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1n26

Crystal Structure of the extra-cellular domains of Human Interleukin-6 Receptor alpha chain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IL-6 Receptor alpha chain

Homo sapiens

UniProt P08887

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 4 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 20–344 片段：IL-6R extral-cellular domains ;2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 4 CYS CYSTEINE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；300 K；ammonium sulphate, PEG 3350, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K 分辨率 2.40 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1N26 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1P9M Crystal structure of the hexameric human IL-6/IL-6 alpha receptor/gp130 complex 提交 2003-05-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 115–315（201 aa） 片段：extracellular domains D2 - D3
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；Sodium formate, Sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.65 Å R-free 0.334
2ARW The solution structure of the membrane proximal cytokine receptor domain of the human interleukin-6 receptor 提交 2005-08-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 212–336（125 aa） 片段：Third extracellular domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM phosphate；压力 ambient
NMR样品组成 20mM phosphatebuffer pH 5.0, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
5FUC Biophysical and cellular characterisation of a junctional epitope antibody that locks IL-6 and gp80 together in a stable complex: implications for new therapeutic strategies 提交 2016-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 111–322（212 aa） 片段：RESIDUES 20-33 AND RESIDUES 111-322
突变：YES NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M MES, PH 6.5, 14% PEG20K
分辨率 2.70 Å R-free 0.287
5FUC Biophysical and cellular characterisation of a junctional epitope antibody that locks IL-6 and gp80 together in a stable complex: implications for new therapeutic strategies 提交 2016-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 111–322（212 aa） 片段：RESIDUES 20-33 AND RESIDUES 111-322
突变：YES NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M MES, PH 6.5, 14% PEG20K
分辨率 2.70 Å R-free 0.287
7DC8 Crystal structure of Switch Ab Fab and hIL6R in complex with ATP 提交 2020-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 111–320（210 aa）
突变：C193S SO4 SULFATE ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；0.06 M Tris, 12.0 %(w/v) Polyethylene glycol 1500, 0.06 M Ammonium sulfate
分辨率 2.76 Å R-free 0.278
7DC8 Crystal structure of Switch Ab Fab and hIL6R in complex with ATP 提交 2020-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 111–320（210 aa）
突变：C193S SO4 SULFATE ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；0.06 M Tris, 12.0 %(w/v) Polyethylene glycol 1500, 0.06 M Ammonium sulfate
分辨率 2.76 Å R-free 0.278
8D82 Cryo-EM structure of human IL-6 signaling complex in detergent: model containing full extracellular domains 提交 2022-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 20–331（312 aa）
链 G 20–331（312 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å
8IOW Cryo-EM structure of the sarilumab Fab/IL-6R complex 提交 2023-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D2 1–365（365 aa）
链 I 1–365（365 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8J6F Cryo-EM structure of the Tocilizumab Fab/IL-6R complex 提交 2023-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 122–131（10 aa）
链 I 1–365（365 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8QY5 Structure of interleukin 6. 提交 2023-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–468（468 aa）
链 F 1–468（468 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8QY6 Structure of interleukin 6 (gp130 P496L mutant). 提交 2023-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–468（468 aa）
链 F 1–468（468 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL6A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–325； UniProt 20–344

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1n26

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1n26
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1n26
沉积日期 deposition_date2002-10-22
结构标题 titleCrystal Structure of the extra-cellular domains of Human Interleukin-6 Receptor alpha chain
关键词 keywordsTransmembrane, Glycoprotein, Immunoglobulin domain, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.19 Å
零角强度 I(0) i022960900.00
分子量 molecular_weight35584.0 kDa
排除体积 excluded_volume43895 ų
包络体积 envelope_volume60982 ų
水化壳体积 shell_volume19451 ų
包络直径 envelope_diameter114.5 Å
壳层 Rg shell_rg32.42 Å
包络 Rg envelope_rg30.35 Å
形状 Rg shape_rg30.21 Å
总 Rg total_rg30.36 Å
总原子数 total_atoms2497
残基数 n_residues299
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.6 Å
Rg (实空间) rg_real30.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.33 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal22960000.0000
解质量估计 total_estimate0.7508
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.5 Å
偏度 Skewness skewness0.578
峰度 Kurtosis kurtosis-0.350
角度范围 angular_range— – 0.2650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2264000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.536; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.248; Smooth: 0.901
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1n26a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains
结构域编号 domain_idd1n26a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III
结构域编号 domain_idd1n26a3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1n26A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1n26A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1n26A03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)