SAXSdb — 1n5z

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxisomal membrane protein PAS20

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14 × 1 （P53112） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14 × 1 （P53112） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14 × 2 （P53112） water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14 × 2 （P53112） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PEX13_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–92； UniProt 299–386 作者链 B； PDB构建体 5–92； UniProt 299–386

14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14

物种未注明

UniProt P53112

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Peroxisomal membrane protein PAS20 × 1 （P80667） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Peroxisomal membrane protein PAS20 × 1 （P80667） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Peroxisomal membrane protein PAS20 × 2 （P80667） water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Peroxisomal membrane protein PAS20 × 2 （P80667） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PEX14_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–14； UniProt 83–96 作者链 Q； PDB构建体 1–14； UniProt 83–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1n5z
沉积日期 deposition_date	2002-11-08
结构标题 title	Complex structure of Pex13p SH3 domain with a peptide of Pex14p
关键词 keywords	SH3 domain, PxxP motif, Protein transport; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1n5z__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1n5z__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1n5z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	13.64 Å
Rg（电子密度）	12.23 Å
总 Rg	13.87 Å
原子数	668
残基数	81
排除体积	12029 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1n5z__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1n5z__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1n5z__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1n5z__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Peroxisomal membrane protein PAS20
分子量 formula_weight	10782.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1344

ISEFGSEPIDPSKLEFARALYDFVPENPEMEVALKKGDLMAILSKKDPLGRDSDWWKVRTKNGNIGYIPYNYIEIIKRRKKIEHVDDETRTH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14
分子量 formula_weight	1695.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q

EAMPPTLPHRDWKD

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1n5za_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.1 — SH3-domain

结构域编号 domain_id	d1n5zb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.1 — SH3-domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1n5zA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

结构域编号 domain_id	1n5zB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

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晶胞边长 a length_a	50.350 Å
晶胞边长 b length_b	63.204 Å
晶胞边长 c length_c	66.935 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2457
R_work r_work	0.2443
R_free r_free	0.2731

Complex structure of Pex13p SH3 domain with a peptide of Pex14p

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxisomal membrane protein PAS20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1n5z__assembly_1__model_1

1n5z__assembly_1__model_1 | I(q)

1n5z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex structure of Pex13p SH3 domain with a peptide of Pex14p

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxisomal membrane protein PAS20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

14-mer peptide from Peroxisomal membrane protein PEX14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1n5z__assembly_1__model_1

1n5z__assembly_1__model_1 | I(q)

1n5z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)