1n73

Fibrin D-Dimer, Lamprey complexed with the PEPTIDE LIGAND: GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibrin alpha-1 chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Fibrin beta chain × 2 （P02678） Fibrin gamma chain × 2 （P04115） peptide ligand: Gly-his-Arg-Pro-amide × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CALCIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIB1_PETMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–119； UniProt 87–205 作者链 D； PDB构建体 1–119； UniProt 87–205

Fibrin beta chain

物种未注明

UniProt P02678

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Fibrin alpha-1 chain × 2 （P02674） Fibrin gamma chain × 2 （P04115） peptide ligand: Gly-his-Arg-Pro-amide × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CALCIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBB_PETMA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–323； UniProt 155–477 作者链 E； PDB构建体 1–323； UniProt 155–477

Fibrin gamma chain

物种未注明

UniProt P04115

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Fibrin alpha-1 chain × 2 （P02674） Fibrin beta chain × 2 （P02678） peptide ligand: Gly-his-Arg-Pro-amide × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CALCIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBG_PETMA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–330； UniProt 103–432 作者链 F； PDB构建体 1–330； UniProt 103–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1n73
沉积日期 deposition_date	2002-11-12
结构标题 title	Fibrin D-Dimer, Lamprey complexed with the PEPTIDE LIGAND: GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE
关键词 keywords	isopeptide cross-linked chains; protein-peptide complex, BLOOD CLOTTING; BLOOD CLOTTING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1n73__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1n73__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1n73__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	60.02 Å
Rg（电子密度）	62.63 Å
总 Rg	62.60 Å
原子数	12039
残基数	1471
排除体积	210870 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1n73__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fibrin alpha-1 chain
分子量 formula_weight	14074.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	12039

AVSDTSGQTLNEHNELEVRYSEVLRELERRIIHLQRRINMQLQQLTLLQHNIKTQVSQILRVEVDIDVALRACKGSCARYLEYRLDKEKNLQLEKAASYIANLKFERFEEVVVEETLNR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fibrin beta chain
分子量 formula_weight	37061.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

SSTHVNAQKEIENRYKEVKIRIESTVAGSLRSMKSVLEHLRAKMQRMEEAIKTQKELCSAPCTVNCRVPVVSGMHCEDIYRNGGRTSEAYYIQPDLFSEPYKVFCDMESHGGGWTVVQNRVDGSSNFARDWNTYKAEFGNIAFGNGKSICNIPGEYWLGTKTVHQLTKQHTQQVLFDMSDWEGSSVYAQYASFRPENEAQGYRLWVEDYSGNAGNALLEGATQLMGDNRTMTIHNGMQFSTFDRDNDNWNPGDPTKHCSREDAGGWWYNRCHAANPNGRYYWGGIYTKEQADYGTDDGVVWMNWKGSWYSMRQMAMKLRPKWP

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fibrin gamma chain
分子量 formula_weight	38167.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

DSGQKTVQKILEEVRILEQIGVSHDAQIQELSEMWRVNQQFVTRLQQQLVDIRQTCSRSCQDTTANKISPITGKDCQQVVDNGGKDSGLYYIKPLKAKQPFLVFCEIENGNGWTVIQHRHDGSVNFTRDWVSYREGFGYLAPTLTTEFWLGNEKIHLLTGQQAYRLRIDLTDWENTHRYADYGHFKLTPESDEYRLFYSMYLDGDAGNAFDGFDFGDDPQDKFYTTHLGMLFSTPERDNDKYEGSCAEQDGSGWWMNRCHAGHLNGKYYFGGNYRKTDVEFPYDDGIIWATWHDRWYSLKMTTMKLLPMGRDLSGHGGQQQSKGNSRGDN

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	peptide ligand: Gly-his-Arg-Pro-amide
分子量 formula_weight	467.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J

GHRP

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d1n73a_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family family	h.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions

结构域编号 domain_id	d1n73b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.171 — Fibrinogen C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.171.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like
家族 Family family	d.171.1.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1n73b2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family family	h.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions

结构域编号 domain_id	d1n73c1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.171 — Fibrinogen C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.171.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like
家族 Family family	d.171.1.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1n73c2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family family	h.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions

结构域编号 domain_id	d1n73d_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family family	h.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions

结构域编号 domain_id	d1n73e1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.171 — Fibrinogen C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.171.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like
家族 Family family	d.171.1.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1n73e2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family family	h.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions

结构域编号 domain_id	d1n73f1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.171 — Fibrinogen C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.171.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like
家族 Family family	d.171.1.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1n73f2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family family	h.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	1n73A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	1n73B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1n73B02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2

结构域编号 domain_id	1n73B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	1n73C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1n73C02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2

结构域编号 domain_id	1n73C03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	1n73D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	1n73E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1n73E02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2

结构域编号 domain_id	1n73E03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	1n73F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1n73F02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2

结构域编号 domain_id	1n73F03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

▶

晶胞边长 a length_a	49.732 Å
晶胞边长 b length_b	99.302 Å
晶胞边长 c length_c	120.732 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	99.58 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.46 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	92.36 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2600
R_work r_work	0.2580
R_free r_free	0.2890

Fibrin D-Dimer, Lamprey complexed with the PEPTIDE LIGAND: GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibrin alpha-1 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fibrin beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fibrin gamma chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1n73__assembly_1__model_1

1n73__assembly_1__model_1 | I(q)

1n73__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)

Fibrin D-Dimer, Lamprey complexed with the PEPTIDE LIGAND: GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibrin alpha-1 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fibrin beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fibrin gamma chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1n73__assembly_1__model_1

1n73__assembly_1__model_1 | I(q)

1n73__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)