IMMUNITY PROTEIN (IMME7) THAT BINDS SPECIFICALLY TO THE DNASE-TYPE COLICIN E7 AND INHIBITS ITS BACTERIOCIDAL ACTIVITY 提交 1996-03-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.	分辨率 1.80 Å
1UJZ Crystal structure of the E7_C/Im7_C complex; a computationally designed interface between the colicin E7 DNase and the Im7 Immunity protein 提交 2003-08-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）	突变：D35Y,	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；PEGMME 2000, ammonium sulfate, Sodium Acetate, Glycerol, DMSO, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.270
1UNK STRUCTURE OF COLICIN E7 IMMUNITY PROTEIN 提交 1996-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–87（87 aa）链 B 1–87（87 aa）链 C 1–87（87 aa）链 D 1–87（87 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.251
1ZNV How a His-metal finger endonuclease ColE7 binds and cleaves DNA with a transition metal ion cofactor 提交 2005-05-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；0.3M phosphate buffer, 50mM NaCl, 20% PEG550 MME, 10% glycerol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
1ZNV How a His-metal finger endonuclease ColE7 binds and cleaves DNA with a transition metal ion cofactor 提交 2005-05-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–87（87 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；0.3M phosphate buffer, 50mM NaCl, 20% PEG550 MME, 10% glycerol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
2ERH Crystal Structure of the E7_G/Im7_G complex; a designed interface between the colicin E7 DNAse and the Im7 immunity protein 提交 2005-10-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）	突变：D35Y, T51Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；30% PEG 4K, 0.6M ammonium acetate, 50mM Na acetate, 25% glycerol, 5% DMSO, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.271
2JAZ CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT N560D OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7 IN COMPLEX WITH IM7 提交 2006-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–87（87 aa）链 C 1–87（87 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20 % W/V PEG3350 AND 0.1 M DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, pH 7.00	分辨率 2.03 Å R-free 0.249
2JB0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT H573A OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7 IN COMPLEX WITH IM7 提交 2006-12-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–87（87 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20 % W/V PEG3350 AND 0.2 M DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, pH 7.00	分辨率 1.91 Å R-free 0.250
2JBG crystal structure of the mutant N560A of the nuclease domain of ColE7 in complex with Im7 提交 2006-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–87（87 aa）链 C 1–87（87 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；20 % W/V POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 2000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, AND 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE AT PH 4.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
2K0D NMR structure of a mutant colicin e7 immunity protein im7 with an extended helix III 提交 2008-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 2–51（50 aa）链 X 65–87（23 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N] potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] potassium phosphate, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
4F37 Structure of the tethered N-terminus of Alzheimer's disease A peptide 提交 2012-05-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–87（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Sodium malonate, 20% (w/v) PEG 3350, 0.1M Bis-tris propane pH 8.5, 0.2M 1-methylimidazolium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.57 Å R-free 0.269
4F37 Structure of the tethered N-terminus of Alzheimer's disease A peptide 提交 2012-05-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–87（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Sodium malonate, 20% (w/v) PEG 3350, 0.1M Bis-tris propane pH 8.5, 0.2M 1-methylimidazolium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.57 Å R-free 0.269
5WNW Chaperone Spy bound to Im7 6-45 ensemble 提交 2017-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 6–45（40 aa）片段：UNP residues 6-45	未记录	IMD IMIDAZOLE × 3 ZN ZINC ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；PEG 3000, imidazole, zinc acetate	分辨率 1.79 Å R-free 0.238
7CEI THE ENDONUCLEASE DOMAIN OF COLICIN E7 IN COMPLEX WITH ITS INHIBITOR IM7 PROTEIN 提交 1998-09-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；15 MG/ML PROTEIN COMPLEX, 5 MM NA CITRATE, 0.25 M NH4 ACETATE, 10% PEG4000, PH 6.0 VAPOR DIFFUSION AGAINST 22.5% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.270

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	IMM7_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–87； UniProt 1–87 作者链 C； PDB构建体 1–87； UniProt 1–87

