SAXSdb — 5wnw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic chaperone Spy

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 52–147 链 B； UniProt 52–147	片段：UNP residues 52-147	Colicin-E7 immunity protein × 1 （Q03708） IMD IMIDAZOLE × 3 ZN ZINC ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；PEG 3000, imidazole, zinc acetate	分辨率 1.79 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5WNW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5WO1 Chaperone Spy H96L bound to Im7 L18A L19A L37A (Im7 un-modeled) 提交 2017-08-01	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–147（96 aa）片段：UNP residues 52-147 链 B 52–147（96 aa）片段：UNP residues 52-147	未记录	IMD IMIDAZOLE × 5 ZN ZINC ION × 27 CL CHLORIDE ION × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；PEG 3000, imidazole, zinc acetate	分辨率 1.87 Å R-free 0.248
5WO2 Chaperone Spy bound to Casein Fragment (Casein un-modeled) 提交 2017-08-01	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–147（96 aa）片段：UNP residues 52-147 链 B 52–147（96 aa）片段：UNP residues 52-147	未记录	IMD IMIDAZOLE × 6 ZN ZINC ION × 16 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；PEG 3000, imidazole, zinc acetate	分辨率 1.77 Å R-free 0.252
5WO3 Chaperone Spy bound to Im7 (Im7 un-modeled) 提交 2017-08-01	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–147（96 aa）片段：UNP residues 52-147 链 B 52–147（96 aa）片段：UNP residues 52-147	未记录	ZN ZINC ION × 12 CL CHLORIDE ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；PEG 3000, imidazole, zinc acetate	分辨率 1.87 Å R-free 0.253
6BIE MISREADING CHAPERONE-SUBSTRATE COMPLEXES FROM RANDOM NOISE 提交 2017-11-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–147（96 aa）片段：UNP RESIDUES 52-147 链 B 52–147（96 aa）片段：UNP RESIDUES 52-147	未记录	ZN ZINC ION × 13 CL CHLORIDE ION × 7 IMD IMIDAZOLE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；273 K；PEG 3000, IMIDAZOLE, ZINC ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K	分辨率 1.77 Å R-free 0.248
6BIE MISREADING CHAPERONE-SUBSTRATE COMPLEXES FROM RANDOM NOISE 提交 2017-11-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 52–147（96 aa）片段：UNP RESIDUES 52-147 链 B 52–147（96 aa）片段：UNP RESIDUES 52-147	未记录	ZN ZINC ION × 26 CL CHLORIDE ION × 14 IMD IMIDAZOLE × 6 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；273 K；PEG 3000, IMIDAZOLE, ZINC ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K	分辨率 1.77 Å R-free 0.248
6OWX Spy H96L:Im7 L18pI-Phe complex; multiple anomalous datasets contained herein for element identification 提交 2019-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–147（96 aa）链 B 52–147（96 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 13 CL CHLORIDE ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 5 IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-34% PEG 3000, 70-270 mM zinc acetate, and 0.1 M imidazole, pH 8.0	分辨率 2.06 Å R-free 0.277
6OWY Spy H96L:Im7 K20pI-Phe complex; multiple anomalous datasets contained herein for element identification 提交 2019-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–147（96 aa）链 B 52–147（96 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 11 CL CHLORIDE ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 3 IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-34% PEG 3000, 70-270 mM zinc acetate, and 0.1 M imidazole, pH 8.0	分辨率 2.07 Å R-free 0.273
6OWZ Spy H96L:Im7 L19pI-Phe complex; multiple anomalous datasets contained herein for element identification 提交 2019-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–147（96 aa）链 B 52–147（96 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 11 CL CHLORIDE ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 3 IOD IODIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-34% PEG 3000, 70-270 mM zinc acetate, and 0.1 M imidazole, pH 8.0	分辨率 2.05 Å R-free 0.255

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPY_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–97； UniProt 52–147 作者链 B； PDB构建体 2–97； UniProt 52–147

