1n3i

Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis PNP with transition state analog DADMe-ImmH

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Purine Nucleoside Phosphorylase

Mycobacterium tuberculosis

UniProt P0A538

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 3 PHOSPHATE ION × 3 7-[[(3R,4R)-3-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-ium-1-yl]methyl]-3,5-dihydropyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one × 3 water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PUNA_MYCTU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–268; UniProt 1–268 作者链 B; PDB构建体 1–268; UniProt 1–268 作者链 C; PDB构建体 1–268; UniProt 1–268

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1n3i
沉积日期 deposition_date2002-10-28
结构标题 titleCrystal Structure of Mycobacterium tuberculosis PNP with transition state analog DADMe-ImmH
关键词 keywordstransition state complex, trimer, PNP, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1n3i__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1n3i__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1n3i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)28.38 Å
Rg(电子密度)27.43 Å
总 Rg28.20 Å
原子数5748
残基数786
排除体积101980 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1n3i__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1n3ia_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family familyc.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases
结构域编号 domain_idd1n3ib_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family familyc.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases
结构域编号 domain_idd1n3ic_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family familyc.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1n3iA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1580 — Nucleoside phosphorylase domain
结构域编号 domain_id1n3iB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1580 — Nucleoside phosphorylase domain
结构域编号 domain_id1n3iC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1580 — Nucleoside phosphorylase domain

7. 引用文献 (1)