Colicin E7

Escherichia coli

UniProt Q47112

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 446–576	片段：nuclease domain	Colicin E7 immunity protein × 1 （Q03708） ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；PEG4000, sodium phosphate, ammonium acetate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 446–576	片段：nuclease domain	Colicin E7 immunity protein × 1 （Q03708） ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；PEG4000, sodium phosphate, ammonium acetate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1MZ8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1M08 Crystal structure of the unbound nuclease domain of ColE7 提交 2002-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 447–576（130 aa）片段：Nuclease Domain 链 B 447–576（130 aa）片段：Nuclease Domain	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；sodium phosphate, Sodium Chloride, zinc chloride, ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.240
1PT3 Crystal structures of nuclease-ColE7 complexed with octamer DNA 提交 2003-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：octameric	链 A 449–576（128 aa）片段：residues 449-576 链 B 449–576（128 aa）片段：residues 449-576	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；2.5 mM EDTA, 12.5 mM Tris-HCl (pH 7.5), 0.1 M Ammonium Formate, and 10 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 7.50	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
1UJZ Crystal structure of the E7_C/Im7_C complex; a computationally designed interface between the colicin E7 DNase and the Im7 Immunity protein 提交 2003-08-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 446–573（128 aa）片段：residues 446-573	突变：K528Q, T539R, H569A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；PEGMME 2000, ammonium sulfate, Sodium Acetate, Glycerol, DMSO, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.270
1ZNS Crystal structure of N-ColE7/12-bp DNA/Zn complex 提交 2005-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 444–576（133 aa）片段：nuclease domain	突变：H545E	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25mM Tris-HCl, 0.1M Ammonium chloride, 10.5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.287
1ZNV How a His-metal finger endonuclease ColE7 binds and cleaves DNA with a transition metal ion cofactor 提交 2005-05-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 444–576（133 aa）片段：Nuclease domain	突变：H545E	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；0.3M phosphate buffer, 50mM NaCl, 20% PEG550 MME, 10% glycerol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
1ZNV How a His-metal finger endonuclease ColE7 binds and cleaves DNA with a transition metal ion cofactor 提交 2005-05-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 444–576（133 aa）片段：Nuclease domain	突变：H545E	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；0.3M phosphate buffer, 50mM NaCl, 20% PEG550 MME, 10% glycerol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
2AXC Crystal structure of ColE7 translocation domain 提交 2005-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 60–316（257 aa）片段：N-terminal Translocation domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris-HCl pH 8.5, 1.5M (NH4)2SO4, 12% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.208
2ERH Crystal Structure of the E7_G/Im7_G complex; a designed interface between the colicin E7 DNAse and the Im7 immunity protein 提交 2005-10-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 447–573（127 aa）	突变：N516T, N517Q, K525R, K528Q, T539Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；30% PEG 4K, 0.6M ammonium acetate, 50mM Na acetate, 25% glycerol, 5% DMSO, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.271
2IVH Crystal structure of the nuclease domain of ColE7 (H545Q mutant) in complex with an 18-bp duplex DNA 提交 2006-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 449–576（128 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 449-576	突变：YES	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING 1 MICRO L COMPLEX SOLUTION AND 1 MICRO L RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 40 % MPD, 0.4 M AMMONIUM FORMATE AND 0.1 M ACETATE BUFFER (PH4.8) AT ROOM TEMPERATURE., pH 4.80	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2JAZ CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT N560D OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7 IN COMPLEX WITH IM7 提交 2006-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576 链 D 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576	突变：YES 突变：YES	ZN ZINC ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20 % W/V PEG3350 AND 0.1 M DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, pH 7.00	分辨率 2.03 Å R-free 0.249
2JB0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT H573A OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7 IN COMPLEX WITH IM7 提交 2006-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576	突变：YES	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20 % W/V PEG3350 AND 0.2 M DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, pH 7.00	分辨率 1.91 Å R-free 0.250
2JBG crystal structure of the mutant N560A of the nuclease domain of ColE7 in complex with Im7 提交 2006-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576 链 D 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576	突变：YES 突变：YES	ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；20 % W/V POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 2000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, AND 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE AT PH 4.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
3FBD Crystal structure of the nuclease domain of COLE7(D493Q mutant) in complex with an 18-BP duplex DNA 提交 2008-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 445–576（132 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN	突变：D493Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；15% PEG 3350, 16.25% MPD, 0.15M ammonium acetate, 0.025M sodium acetate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3FBD Crystal structure of the nuclease domain of COLE7(D493Q mutant) in complex with an 18-BP duplex DNA 提交 2008-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 445–576（132 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN	突变：D493Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；15% PEG 3350, 16.25% MPD, 0.15M ammonium acetate, 0.025M sodium acetate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 446–576（131 aa）片段：UNP residues 446-576	突变：N1024D, D1026E, T1027A, S1028T, V1034D, V1037I, Y1055W	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K	分辨率 2.48 Å R-free 0.276
3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 446–576（131 aa）片段：UNP residues 446-576	突变：N1024D, D1026E, T1027A, S1028T, V1034D, V1037I, Y1055W	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K	分辨率 2.48 Å R-free 0.276
3GKL Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 446–576（131 aa）片段：UNP residues 446-576	突变：T20A, N24D, T27A, S28T, V34D, V37I, E41G, K57E	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；292 K；30% PEG 400, 0.1 CHES pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.277
3GKL Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 446–576（131 aa）片段：UNP residues 446-576	突变：T20A, N24D, T27A, S28T, V34D, V37I, E41G, K57E	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；292 K；30% PEG 400, 0.1 CHES pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.277
3ZFK N-terminal truncated Nuclease Domain of Colicin E7 提交 2012-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 450–573（124 aa）片段：COLICIN E7 METALLONUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 450-573	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；0.1 M LITHIUM SULFATE, 50 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 25 % W/V PEG 400	分辨率 1.70 Å R-free 0.234
3ZFK N-terminal truncated Nuclease Domain of Colicin E7 提交 2012-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 450–573（124 aa）片段：COLICIN E7 METALLONUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 450-573	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；0.1 M LITHIUM SULFATE, 50 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 25 % W/V PEG 400	分辨率 1.70 Å R-free 0.234
7CEI THE ENDONUCLEASE DOMAIN OF COLICIN E7 IN COMPLEX WITH ITS INHIBITOR IM7 PROTEIN 提交 1998-09-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–206（206 aa）片段：ENDONUCLEASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；15 MG/ML PROTEIN COMPLEX, 5 MM NA CITRATE, 0.25 M NH4 ACETATE, 10% PEG4000, PH 6.0 VAPOR DIFFUSION AGAINST 22.5% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.270