Colicin-E7 immunity protein

Escherichia coli

UniProt Q03708

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 6–45	片段：UNP residues 6-45	Periplasmic chaperone Spy × 2 （P77754） IMD IMIDAZOLE × 3 ZN ZINC ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；PEG 3000, imidazole, zinc acetate	分辨率 1.79 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5WNW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AYI COLICIN E7 IMMUNITY PROTEIN IM7 提交 1997-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；USING THE HANGING DROP METHOD, PROTEIN (10MG/ML) WAS CRYSTALLISED BY MIXING AN EQUAL VOLUME OF PROTEIN WITH A SOLUTION CONTAINING 55% SATURATED DI-AMMONIUM PHOSPHATE AND 200MM TRIS PH7.2. THE DROP WAS EQUILIBRATED AGAINST A WELL CONTAINING 100% SATURATED DI-AMMONIUM PHOSPHATE AT ROOM TEMPERATURE., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
1CEI STRUCTURE DETERMINATION OF THE COLICIN E7 IMMUNITY PROTEIN (IMME7) THAT BINDS SPECIFICALLY TO THE DNASE-TYPE COLICIN E7 AND INHIBITS ITS BACTERIOCIDAL ACTIVITY 提交 1996-03-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.	分辨率 1.80 Å
1MZ8 CRYSTAL STRUCTURES OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7/IM7 IN COMPLEX WITH A PHOSPHATE ION AND A ZINC ION 提交 2002-10-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；PEG4000, sodium phosphate, ammonium acetate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
1MZ8 CRYSTAL STRUCTURES OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7/IM7 IN COMPLEX WITH A PHOSPHATE ION AND A ZINC ION 提交 2002-10-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–87（87 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；PEG4000, sodium phosphate, ammonium acetate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
1UJZ Crystal structure of the E7_C/Im7_C complex; a computationally designed interface between the colicin E7 DNase and the Im7 Immunity protein 提交 2003-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）	突变：D35Y,	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；PEGMME 2000, ammonium sulfate, Sodium Acetate, Glycerol, DMSO, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.270
1UNK STRUCTURE OF COLICIN E7 IMMUNITY PROTEIN 提交 1996-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–87（87 aa）链 B 1–87（87 aa）链 C 1–87（87 aa）链 D 1–87（87 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.251
1ZNV How a His-metal finger endonuclease ColE7 binds and cleaves DNA with a transition metal ion cofactor 提交 2005-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；0.3M phosphate buffer, 50mM NaCl, 20% PEG550 MME, 10% glycerol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
1ZNV How a His-metal finger endonuclease ColE7 binds and cleaves DNA with a transition metal ion cofactor 提交 2005-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–87（87 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；0.3M phosphate buffer, 50mM NaCl, 20% PEG550 MME, 10% glycerol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
2ERH Crystal Structure of the E7_G/Im7_G complex; a designed interface between the colicin E7 DNAse and the Im7 immunity protein 提交 2005-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）	突变：D35Y, T51Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；30% PEG 4K, 0.6M ammonium acetate, 50mM Na acetate, 25% glycerol, 5% DMSO, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.271
2JAZ CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT N560D OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7 IN COMPLEX WITH IM7 提交 2006-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–87（87 aa）链 C 1–87（87 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20 % W/V PEG3350 AND 0.1 M DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, pH 7.00	分辨率 2.03 Å R-free 0.249
2JB0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT H573A OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7 IN COMPLEX WITH IM7 提交 2006-12-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–87（87 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20 % W/V PEG3350 AND 0.2 M DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, pH 7.00	分辨率 1.91 Å R-free 0.250
2JBG crystal structure of the mutant N560A of the nuclease domain of ColE7 in complex with Im7 提交 2006-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–87（87 aa）链 C 1–87（87 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；20 % W/V POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 2000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, AND 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE AT PH 4.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
2K0D NMR structure of a mutant colicin e7 immunity protein im7 with an extended helix III 提交 2008-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 2–51（50 aa）链 X 65–87（23 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N] potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] potassium phosphate, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
4F37 Structure of the tethered N-terminus of Alzheimer's disease A peptide 提交 2012-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–87（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Sodium malonate, 20% (w/v) PEG 3350, 0.1M Bis-tris propane pH 8.5, 0.2M 1-methylimidazolium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.57 Å R-free 0.269
4F37 Structure of the tethered N-terminus of Alzheimer's disease A peptide 提交 2012-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–87（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Sodium malonate, 20% (w/v) PEG 3350, 0.1M Bis-tris propane pH 8.5, 0.2M 1-methylimidazolium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.57 Å R-free 0.269
7CEI THE ENDONUCLEASE DOMAIN OF COLICIN E7 IN COMPLEX WITH ITS INHIBITOR IM7 PROTEIN 提交 1998-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；15 MG/ML PROTEIN COMPLEX, 5 MM NA CITRATE, 0.25 M NH4 ACETATE, 10% PEG4000, PH 6.0 VAPOR DIFFUSION AGAINST 22.5% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.270

共 13 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IMM7_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–40； UniProt 6–45

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5wnw
沉积日期 deposition_date	2017-08-01
结构标题 title	Chaperone Spy bound to Im7 6-45 ensemble
关键词 keywords	Chaperone; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.71 Å
零角强度 I(0) i0	14327000.00
分子量 molecular_weight	26705.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32545 Å³
包络体积 envelope_volume	40591 Å³
水化壳体积 shell_volume	17558 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.7 Å
壳层 Rg shell_rg	25.60 Å
包络 Rg envelope_rg	20.19 Å
形状 Rg shape_rg	21.12 Å
总 Rg total_rg	20.45 Å
总原子数 total_atoms	2846
残基数 n_residues	174
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.7 Å
Rg (实空间) rg_real	21.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14330000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9093
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.281
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.441
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2777000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.987

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Periplasmic chaperone Spy
分子量 formula_weight	11540.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3239

SFKDLNLTDAQKQQIREIMKGQRDQMKRPPLEERRAMHDIIASDTFDKVKAEAQIAKMEEQRKANMLAHMETQNKIYNILTPEQKKQFNANFEKRLT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Colicin-E7 immunity protein
分子量 formula_weight	4570.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SISDYTEAEFVQLLKEIEKENVAATDDVLDVLLEHFVKIT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	149

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5wnwA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1490 —

结构域编号 domain_id	5wnwB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1490 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.900 Å
晶胞边长 b length_b	42.900 Å
晶胞边长 c length_c	260.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	91
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.790 Å
最低分辨率 resolution_low	27.490 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2380

fit	/app/data/saxs_computation/wn/5wnw/5wnw.fit
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Chaperone Spy bound to Im7 6-45 ensemble

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic chaperone Spy

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Colicin-E7 immunity protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)