1n56

Y-family DNA polymerase Dpo4 in complex with DNA containing abasic lesion

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase IV

Sulfolobus solfataricus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(GPGPGPGPGPAPAPGPGPAPCPTPAPA)-3' × 1 5'-D(TPCPAPTP(3DR)PAPGPTPCPCPTPTPCPCPCPCP*C)-3' × 1 MAGNESIUM ION × 2 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(GPGPGPGPGPAPAPGPGPAPCPTPAPA)-3' × 1 5'-D(TPCPAPTP(3DR)PAPGPTPCPCPTPTPCPCPCPCP*C)-3' × 1 MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CALCIUM ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPO42_SULSO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–352； UniProt 1–352 作者链 B； PDB构建体 1–352； UniProt 1–352

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1n56
沉积日期 deposition_date	2002-11-04
结构标题 title	Y-family DNA polymerase Dpo4 in complex with DNA containing abasic lesion
关键词 keywords	Y-family, DNA polymerase, DNA lesion bypass, protein-DNA complex, TRANSFERASE-DNA COMPLEX; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1n56__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1n56__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1n56__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.62 Å
Rg（电子密度）	22.93 Å
总 Rg	23.68 Å
原子数	3394
残基数	371
排除体积	59218 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1n56__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1n56__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(GPGPGPGPGPAPAPGPGPAPCPTPAPA)-3'
分子量 formula_weight	4418.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E
原子数 atom_count	7285

GGGGGAAGGACTAA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(TPCPAPTP(3DR)PAPGPTPCPCPTPTPCPCPCPCP*C)-3'
分子量 formula_weight	4925.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,F

TCATNAGTCCTTCCCCC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA polymerase IV
分子量 formula_weight	40257.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MIVLFVDFDYFYAQVEEVLNPSLKGKPVVVCVFSGRFEDSGAVATANYEARKFGVKAGIPIVEAKKILPNAVYLPMRKEVYQQVSSRIMNLLREYSEKIEIASIDEAYLDISDKVRDYREAYNLGLEIKNKILEKEKITVTVGISKNKVFAKIAADMAKPNGIKVIDDEEVKRLIRELDIADVPGIGNITAEKLKKLGINKLVDTLSIEFDKLKGMIGEAKAKYLISLARDEYNEPIRTRVRKSIGRIVTMKRNSRNLEEIKPYLFRAIEESYYKLDKRIPKAIHVVAVTEDLDIVSRGRTFPHGISKETAYSESVKLLQKILEEDERKIRRIGVRFSKFIEAIGLDKFFDT

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	497

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1n56a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.240 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), little finger domain
超家族 Superfamily superfamily	d.240.1 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), little finger domain
家族 Family family	d.240.1.1 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), little finger domain

结构域编号 domain_id	d1n56a2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.7 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1n56b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.240 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), little finger domain
超家族 Superfamily superfamily	d.240.1 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), little finger domain
家族 Family family	d.240.1.1 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), little finger domain

结构域编号 domain_id	d1n56b2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.7 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), catalytic domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1n56A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1170 — MutS, DNA mismatch repair protein, domain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	1n56A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	1n56A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	1n56A04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — DNA polymerase, Y-family, little finger domain

结构域编号 domain_id	1n56B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1170 — MutS, DNA mismatch repair protein, domain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	1n56B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	1n56B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	1n56B04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — DNA polymerase, Y-family, little finger domain

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晶胞边长 a length_a	98.016 Å
晶胞边长 b length_b	102.358 Å
晶胞边长 c length_c	105.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	29.900 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2250
R_free r_free	0.2630

Y-family DNA polymerase Dpo4 in complex with DNA containing abasic lesion

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1n56__assembly_1__model_1

1n56__assembly_1__model_1 | I(q)

1n56__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)

Y-family DNA polymerase Dpo4 in complex with DNA containing abasic lesion

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1n56__assembly_1__model_1

1n56__assembly_1__model_1 | I(q)

1n56__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)