共 16 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEA7_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–131； UniProt 446–576 作者链 D； PDB构建体 1–131； UniProt 446–576

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mz8
沉积日期 deposition_date	2002-10-07
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURES OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7/IM7 IN COMPLEX WITH A PHOSPHATE ION AND A ZINC ION
关键词 keywords	H-N-H motif, Toxin, Hydrolase-protein binding COMPLEX; Toxin,Hydrolase/protein binding
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.64 Å
零角强度 I(0) i0	44968100.00
分子量 molecular_weight	50044.0 kDa
排除体积 excluded_volume	61944 Å³
包络体积 envelope_volume	75545 Å³
水化壳体积 shell_volume	26452 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.6 Å
壳层 Rg shell_rg	31.17 Å
包络 Rg envelope_rg	24.74 Å
形状 Rg shape_rg	24.59 Å
总 Rg total_rg	25.49 Å
总原子数 total_atoms	3519
残基数 n_residues	435
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.9 Å
Rg (实空间) rg_real	25.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5190e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	44970000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8519
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.495
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.100
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12960000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.717; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.931; Smooth: 0.990

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Colicin E7 immunity protein
分子量 formula_weight	9907.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4081

MELKNSISDYTEAEFVQLLKEIEKENVAATDDVLDVLLEHFVKITEHPDGTDLIYYPSDNRDDSPEGIVKEIKEWRAANGKPGFKQG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Colicin E7
分子量 formula_weight	15062.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

KRNKPGKATGKGKPVNNKWLNNAGKDLGSPVPDRIANKLRDKEFKSFDDFRKKFWEEVSKDPELSKQFSRNNNDRMKVGKAPKTRTQDVSGKRTSFELHHEKPISQNGGVYDMDNISVVTPKRHIDIHRGK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	562

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1mz8a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.2 — Colicin E immunity proteins
家族 Family family	a.28.2.1 — Colicin E immunity proteins

结构域编号 domain_id	d1mz8b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family family	d.4.1.1 — HNH-motif

结构域编号 domain_id	d1mz8c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.2 — Colicin E immunity proteins
家族 Family family	a.28.2.1 — Colicin E immunity proteins

结构域编号 domain_id	d1mz8d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family family	d.4.1.1 — HNH-motif

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1mz8A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Colicin E immunity protein

结构域编号 domain_id	1mz8B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	540 — Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Colicin/pyocin, DNase domain

结构域编号 domain_id	1mz8C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Colicin E immunity protein

结构域编号 domain_id	1mz8D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	540 — Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Colicin/pyocin, DNase domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	119.735 Å
晶胞边长 b length_b	62.410 Å
晶胞边长 c length_c	74.137 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	27.970 Å
R 因子 r_factor	0.1830
R_work r_work	0.1830
R_free r_free	0.2300

fit	/app/data/saxs_computation/mz/1mz8/1mz8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mz/1mz8/1mz8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mz/1mz8/1mz8.dat

CRYSTAL STRUCTURES OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7/IM7 IN COMPLEX WITH A PHOSPHATE ION AND A ZINC ION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Colicin E7 immunity protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Colicin E7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)